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Während der [[Xindi-Krise]] verliert T'Pol durch den Einfluss des Trellium-Ds ihre emotionale Kontrolle. Als sich Archer auf eine Selbstmordmission begibt, um die Xindi-Superwaffe zu vernichten, übergibt er ihr das Kommando über die ''Enterprise''. Nachdem der Captain das Schiff verlassen hat, fängt sie, für Vulkanier untypisch, an zu weinen. ({{ENT|Azati Prime}})

{{Alt|In einer alternativen Zeitlinie verliert Archer durch einen Unfall sein Kurzzeitgedächtnis. T'Pol gibt sich die Schuld dafür, da der Captain sie gerettet hat und er sich dadurch mit den Erregern infiziert hat, welche sein Kurzzeitgedächtnis löschen. In dieser Zeitlinie wird die Erde von den Xindi vernichtet und die letzten Menschen leben auf [[Ceti Alpha V]]. Dort lebt T'Pol mit Archer zusammen und kümmert sich um ihn. Mit der Zeit entwickelt sie Gefühle für ihn. Da diese Erreger außerhalb der Zeit leben, wird diese Zeitleine aufgelöst, als die Erreger vernichtet werden. ({{ENT|Dämmerung}})}}