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Das Spiel beschäftigt sich in der Einzelspieler-Kampagne hauptsächlich mit der hinterlistigen [[Vulkanier]]in T'Urell, die durch ihre fehlgeleitete Logik glaubt, das der einzige Weg zur Verwirklichung von <q>[[Surak]]s Traum</q>, die Erschaffung der perfekten Ordnung im Universum ist. Über 200 Jahre lang versucht sie die Borg zu beherrschen und gelangt schließlich auch zu ihrem Ziel…
In Star Trek: Legacy werden einzelne Ereignisse im Trek-Universum erläutert und sind Teil der Missionen, wie zum Beispiel der [[Omega-Molekül|Omega-Versuchsunfall]], der den [[Subraum]] des [[Lantaru-Sektor]]s für alle Zeiten zerstörte. (Für [[Canon]]-Referenz siehe: {{VOY|Die Omega -Direktive}})
Obwohl das Spiel Bezug auf viele Ereignisse des Star Trek Universums nimmt, gibt es einige Kanonverstöße im Spiel. Beispielsweise befehligt ein „Admiral“ Kirk die [[USS Enterprise (NCC-1701-A)|''Enterprise''-A]] bzw. befehligt Admiral Kirk in den [[2270er |2270ern]] eine „Enterprise-A“ - die [[USS Enterprise (NCC-1701)|''Enterprise'' (Refit)]] fehlt völlig. Außerdem hält es die Chronologie nicht richtig ein. Im 22. Jahrundert gibt es dort bereits ein nicht kanonisches, aber offenkundiges Föderationsschiffe des späten 23. Jahrhunderts, ebenso tauchen auch Föderationsstationen des 23. Jahrhunderts als Vulkaniereinrichtungen auf.
