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Die Crew des Raumschiffs [[USS Reliant|USS ''Reliant'']] unterliegt einem Irrtum. Auf der Suche nach einem Himmelskörper, der den Anforderungen des Terraforming-Projekts "Genesis" genügt, halten sie den Planeten Ceti Alpha V für seinen zerstörten Nachbarn Ceti Alpha VI. Zwei Crewmitgleider, darunter [[Commander]] [[Pavel Chekov]], beamen auf die lebensunfreundliche Oberfläche und begegnen dort dem gentechnisch optimierten und hochintelligenten Khan Noonien Singh, einem alten Widersacher von James T. Kirk. Obwohl sich die Lebensbedingungen auf dem Planeten in den letzten Jahren drastisch verschlechterten, hat sich Kirk seit der ersten Begegnung nie wieder um dessen Schicksal gekümmert, was Khan sehr persönlich nimmt. Er möchte sich rächen und kapert zu diesem Zweck das Raumschiff Reliant.
James T. Kirk feiert inzwischen einen frustreichen Geburtstag. Als Admiral erlebt er keine Abenteuer mehr und leidet zunehmends unter einer altersbedingten Depression. Als Gast auf einem Trainingsflug der [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'']] erhält er eine Nachricht von der Raumstation Regula 1. Seine verflossene Liebe [[Doktor]] [[Carol Marcus]] ist dort mit der Umsetzung des Genesis-Projekts beschäftigt - einer Terraforming-Methode, die tote Masse in einen bewohnbaren Planeten umwandelt. Dr. Marcus fragt Kirk panisch, warum die Förderation Föderation das Projekt vorzeitig unter Beschlag nehmen wolle. Beide wissen nicht, dass Carol Marcus einer Fehlinformation unterliegt - einer Finte, die Khan auslegt, um seinen alten Widersacher zu ihm zu locken. Kirk übernimmt das Kommando der Enterprise und eilt zur Raumstation, obwohl die Besatzung des alten Schiffs hauptsächlich aus unerfahrenen Kadetten besteht.
Dort angekommen, wird die Enterprise von der USS Reliant empfangen, nicht ahnend, dass deren Crew aus Khans Gefolgsleuten besteht. Im Vorbeiflug eröffnet die Reliant das Feuer und beschädigt die Enterprise an vielen kritischen Stellen. Khan gibt sich zu erkennen und droht die Enterprise zu vernichten, doch Kirk und Spock nutzen die kurze Schlachtpause zum Aushebeln der Reliant-Schutzschilde, was Khan kurzzeitig zum Rückzug zwingt.
[[Datei:Genesis-hoehle.jpg|thumb|Die Genesis-Höhle]]
Obgleich Kirk, schäumend vor Wut, noch lebt, bleibt Khan so immer noch immer am Drücker! Und es bereitet ihm sichtlich Genugtuung. Dies würde Kirks Strafe sein, das selbe dasselbe Schicksal zu erleiden wie einst er selbst!
Nachdem sich McCoy um den bewusstlosen Chekov gekümmert hat bleibt allen nur die Möglichkeit zu warten, um vielleicht doch noch gerettet zu werden. Stets im Hinterkopf was der Augment im nächsten Augenblick mit der Genesis "Waffe" anzurichten vermag. Da sich James, nun wieder die Ruhe in Person, entgegen der üblichen Vorstellung zur Bewältigung einer Krise, als etwas hungrig zeigt wird er von Carol in die Genesis Höhle gebracht, welche mit Abschluss der zweiten Stufe des Projektes entstanden ist. Die Höhle gleicht einem wahren Paradies, wo es alles gibt was man zum Überleben so benötigt.
