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Nach der Charaktererstellung findet man sich als Ensign auf einem Schiff wieder, dass in ein Gefecht mit den Borg verwickelt ist und lernt dort den Umgang mit der Steuerung. Man erhält den Auftrag, auf ein gekapertes Schiff zu beamen und bestreitet dort seine ersten Kampfeinsätze. Schließlich übernimmt man das Kommando auf seinem eigenen Schiff (dessen gesamtes Führungspersonal zufällig umgekommen ist, sodass man der ranghöchste, noch lebende Offizier an Bord ist) und lernt die Steuerung, indem man verschiedene gestrandete Schiffe anfliegt und evakuiert. Anschließend lernt man den Schiffskampf kennen, indem man beschädigte Borg-Sphären vernichtet und nimmt mit anderen Spielern an einer Flottenaktion teil und gibt einem Borg-Kubus den Rest. Nach diesem Tutorial wird man zum Lieutenant befördert, erhält einen leichten Kreuzer und das eigentliche Spiel beginnt.
Im ersten Rang steuern alle Spieler einen leichten Kreuzer. Jedoch kann zwischen drei verschiedenen Schiffsklassen gewählt werden, die aber jedoch lediglich die Optik verändern und auch jederzeit wieder geändert werden können. Es besteht außerdem die Möglichkeit die Brücke, das Material (ebenfalls nur Optik) sowie einige Farbenn Farben auszuwählen und, auf Basis einer Klasse, einzelne Segmente anderer Klassen derselben Schiffskategorie statt den klassenspezifischen anzubringen. Vom zweiten bis zum vierten Rang wählt man sein Schiff aus drei Kategorien (Eskorte, Kreuzer oder Forschungsschiff). Im fünften und letzten Rang (Admiral) gibt es zwei Schiffe für jede Kategorie. Für jede Kategorie gibt es auch wieder drei Klassen die zur Auswahl stehen.
Die spieltypischen Quests werden Episoden genannt und bestehen, vor allem bei Storymissionen, aus mehreren Schiffs- und/oder Bodenmission.
