Einige Zeit später tauchen 2 fremde Wesen an Bord der ''Voyager'' auf und beobachten die Crew getarnt in Interphase. Die zwei beobachten auch Paris und Torres wie diese miteinander flirten. Als die beiden entarnt werden entführt Professor [[Forra Gegen]] Chakotay, um zu beweisen, dass die [[Voth]] von der Erde stammen und mit den Menschen vernwandt sind. Doch die Regentin [[Odala]] glaubt Gegen nicht. Das [[Voth-Stadtschiff]] übernimmt darauf die ''Voyager'' und beamt diese in den Hanger. Darauf entern die Voth die ''Voyager'', doch Paris kann mit Hilfe der Interphasen-Tarntechnik entkommen und flüchtet in den Maschinenraum. Von dort aus will Paris die Photonentorpedos aktivieren, doch die Voth deaktivieren die Waffen. Die Voth geben erst die Voyager wieder frei, nachdem Gegen seine Theorie, das Voth von der Erde stammen, wiederufen hat. ({{VOY|Herkunft aus der Ferne}})
Paris und Torres beenden gerade ein Holodeckprogramm, als plötzlich ein Fremder an Bord der ''Voyager'' auftaucht. Dieser hat scheinbar keine Ahnung wie er an Bord der ''Voyager'' gelangt ist. Zur selben Zeit, zu der der Fremde aufgetaucht ist, verschwindet Kes. Mit der Zeit verschwinden immer mehr Crewmitglieder und immer mehr Fremde tauchen auf. Schließlich verschwindet auch Paris. Die Fremden beginnen die ''Voyager'' zu übernehmen und bevor Chakotay als Letzter von Bord verschwindet, lädt er das Programm des Doktors in den Mobilen Emitter, damit die Fremden sein Programm nicht löschen. Chakotay und der Doktor gelangen auf ein [[Biosphärenschiff]] der [[Nyrianer]] und sind dort mit der übrigen Besatzung Gefangene der Nyrianer. Die Crew sitzt dort in einer Art Holodeck der Nyrianer fest. Um einen Ausgang zu finden wird der Doktor umprogrammiert, damit er den Ausgang aufspüren kann. Janeway leitet ein Außenteam, welches das Biosphärenschiff erforscht. Auch Paris und Torres gehören mit zu dem Team und finden bei ihrer Erkundung weitere Habitate. Doch als die Nyrianer auftauchen verstecken sich Paris und Torres in einem Eíswüsten Habitat, da sie wissen, dass das die Nyrinaer Licht und Kälteempfindlich sind. Doch die Nyrianer verfolgen die beiden, allerdings erfrieren diese schnell. Allerdings wird auch für Torres als Halbklingonin die Kälte schnell unangenehm und Paris versucht diese zu wärmen. Inzwischen gelingt es Janeway und Tuvok die Kontrolle über den [[Translokator]] zu übernehemen und Janeway transportiert Paris und Tuvok in das richtige Habitat. Mit Hilfe des Translokators gelingt es Janeway wieder die Kontrolle über die ''Voyager'' zu übernehmen. ({{VOY|Translokalisation}}) Wenig später entdeckt Torres im Computerspeicher ein Holoprogramm namens [[Rebellion Alpha]]. Sie weiß nicht wer dieses Programm geschrieben hat, dennoch testet sie das Programm. In diesem Programm meutern die Maquismitglieder und Chakotay übernimmt das Kommando über die ''Voyager''. Torres ist von diesem Programm begeistert, plötzlich kommt Paris hinzu und sieht was sie spielt. Torres empfiehlt auch Paris dieses Programm durch zu spielen und er ist ebenfalls begeistert davon. Mit der Zeit wird dieses Programm sehr beliebt bei der Crew. Als Paris das Programm weiter durchspielt bricht dieses plötzlich ab. Da das Programm an der spannensten Stelle endet, versuchen Paris und Torres heraus zu finden wer das Programm geschrieben hat. Später stellt sich heraus, dass Tuvok dieses Programm gestaltet hat. Tuvok hat dieses Programm als Trainingsprogramm für den Fall einer Maquismeuterei gestaltet und als Janeway Tuvok bittet, die Hologeschichte zu beenden, willigt Tuvok ein. Paris beteiligt sich an der Fortsetzung, doch als beide das Programm aktivieren, erscheint das Hologramm von Seska und erklärt sie habe nun die Kontrolle über das Programm übernommen. Die holographische Seska erklärt, dass die echte Seska das Programm umgeschrieben hat, kurz bevor sie die ''Voyager'' verlassen hat. Tuvok und Paris befinden sich nun in Lebensgefahr, da sie nicht aus dem Holodeck entkommen können und der Transporter deaktiviert worden ist. Seska jagt nun Paris und Tuvok durch das holographische Schiff und will die beiden töten. Kurz darauf wir Paris von Seska angeschossen und beide fliehen wieder. Inzwischen bemerkt die reale Crew, dass sich Paris und Tuvok in Gefahr befinden und versuchen das Programm um zu schreiben. Doch die beiden werden schließlich von Seska gefangen genommen und diese will die beiden hinrichten. Durch eine Ablenkung von Seska gelangt Tuvok an ein Phasergewehr, doch Seska aktiviert die Selbstzerstörung. Durch die Selbstzerstörung wird das Hologitter überladen und diese würde auch Tuvok und Paris töten. Tuvok gibt darauf Seska das Gewehr zurück und sie feuert auf die beiden. Doch die Waffe ist durch eine Manipulation von Tuvok überladen und tötet Seska. Darauf endet das Programm und Paris und Tuvok sind wieder frei. ({{VOY|Rebellion Alpha}}) Wenig später modifiziert Paris zusammen mit Fähnrich [[Ahni Jetal]] ein Shuttle und die beiden haben viel Spaß dabei. Kurz darauf fliegen der Doktor, Kim und Jetal mit einem shuttle auf eine Außenmission. Plötzlich wird das Shuttle von einer fremden Spezies angegriffen. Ein Fremder schießt auf Kim und Jetal und verletzt die beiden schwer. Mit einem Nottransport wird das Außenteam auf die Krankenstation gebeamt. Beide liegen jedoch im Sterben und der Doktor kann die beiden nur mit einem komplizierten Verfahren retten. Paris unterstützt als Sanitäter den Doktor und bietet an bei dem anderen die Operation durch zu führen. Doch dies ist zu kompliziert für Paris und der Doktor benötigt seine Hilfe, um wenigstens einen zu retten. Der Doktor kann sich nicht entscheiden, wen er zuerst retten soll und entscheidet sich schließlich zuerst für Kim und rettet ihm mit der Operation sein Leben. Doch während er Kims Leben rettet, stirbt Jetal. Doch nach dem Tod von Jetal macht sich der Doktor Vorwürfe wegen seiner Entscheidung, da beide die gleiche Überlebenschance gehabt haben und er Jetal sterben ließ. Sein Programm gerät in eine [[Feedback|Feedback-Schleife]] und der Doktor fängt langsam an durchzudrehen. Um den Doktor zu retten, werden seine Erinnerungen an diese Ereignisse gelöscht. ({{VOY|Verborgene Bilder}})
=== 2374 ===
2374 gelangt ein [[Thomas Eugene Paris (Silberblut)|Duplikat von Tom Paris]] auf die ''Voyager'', währenddessen er auf dem [[Dämon-Klasse|Dämonplaneten]] bewusstlos liegt. ({{VOY|Dämon}})
