[[Sicherheitsoffizier]]e müssen die an Bord eines [[Raumschiff]]s geltenden Sicherheitsprotokolle genau kennen. [[2373]] arbeitet sich deswegen [[Neelix]] intensiv in die Protokolle ein, weil er Sicherheitsoffizier auf der [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] werden möchte . ({{VOY|Das Wagnis}}).

Ein Sicherheitsprotokoll wird auch dafür genutzt, [[Tür]]en oder [[Andockschleuse]]n zu versiegeln. Auf [[Deep Space 9]] haben [[2369]] nur [[Commander]] [[Benjamin Lafayette Sisko|Sisko]] und [[Constable]] [[Odo]] die Berechtigung, ein Sicherheitsprotokoll der Stufe 5 zu aktivieren . ({{DS9|Meuterei}}).

[[2375]] veranlasst [[Captain]] Sisko den [[Sicherheitschef]] Odo, neue Sicherheitsprotokolle zu erarbeiten, als die [[Breen]] dem [[Dominion]] beitreten. Der [[Wechselbalg]] erstellt die Protokolle, ist sich allerdings nicht sicher, in wie weit sie gegen die Breen wirksam sind. Sisko hofft, dass sie das nicht ausprobieren müssen . ({{DS9|Im Angesicht des Bösen}}).

In [[Holographischer Umgebungssimulator|holographischen Umgebungssimulatoren]] schützen die Sicherheitsprotokollen vor allem vor Unfällen mit generierten Dingen, zum Beispiel Schüssen aus [[Projektilwaffe]]n, [[Phaser|Phasern]] oder kämpfenden Personen. Sie können nur durch einen [[Befehl]] zweier [[Offizier]]e oder eines [[Führungsoffizier]]s deaktiviert werden. Das Sicherheitsprotokoll kann auch dazu dienen, ein Programm so einzurichten, wie es der Autor wünscht.({{film|8}})

[[2374]] entern die [[Hirogen]] die [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] und zwingen die [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Crew]] des Schiffes auf dem Holodeck [[Krieg]]ssimulationen mit deaktivierten Sicherheitsprotokollen durchzuspielen. Dadurch werden viele Crewmitglieder verletzt und mindestens eines getötet. Daher bittet der [[Der Doktor|Doktor]] die Hirogen die Sicherheitsprotokolle zu reaktivieren, was diese jedoch ablehnen, da es die Herausforderung der [[Jagd]] verringern würde. ({{VOY|Das Tötungsspiel, Teil I}}) Als die [[USS Enterprise (NCC-1701-E)|''Enterprise'']] durch die [[Borg]] teilweise [[Assimilation|assimiliert]] wird, deaktiviert [[Jean-Luc Picard|Picard]] die Sicherheitsprotokolle des [[Holodeck]]s. Dadurch haben die Projektile der [[Thompson-Maschinenpistole]] eine tödliche Wirkung. ({{film|8}})