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Wenig später findet die ''Voyager'' Signale eines weiteren Fürsorgers und die Crew hofft, dass dies die ''Voyager'' zurück in den Alpha-Quadranten bringt. Paris steuert die ''Voyager'' zu einer [[Ocampa-Station|weiteren Phalanx]]. Doch [[Suspiria]], will die ''Voyager'' vernichten, da diese glaubt die Crew ist für den Tod ihres Gefährten den Fürsorgers verantwortlich. Als Suspiria die ''Voyager'' vernichten will gelingt es Janeway mit Hilfe von Kese diese aufzuhalten und darauf verschwindet Suspiria wieder. ({{VOY|Suspiria}})
Einige Zeit später empfängt die ''Voyager'' ein Signal der Sternenflotte, doch dieses Signal entpuppt sich als eine Falle der Kazon und von Seska. Die Kazon stehlen Teile der Transportertechnik und können entkommen. Auf Befehl von Janeway folgt Paris den Kazon. Wenig später handelt Chakotay eignmächtig und fliegt mit einem Shuttle zu den Kazon und neutralisiert dort die Föderationstechnik. Später kann Chakotay von der ''Voyager'' gerettet werden. ({{VOY|Das Signal}})
Als Janeway, Tuvok und Torres in die Gewalt des [[Mokra-Orden]]s geraten, hilft Paris bei der Organisation einer Rettungsmission. Später können die Drei Offiziere gerettet werden und diese kehren auf die ''Voyager'' zurück. ({{VOY|Die Resistance}})
Nachdem Torres von der [[Automatische Einheit 3947]] entführt worden ist, greift die ''Voyager'' das Schiff der [[Pralor]] an, um Torres zu retten. Doch die [[Automatische Personaleinheit|automatischen Personaleinheiten]] sind der ''Voyager'' überlegen und beschädigen diese schwer. Paris erklärt sich sofort bereit mit einem Shuttle zu dem Schiff zu fliegen, um Torres zu retten. Doch Chakotay hält Paris Vorschlag für zu riskant, da er nicht möchte das Shuttle bei dieser Mission beschädigt wird. Paris findet es rührend wie sich Chakotay anstatt um sein Wohl um das Wohl des Shuttles kümmert. Später greift ein Schiff der verfeindeten [[Cravic]] das Schiff der Pralor an. Da die automatischen Personaleinheiten abgelenkt sind, fliegt Paris nun mit einem Shuttle in die nähe der beiden Schiffe und kann Torres an Bord des Shuttles beamen. Als beide Offiziere wieder an Bord der Voyager befinden, entfernt sich diese von den beiden Schiffen, welche noch immer in schwere Kämpfe verwickelt sind. ({{VOY|Prototyp}})
Wenig später erscheint ein [[Quinn|Q]], welcher einige Jahrhunderte in einem [[Komet]]en eingesperrt gewesen ist, an Bord der ''Voyager''. Dieser Q will wenig später verschwinden, doch stattdessen verschwinden alle Männer inklusive Paris. Janeway befiehlt diesem Q sofort alle Männer wieder erscheinen zu lassen, doch Q gelingt dies nicht. Plötzlich erscheint ein weitere [[Q]] und dieser lässt die Männer wieder erscheinen. Darauf versucht Q zu fliehen bringt die ''Voyager'' an verschieden Orte und Zeiten. Doch Q findet schnell den flüchtigen Q. Janeway entscheidet sich darauf zu einer [[Anhörung]] um über das weitere Schicksal des Q zu entscheiden. Der flüchtige Q ist deswegen eingesperrt worden, da er [[Selbstmord]] begehen will. Nach der Anhörung entscheidet sich Janeway dafür den Q, welcher sich nun entscheidet sich Quinn zu nennen, Asyl zu gewähren. Allerdings begeht der Q doch seinen Selbstmord. ({{VOY|Todessehnsucht}})
In den nächsten Wochen kommt es zu schweren Angriffen der Kazon auf die ''Voyager''. Da die ''Voyager'' durch die Kämpfe schwer beschädigt wird schlägt Chakotay Janeway vor eine Allianz mit den Kazon vor. Kim schlägt vor mit Seksa und den [[Kazon-Nistrim]] eine Allianz zu bilden und auch Paris hält dies für eine gute Idee. Allerdings scheitert die Allianz an den Forderungen von [[Erster Maje|Maje]] [[Culluh]]. Nachdem die Allianz mit den Kazon scheitert, beschließt Janeway, dass die ''Voyager'' weiterhin auf sich allein gestellt weiter fliegen wird. Zu der Zeit ahnt niemand das ein Spion heimlich Informationen an Seska und die Kazon-Nistrim sendet. ({{VOY|Allianzen}})
Er ist außerdem der erste [[Pilot]] der Sternenflotte, der [[Warpfaktor]] 10 erreicht und damit [[Die Schwelle]] überschreitet, was leider den Nebeneffekt verursacht, dass er zu einer fremden Lebensform [[Mutation|mutiert]]. ({{VOY|Die Schwelle}})
