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Im Jahre [[2161]] findet in San Francisco die Gründungsversammlung der Föderation statt und damit kann die Stadt ihren Ruf als ''Stadt der Freiheit'' auch aus [[Sol-System|unserem Sonnensystem]] hinaus tragen. ({{ENT|Stunde Null}})
Im [[23. Jahrhundert]], als die Erde von der sogenannten [[Walsonde]] bedroht wird, die versucht, Kontakt zu den längst ausgerotteten [[Buckelwal]]en herzustellen und dabei die Meere verdampft, gerät San Francisco wieder in ernste Gefahren. [[Admiral]] [[James T. Kirk]] reist daraufhin mit einem gestohlenen [[Klingone|klingonischen]] [[Klingonischer Bird-of-Prey|Bird of Prey]] ins Jahr [[1986]] zurück. Hier in San Francisco gelingt es ihm mit Hilfe der Meeresbiologin [[Gillian Taylor]] zwei Buckelwale aufzutreiben und zurück ins [[23. Jahrhundert]] zu bringen. Die Walsonde kommuniziert mit den Walen und verlässt wieder die Erde. ({{Film|4}})[[Datei:St-Akademie3.jpg|thumb|Der Breen-Angriff im Jahr 2375]]
Ein weiterer großer Zwischenfall ereignet sich am Ende des [[Dominion-Krieg]]es. Einer [[Flotte]] der [[Breen]] gelingt es bis zur Erde vorzudringen und einen Überraschungsangriff auf die Sternenflotteneinrichtungen zu starten. Viele Menschen finden hier ihren [[Tod]] und auch das Stadtbild ist von dem Angriff geprägt ({{DS9|Im Angesicht des Bösen}}).
Nach Ende des Krieges und Beseitigung der Schäden scheint die Stadt jedoch friedlich, wie eh und jeh. ({{VOY|Endspiel, Teil I}})
{{alt|[[Datei:Zerstörtes San Francisco.jpg|right|thumb|Ein zerstörtes San Fransisco]]In einer weiteren alternativen Zeitlinie, die dadurch entsteht, dass [[Daniels]] Captain [[Jonathan Archer]] ins [[29. Jahrhundert]] holt, besteht San Francisco nur noch aus Trümmern. ({{ENT|Die Schockwelle, Teil I|Die Schockwelle, Teil II}}){{clear}}}}
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