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Die ersten drei Monate verlaufen schlecht für die Föderation. Die Föderation und die Klingonen haben viele Verluste im Dominion-Krieg. Weyoun will die ganze Zeit mit Odo reden, doch Odo ignoriert diesen. In dieser Zeit beobachten Kira und Odo die vorgänge auf der Station. Die beiden verzweifeln, dass die Föderation den Krieg verliert und sie nichts dagegen tun können. Odo wünscht sich seinen Sicherheitstrupp zurück, um so wenigstens etwas Kontrolle zu haben. Kira erwähnt darauf gegenüber Odo, dass er dies von Weyoun bitten soll und als er dies tut gewährt Weyoun Odos Wunsch sofort, da er Odo für einen Gott hält. Weyoun bittet darauf Odo am [[Regierungsrat von Deep Space 9]] teil zu nehmen. Kira hält dies für eine schlechte Idee, doch Odo will dort mit teil nehmen, da er so wichtige Informationen beschaffen kann. ({{DS9|Zeit des Widerstands}})

Wenig später will Vedek [[Yassim]] auf der Station gegen die Besatzung des Dominions protestieren und Odo ist dagegen, da er befürchtet, dass Dukat dies zum Vorwand nimmt um die Bajoraner weiter zu unterdrücken. Schließlich veranstaltet Yassim ihren Prozess und sie erhängt sich auf dem Promenadendeck um zu zeigen, dass man gegen das Dominion handeln muss. Kira erkennt, dass ihr Verhalten falsch gewesen ist und will nun das Dominion aktiv bekämpfen. Odo rät Kira davon ab, doch schließlich beschließt er mit Kira einen [[Widerstand auf Deep Space 9 gegen das Dominion]] zu gründen. ({{DS9|Entscheidungen}})

Kurz darauf will sich auch Jake Sisko dem Wiederstand von Kira und Odo anschließen, doch Odo ist nicht begeistert davon. ({{DS9|Söhne und Töchter}})

Der Wiederstand gegen das Dominion wird immer größer und auch Rom schließt sich der Gruppe an. Kira hat die Idee ein Padd von Damar, in dem er plant die Jem'Hadar zu vergiften, da das Ketracel-White knapp wird und die Jem'Hadar dadurch unkontrollierbar sind, den Jem'Hadar unter zu schieben. Odo hält das für keine Gute Idee, dennoch versteckt Rom das Padd bei den Jem'Hadar. Als die Jem'Hadar das Padd entdecken, kommt es zu einer schweren Auseinadersetzung zwischen den Cardassianern und den Jem'Hadar. Es gibt Verletzte und Tote und Odo ist über Kira verärgert, da diese dafür verantwortlich ist, obwohl Odo dagegen gewesen ist. Odo will die Ordnung auf der Station wahren und will solche Vorfälle vermeiden. Plötzlich taucht die Gründerin auf und ist erfreut Odo wieder zu sehen, doch Odo will nichts mit ihr zu tun haben, da sie mit verantwortlich gewesen ist das er zu einem Solid geworden ist. Doch die Gründerin erklärt Odo, dass sein Volk ihm verziehen hat. Der Gründerin fällt auf, dass Odo nun auch offener mit Kira umgeht. Durch die Gespräche beginnt Odo der Gründerin wieder zu vertrauen und die beiden verschmelzen miteinander. Als Kira erfährt, dass sich Odo mit der Gründerin verschmolzen hat, ist diese entsetzt da die Gründer Krieg gegen die Föderation führen. Doch Odo will durch die Gründerin mehr über sich und sein Volk erfahren. Inzwischen erfährt Quark von Damar, dass dieser einen Weg gefunden hat das Minenfeld zu deaktivieren. Der Wiederstand plant eine Sabotage der Station, um zu verhindern das die Tests zur Deaktivierung des Minenfeldes fehlschlagen. Odo soll von seinem Sicherheitsbüro für Ablenkung sorgen, während Rom die Sabotage durchführt. Doch während Rom die Sabotage durchführt, ist Odo wieder mit der Gründerin beschäftigt. Dadurch fliegt Roms Sabotage auf und dieser wird verhaftet. Kira wirft darauf Odo vor den Alpha-Quadranten verraten zu haben und geht wütend fort. Doch Odo scheint dies völlig egal zu sein und er beschäftigt sich wieder mit der Gründerin. ({{DS9|Hinter der Linie}})

Odo verbringt die nächsten Tage mit der Gründerin ohne sich um das Schicksal der anderen zu kümmern. Die beiden verbringen viel Zeit miteinander und Odo erkennt, dass er kaum noc mit den Solids gemeinsam hat. Inzwischen verlaufen die Feldtests von Damar erfolgreich und das Minenfeld wird innerhalb einer Woche deaktiviert. Mit Hilfe von Morn schickt Kira an Sisko die Botschaft, dass das Minenfeld abgetragen wird und darauf bricht Sisko mit einer Flotte Schiffe in Richtung Deep Space 9 auf, um die Statio zurück zu erobern. Als später Odo auf Kira trifft, um sein Verhalten zu verteidigen, erklärt diese das sie nichts mehr mit Odo zu tun haben will, da er den ganzen Alpha-Quadranten verraten hat. ({{DS9|Ein kühner Plan}})

Während die Sternenflotte sich nach Deep Space 9 vorkämpft, versuchen Kira und die anderen Wiederstandskämpfer weitere Sabotagen durch zu führen, um zu verhindern das das Minenfeld deaktiviert wird. Doch Damar lässt Kira und die anderen verhaften, damit diese ihre Pläne nicht ausführen können. Kira und die anderen werden als Verräter zum Tode verurteilt. Als dies Odo erfährt erkennt dieser, dass er falsch gehandelt hat. Zur selben Zeit gelingt es Quark und [[Tora Ziyal]] Kira und die anderen aus dem Gefängnis zu befreien. Die Jem'Hadar verfolgen diese, doch plötzlich greift Odo mit seinem Sicherheitsteam an und rettet Kira und die anderen. Kira versteht Odos Verhalten nicht, da er sich doch seinem Volk angeschlossen hat. Doch Odo erklärt ihr, dass er noch nicht bereit für sein Volk ist. Kurz darauf gelingt es der Sternenflottte Deep Space 9 zurück zu erobern. Als Sisko wieder die Station betritt heißt ihn Odo Willkommen. ({{DS9|Sieg oder Niederlage}})

Nach der Besatzung gehen Odo und Kira sich aus dem Wege und versuchen jeden Kontakt zu vermeiden. Doch während der Junggesellinenabschiedsparty von Dax sprechen sich Kira und Odo über ihre Probleme aus. Wenig später nimmt Odo an der Hochzeitsfeier von Worf und Dax teil. ({{DS9|Klingonische Tradition}})

Bashir bekommt kurz darauf den Auftrag sich um eine Gruppe [[Augment|genetisch aufgewerteten Menschen]] zu kümmern und diesen bei der Resozialisierung zu helfen. Bei der Zusammenarbeit erkennt Bashir, dass diese Gruppe in der Lage sind taktische Analysen durch zu führen. Allerdings stellt sich bei diesen Analysen heraus, dass die Föderation den Krieg gegen das Dominion verliert. Die Gruppe will durch eine schnelle Niederlage mehr Leben retten, als über einen langen andauernden Krieg, welchen die Föderation eh verlieren wird. Die Gruppe will sich darauf mit Damar und Weyoun treffen und wichtige Pläne der Föderation übergeben, doch Bashir kann die Gruppe aufhalten. Als sich Weyoun mit der Gruppe treffen will trifft dieser nur auf Odo. Auch wenn es für Weyoun eine Ehre ist Odo wieder zu sehen, erklärt dieser Weyoun das er verschwinden soll. ({{DS9|Statistische Wahrscheinlichkeiten}})

Wenig später berichtet Quark in seiner Bar Odo und seinen Gästen wie er heldenhaft an [[Squill-Sirup]] gelangt ist. Doch als die Offiziere der ''Defiant'' in der Bar auftauchen und von ihren Kriegserlebnissen berichten interesiert sich keiner mehr für Quark. Odo erklärt darauf, dass sich die Leute halt nicht so für Geschäftliche Erfolge interessieren. ({{DS9|Der glorreiche Ferengi}})

Einige Zeit später begibt sich Odo ins Quark's um Morn zu sagen, dass er seinen [[Livianischer Mangold|Livianischen Mangold]] aus dem Frachtraum entfernen soll, da dieser überreif ist. Doch als Odo mit Morn redet, stellt dieser fest, dass es sich nur um ein Hologramm von Morn handelt. Quark ist verwundert, dass es Odo bisher nicht gemerkt hat. Darauf erklärt Quark, dass Morn auf Reisen ist und er das Hologramm erzeugt hat, da alle in seine Bar Morn als Maskotchen sehen und das ohne Morn sein Umsatz sinkt. Doch wenig später überbringt Sisko die Nachricht, dass Morn ums Leben gekommen ist. Odo nimmt darauf an der Gedenkfeier von Morn im Quark's teil. In seinem Testament ernennt Morn Quark zu seinem Haupterben und Odo zeigt Quark später Morns Erden, den verdorbenen Livianischen Mangold. Doch wenig später erfährt Quark, dass er von Morn 1000 Bloks goldgepresstes Latinum erbt, welches Morn mit einigen Komplitzen beim [[Raubüberfall am Lissepianischen Muttertag]] gestohlen hat. Aber auch Morns Komplitzen wollen ihren Anteil von dem Latinum. Als Quark das Latinum erhält schießen die Komplitzen auf sich und Odo verhaftet diese. Später stellt sich heraus, dass Morn seinen Tod vorgetäuscht hat, da er gewußt hat das seine Komplitzen ihn jagen würden, da er ihnen das Latinum unterschlagen hat. Zum Dank für Quarks Einsatz schenkt Morn ihm Latinum. ({{DS9|Wer trauert um Morn?}})

Durch ein [[Subraumkompressionsanomalie|Subraum-Kompressions-Phänomen]] werden Dax, Bashir und O'Brien [[Schrumpfen|geschrumpft]]. Später erlangen die Drei wieder ihre normale Größe zurück. Im Quark's berichten Bashir und O'Brien von ihren Heldentaten, doch als Odo die beiden neben [[M'Pella]] stehen sieht, fällt diesen auf, dass die beiden noch nicht ganz ihre normale Größe erreicht haben. Darauf begeben sich Bashir und O'Brien eiligst auf die Krankenstation. ({{DS9|Das winzige Raumschiff}})

Kurz darauf wird Bashir auf eine medizinischen [[Konferenz]] auf [[Casperia Prime]] eingeladen und Bashir freut sich sehr auf diese Konferenz. Odo erwähnt anbei, dass solche Konfrenzen nur auf Erholungsplaneten stattfinden. Doch Bashir erwähnt, dass auch Ärzte mal Entspannugen verdient haben. Doch Bashir kommt nie bei der Konfrenz an, da [[Sektion 31]] ihn rekrutieren will. Doch Bashir lehnt dies ab. Zurück auf Deep Space 9 berichtet Bashir Odo, Sisko und Kira von seinen Erfahrungen mit Sektion 31. ({{DS9|Inquisition}})

Nachdem das Dominion [[Betazed]] erobert hat, versucht Sisko einen Weg zu finden die Romulaner mit in den Dominion-Krieg einzubeziehen. Sisko versucht mit einer gefälschten Botschaft den romulanischen [[Senator]] [[Vreenak]] zu täuschen. Der Verbrecher [[Grathon Tolar]] ist in Lage eine perfekte Fälschung zu erstellen und Sisko lädt ihn darauf auf die Station ein. Dort angekommen greift er Quark bei einem Streit an und er verletzt ihn mit einen Messer. Odo verhaftet darauf Tolar, doch er muss ihn wieder frei lassen, da Quark nach einer Bestechung von Sisko die Anzeige wieder zurück zieht. Mit Hilfe der gefälschten Botschaft gelingt es Sisko die Romulaner dazu bringen mit in den Krieg einzusteigen. ({{DS9|In fahlem Mondlicht}})

Einige Zeit später bekommt Bashir von seinem Freund Felix das Programm [[Bashir 62]] mit [[Vic Fontaine's Lounge]] und der Holofigur [[Vic Fontaine]]. Bashir ist so begeistert von dem Programm, dass er es kurz darauf seinen Freunden präsentiert. Fontaine erkennt sofort, dass es zwischen Odo und Kira funkt und er will Odo darauf ansprechen, doch er lässt es vorerst. Später erfährt Odo von Bashir, dass Fontaine ihn wichtige Liebestipps gegeben hat und darauf begibt sich Odo in die Holosuite. Odo bespricht mit Fontaine seine Probleme und das er sich nicht traut sich mit Kira zu verabreden. Fontaine erkennt sofort, dass Odo zu verkrampft ist und er versucht zuerst Odo etwas lockere zu machen. Darauf intigriert Fontaine Odo in seine Show und spielt Odo zum schein das [[Piano]] und das Puplikum liebt dafür Odo. Auch Odo hat Spaß dabei und wird lockere. Später begleitet Odo Fontaine mit zu einer Verabredung. Als Fontaine erkennt, dass Odo langsam lockere wird, intigriert er ein Hologramm von Kira, welches aus Bashirs Geheimagentenprogramm stammt, mit in seine Show. Odo versteht sich gut mit dieser Kira, doch er erklärt Fontaine, dass sich diese Kira nicht wie die reale Kira verhält. Darauf verspricht Fontaine sich um dieses Problem zu kümmern. Fontaine meldet sic bei der realen Kira und legt ein gutes Wort für Odo ein und lädt sie in die Holosuite zu einer Verabredung ein. Odo nimmt an dieser Verabredung teil und hält Kira auch wieder für ein Hologramm. Bei der Verabredung gibt sich Odo locker und er tanzt auch mit Kira. Doch plötzlich wird Odo bewusst das es sich um die reale Kira handelt und er verlässt beschämt die Holosuite. Am nächsten Tag sprechen sich Kira und Odo aus und sie verabreden sich wieder. Da es nun beide ernst meinen mit einer Beziehung, küssen diese sich auf dem Promenadendeck vor den Augen aller anderen. Später bedankt sich Odo bei Fontaine für dessen Hilfe. ({{DS9|Auf seine Art}})

Während der [[Zeit der Abrechnung]] unter halten sich Kira und Odo über den Glauben und Religion zu den Propheten. Odo erklärt, dass er Kiras Glauben respektiert. Später meldet Odo Sisko, dass Kira von einem Propheten übernommen wurden ist. Später übernimmt ein Pah-Geist den Körper von Jake Sisko und dieser beginnt einen Kampf mit den Propheten. Darauf lässt Sisko die Station evakuieren und Worf und Odo überwachen die Evakuierung. Aber Kai Winn hält den Kampf auf, indem sie die Station mit [[Chronotonpartikel]]n überflutet. Bashir behandelt darauf die leicht verletzte Kira und Jake Sisko. ({{DS9|Zeit der Abrechnung}})

Nachdem [[Molly O'Brien]] durch ein Zeitportal auf [[Golana]] in Vergangenheit versetzt worden ist, versucht die Crew der ''Defiant'' sie zu retten. Es gelingt ihr zwar, aber in der Zwischenzeit hat Molly zehn Jahre auf Golana verbracht und ist dort erwachsen geworden. Da sie dort allein ohne Gesellschaft aufgewachsen ist, reagiert sie auf Fremde panisch. Die O'Briens kümmern sich zwar liebevoll um ihre Tochter, doch sie kann sich nicht an passen und greift im Quarks einige Personen an. Odo muss sie darauf außer Gefecht setzen. Da sich Molly O'Brien nicht anpassen kann, bringen ihre Eltern sie zum ein Zeitportal auf Golana, damit sie in der Vergangenheit leben kann. Als Molly durchs Portal tritt, trifft sie auf ihr jüngeres Ich und schickt das Kind wieder zu ihren Eltern zurück. ({{DS9|Das Zeitportal}})

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