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Der [[Transphasentorpedo]] ist eine [[Waffe]] aus dem [[alternative Zeitlinie|alternativen 25. Jahrhundert]], in der die [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] nach vielen Jahren und unter hohen Verlusten nach Hause zurückgekehrt ist. Die mittlerweile zum [[Admiral]] [[Beförderung|beförderte]] [[Kathryn Janeway]] reist mit [[Shuttle SC-4|ihrem Shuttle]] in die Vergangenheit, um den Heimweg der ''Voyager'' stark zu verkürzen und so [[Liste der Crew der USS Voyager|der Mannschaft]] das Leid zu ersparen, das sie miterlebt hat.
So wird als erstes [[Sternenflotte]]nschiff die ''Voyager'' neben einem [[Ablativgenerator]] mit Transphasentorpedos ausgestattet, um den [[Borg]] entgegenzutreten, die ihr [[Transwarpzentrum]] verteidigen und durch einen [[Transwarpkanal]] in den [[Alpha-Quadrant|Alpha-Quadranten]] zu fliehen. Die Borg sind auf den Einsatz dieser Waffe aus der Zukunft nicht vorbereitet und erleiden starke Verluste. Der ''Voyager'' gelingt es unter anderem die [[Interspatialer Verteiler|Verbindungsknoten ]] eines Transwarpkanals zu zerstören, wodurch dieser zusammenbricht und den Weg hinter ihnen versperrt. ({{VOY|Endspiel, Teil II}})
Scheinbar ist die ''USS Voyager'' durch diese Torpedos in der Lage mit minimal bis zu einem einzigen Schuss einen ganzen Borg-Kubus oder eine Borg-Sphäre zu zerstören. ({{VOY|Endspiel, Teil II}}) In dem Zeitraum zwischen erster Nutzung der Transphasentorpedo und der Heimkehr der USS ''Voyager'' waren die Borg scheinbar nicht in der Lage eine effektive Verteidigung gegen diese Waffe zu entwickeln, während sie aber gleichzeitig in der Lage waren ihre eigenen Waffen an die futuristische ablative Panzerung anzupassen.
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