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Einige Wochen später beginnt sich Janeway nach einer Außenmission seltsam zu verhalten. Sie erklärt, dass sich die ''Voyager'' im Gebiet der [[R'Kaal]] befindet und die ''Voyager'' ihren Warpkern ausstoßen muss. Chakotay will dies nicht zu lassen zulassen und lässt Seven nach den R'Kaal scannen. Doch diese findet nichts vor. Plötzlich erscheint eine Botschaft der R'Kaal und dieser warnt Chakotay, dass die ''Voyager'' den Warpkern ausstoßen muss, ansonsten wird diese vernichtet. Es stellt sich heraus, dass der Doktor für Janeways seltsames Verhalten verantwortlich ist. Janeway wurde während einer Außenmission entführt und der Doktor hat ihre Rolle mit übernommen. Der Doktor muss im Auftrag von [[Zet]] und [[Nar]] den Warpkern stehlen und zu den beiden bringen, ansonsten töten diese Janeway. Dem Doktor gelingt es schließlich den Warpkern zu stehlen und zu den beiden zu bringen. Doch diese lassen Janeway nicht frei und wollen den Doktor modifizieren, damit er weitere Betrügereien begeht. Dabei wird sein Programm schwer beschädigt. Wenig später können Janeway, der Doktor und der Warpkern von der ''Voyager'' -Crew zurück geholt zurückgeholt werden. Doch das Programm des Doktors beginnt sich zu destabilisieren. Seven und Torres kümmern sich sofort um die Reparatur des Programmes. Im glauben Glauben, sterben zu müssen , gesteht der Doktor Seven seine Liebe. Doch der Doktor kann gerettet werden. Der Doktor schämt sich für seine Beichte und zieht sich auf die Krankenstationzurück. Doch nach einer Woche kommt Janeway vorbei und erklärt, dass dieser Vorfall für sie erledigt ist, und lädt den Doktor aufs Holodeck ein. ({{VOY|Renaissancemensch}})

In den nächsten Wochen beginnt sich Seven mit Chakotay regelmäßig zu verabreden. In dieser Zeit pflegt Seven auch weiterhin per Funk Kontakt zu Neelix und spielt mit ihm Kadis-kot. Plötzlich entdecken die Sensoren in einem Nebel einige Emissionen, welche auf Wurmlöcher hindeuten. Seven meldet dies sofort dem Captain und diese lässt dies sofort untersuchen. Doch als die ''Voyager'' in den Nebel fliegt, nähert sich plötzlich ein Borg-Kubus. Die ''Voyager'' kann im letzten Moment ausweichen. Da sich viele weitere Kuben im Nebel befinden, beschließt Janeway weiter zu fliegen. Während die ''Voyager'' weiter fliegt , verabredet sich Chakotay wieder mit Seven. Da Seven diese Romanze fortsetzen möchte, bittet sie nun den Doktor darum ihren Kortikalknoten zu modifizieren, damit sie nun alle Emotionen erleben kann. Darauf verabredet sie sich wieder mit Chakotay. Plötzlich erscheint eine temporale Verzerrung und ein [[Shuttle SC-4|Shuttle der Sternenflotte]] erscheint aus der Verzerrung. Eine alte [[Admiral]] Janeway meldet sich auf den Bildschirm und erklärt, dass sie die ''Voyager'' nach Hause bringen will. ({{VOY|Endspiel, Teil I}})

Admiral Janeway beamt an Bord und erklärt ihrem jüngeren Ich, dass die ''Voyager'' zu dem Nebel zurückkehren soll. Die alte Janeway will die ''Voyager'' mit Technologie aus der Zukunft modifizieren, damit das Schiff gegen die Borg standhalten kann. Inzwischen warnt die Borg-Königin Seven davor mit der ''Voyager'' in den Nebel zu fliegen, da sie über die Pläne der ''Voyager'' Bescheid weiß und diese vernichten wird. Seven berichtet dies sofort beiden Janeways. Darauf wird die ''Voyager'' modifiziert, um zurück in den Nebel zu fliegen und die Borg zu bekämpfen. Im Nebel befinden sich allerdings keine Wurmlöcher, sondern ein [[Transwarpzentrum]] der Borg. Captain Janeway will das Transwarpzentrum lieber vernichten, als die ''Voyager'' damit nach Hause zu bringen. Die alte Janeway versucht Seven davon zu überzeugen das , dass die ''Voyager'' früher nach Hause kehrt zurückkehrt und berichtet von ihren ihrem frühen Tod. Doch Seven lässt sich davon nicht beeinflussen. Allerdings will Seven die Beziehung zu Chakotay beenden, damit dieser aufgrund ihres zukünftigen Todes nicht leiden muss. Doch Chakotay überzeugt Seven, dass jede Beziehungen Risiken birgt und Seven lässt sich davon überzeugen. Beide Janeways beschließen inzwischen die ''Voyager'' zur Erde zu bringen und danach das Transwarpzentrum zu vernichten, um so die Borg aufzuhalten. Admiral Janeway fliegt mit ihrem Shuttle zum Borg-Unikomplex und lässt sich dort von der Borg-Königin assimilieren. Dabei wird ein Virus freigesetzt, der die Borg vernichtet. Zur selben Zeit fliegt die ''Voyager'' durch das Transwarpzentrum und vernichtet es hinter sich. Schließlich erreicht die ''Voyager'' nach sieben Jahren im Delta-Quadranten die Erde. ({{VOY|Endspiel, Teil II}})