[[Datei:Chakotay und Paris kämpfen Q-Bürgerkrieg.jpg|thumb|Paris und Chakotay kämpfen im Q-Bürgerkrieg.]]

Einige Wochen später beobachtet die Brückencrew eine [[Supernova]] aus der Nähe. Als sich Janeway wenig später in ihr Quartier zurückzieht, erscheint plötzlich Q. Dieser will Janeway verführen und mit ihr ein Kind zeugen, doch Janeway lehnt dies ab. Q erscheint immer wieder und belästigt Janeway und ihre Crew. So erscheint dieser, als sich Paris und Kim auf dem Holodeck entspannen, doch diese erklären Q, dass Janeway kein Interesse an ihm hat. Plötzlich erscheint eine weitere [[Q (weiblich)|Q]] und diese streitet sich mit Q. Während des Streites meldet sich Chakotay, dass weitere Supernovä erscheinen und Paris versucht der Druckwelle auszuweichen. Q verschwindet mit Janeway ins Q-Kontinuum, während die weibliche Q auf der ''Voyager'' zurück bleibt. Die ''Voyager'' wird von der Druckwelle erfasst und die weibliche Q kann ihre Kräfte nicht mehr anwenden. Im Kontinuum berichtet Q Janeway, dass ein [[Q-Bürgerkrieg|Bürgerkrieg]] zwischen den Q herrscht und diese auch für die Supernovä verantwortlich sind. Mit einem Baby hat Q es geplant den Bürgerkrieg friedlich zu beenden. Doch Janeway und Q werden bald von feindlichen Truppen angegriffen und umstellt. Die beiden sollen schließlich als Verräter hingerichtet werden. Zur selben Zeit versucht die weiblich Q zurück ins Kontinuum zu gelangen und sie lässt den Antrieb der ''Voyager'' modifizieren. Paris steuert darauf die ''Voyager'' in einer weitere Supernova und so gelangt die Crew ins Kontinuum. Kurz bevor Q und Janeway hingerichtet werden sollen, greifen Qs Truppen zusammen mit der Voyagercrew an und retten Janeway und Q. Danach zeugen Q und die weibliche Q ein Kind und der Krieg zwischen den Q ist beendet. Darauf wird die Crew zurück auf die ''Voyager'' gebracht und diese setzt ihre Reise fort. ({{VOY|Die "Q"-Krise}})