Kurz darauf spürt die Crew ein auf einem Planeten abgestürztes [[Insektoiden-ShuttleSchiff]] auf. Ein Außenteam angeführt vom Captain erforscht das Wrack. In der [[Brutstätte]] des Schiffes, findet Archer die [[Ei]]er der toten [[Xindi-Insektoid]]en Crew, als er plötzlich von einem Verteidigungssystem der Brut angegriffen wird. Dieses infiziert ihn mit einem unbekannten Erreger und er beginnt sich daraufhin merkwürdig zu verhalten. Für Archer ist es nur noch wichtig die jungen Insektoiden zu schützen, während er seine eigentliche Mission, die Erde zu retten, vollkommen vergisst. Er lässt einen Großteil der Antimaterievorräte der ''Enterprise'' auf das Insektoiden-Schiff bringen, um damit die Brutstätte in Betrieb zu halten. Als T'Pol den Captain auf sein merkwürdiges Verhalten anspricht, entbindet er sie von ihrem Kommando und stellt sie in ihrem Quartier unter [[Arrest]]. Auch Tucker und Reed fällt dieses seltsame Verhalten auf und nachdem sie ihn ebenfalls darauf ansprechen, werden auch sie unter Arrest gestellt. Da der Captain seinen [[Führungsoffizier]]en nicht mehr traut, nehmen die MACOs ihre Posten ein. Unterdessen planen T'Pol, Reed und Tucker eine [[Meuterei]], um die Kontrolle über das Schiff zu übernehmen und die ursprüngliche Mission fortsetzen zu können. Da sie den MACOs nicht trauen, nehmen sie die Brücke schließlich [[gewalt]]sam ein. Währenddessen befindet sich der Captain auf dem Insektoidenschiff, auf welchem die Jungen schlüpfen. Einem Team gelingt es, ihn zu betäuben, die Antimaterievorräte wieder auf die ''Enterprise'' zu transferieren und Archer zurück auf die ''Enterprise'' zu holen. Schließlich findet Phlox heraus, dass er durch einen Erreger, der durch das Verteidigungssystem aktiviert worden ist, infiziert wurde. Dieser ist für das seltsame Verhalten von Archer verantwortlich gewesen. Nachdem Archer geheilt worden ist, setzt die ''Enterprise'' den Kurs nach Azati Prime fort. ({{ENT|Brutstätte}})

Schließlich erreichen sie nach mehreren Wochen Azati Prime, wo die [[Xindi-Superwaffe]] gebaut wird. Das System ist von einem undurchdringbaren [[Sensorengitter]] geschützt. Tucker und Mayweather erkunden das System mit einem geborgenen [[Insektoiden-Shuttle ]] und finden schließlich die Waffe, welche auf einem Planeten unter [[Wasser]] gebaut wird. Archer beschließt, mit dem Shuttle in die Waffe einzudringen und sie von Innen heraus zu zerstören. Kurz vor der Mission bringt Daniels den Captain in die [[26. Jahrhundert|Zukunft]] und zeigt ihm dort die Auswirkungen der Spähren und dass die Xindi mit den Menschen zusammenarbeiten werden, um diese zu vernichten. Archer soll daraufhin mit den Xindi verhandeln und nicht sein eigenes Leben opfern. Um das von Daniels gesagte zu beweisen, gibt er Archer eine [[Xindi-Initiationsmedaille]] mit. Dieser hört jedoch nicht auf Daniels und begibt sich auf die [[Selbstmord]]mission. Der Captain überträgt das Kommando an T'Pol. Nachdem er sich von T'Pol verabschiedet hat, verliert diese ihre emotionale Kontrolle und beginnt über den bevorstehenden Tod ihres Freundes zu [[weinen]]. Nachdem Archers Mission gescheitert ist, wird er von den Xindi gefangen genommen und verhört. Als die Crew feststellen muss, dass die Mission wohl gescheitert ist, übergibt T'Pol das Kommando der ''Enterprise'' an Tucker und will mit den Xindi verhandeln. Diese will mit einer Fähre zu den Xindi fliegen. Als der Commander sie aufhalten will, reagiert sie ungewöhnlich aggressiv auf ihn. Das Streitgespräch der beiden wird jedoch von Lieutenant Reed unterbrochen, welcher T'Pol über den Anflug mehrerer Xindischiffe informiert. Diese greifen, ohne zu zögern, die ''Enterprise'' an. Im darauffolgenden Gefecht wird das Schiff schwer beschädigt und etliche Crewmitglieder kommen ums Leben. T'Pol kommandiert das Schiff in dieser aussichtslosen Situation. Letztendlich wird die ''Enterprise'' so schwer beschädigt, dass sie manövrierunfähig im Raum treibt. ({{ENT|Azati Prime}})