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Die ''Voyager'' trifft bald darauf auf den Raum einer [[Schwarm (Spezies)|unbekannten Spezies]]. Neelix berichtet, dass er gehört hat, dass alle Schiffe, die in deren Raum eingedrungen sind, verschwunden sind oder mit toter Besatzung entdeckt wurden. ({{VOY|Der Schwarm}})

Nachdem man entdeckt, dass zwei [[Ferengi]] einen Prä-Warp-Planeten ausbeuten, entschließt man sich diese von dort zu entfernen. Neelix verkleidet sich dazu als Ferengi und versucht den beiden die Rückkehr zu befehlen. Er verteilt einen Teil ihres Besitzes unter der Bevölkerung. Jedoch denken diese gar nicht daran ihre Herrschaft aufzugeben und versuchen Neelix zu töten. Dieser offenbart daraufhin seine Identität und kann unverletzt entkommen. Nachdem er sich den Rest des Liedes von dem Barden hat erzählen lassen, kehrt er zurück und stellt sich als der heilige Pilger vor, der die Weisen wieder in den Himmel zurückbringt. Daraufhin wird er mit den beiden Ferengi jedoch auf einen Scheiterhaufen gebracht und soll verbrannt werden. Jedoch können sie noch rechtzeitig auf die ''Voyager ''gebeamt werden. ({{VOY|Das Wurmloch}})

Während eines Landurlaubs auf [[Nechani]] besichtigt er mit Kes, Torres und Kim ein Heiligtum. Nachdem Kes zu nah an einen [[Schrein]] herantritt, wird sie von einem Energiefeld verletzt und Neelix ruft die Anderen zu Hilfe. Er und Kes werden daraufhin auf die Krankenstation gebeamt. Um Kes helfen zu können, versucht er auf dem Planeten an Kenntnisse über das Kraftfeld zu gelangen. Da dies ergebnislos bleibt, sitzt er an Kes' Bett. Nachdem Janeway erfährt, dass sie Kes heilen kann, indem sie sie erneut in das Kraftfeld bringt, beamt er herunter und äußert seine diesbezüglichen Bedenken. ({{VOY|Das Ritual}})

Wenige Wochen später erscheint eine temporäre Verzerrung und ein Föderationsschiff aus dem [[29. Jahrhundert]] kommt aus ihr hervor. Captain [[Braxton]] hat mit seinem Zeitschiff ''Aeon'' den Auftrag die ''Voyager'' zu vernichten, da diese scheinbar für die Vernichtung des [[Sol-System]]s im 29. Jahrhundert verantwortlich ist. Doch Janeway will dies nicht einfach so hinnehmen und kämpft gegen die ''Aeon''. Dabei werden beide Schiffe in die temporale Verzerrung gezogen und die ''Voyager'' landet im Jahr [[1996]] auf der Erde. Die ''Aeon'' dagegen stürzt auf die Erde im Jahr [[1967]] ab und das Schiff wird von [[Henry Starling]] geborgen, der sich mit der geborgenen Technologie ein Wirtschaftsimperium aufbaut. Janeway erkennt, dass Braxton mit dem gestohlenen Zeitschiff die Katastrophe im 29. Jahrhundert auslösen wird. Während sich die ''Voyager'' im Orbit befindet, bekommen Neelix und Kes den Auftrag die [[Fernseher|Fernsehkanäle]] der Erde zu überwachen, um heraus zu finden, ob die ''Voyager'' bereits entdeckt wurde. Die beiden sind fasziniert von den Sendungen der Erde und verfolgen gespannt eine Seifenoper. Zur selben Zeit versucht Janeway Starling aufzuhalten und sie wird darauf von ihm bedroht. Kim, welcher keine andere Wahl hat, fliegt mit der ''Voyager'' in die [[Atmosphäre]], um Janeway an Bord zu beamen. Doch dabei wird die ''Voyager'' gefilmt und diese Aufnahmen werden sofort im Fernsehen übertragen. Als dies Kes und Neelix sehen, melden die beiden dies sofort der Brücke. Später wird der Doktor von Starling entführt und Kes vertritt ihn in dieser Zeit in der Krankenstation. Janeway gelingt es später Starling und das Zeitschiff zu vernichten und kann so die Katastrophe im 29. Jahrhundert verhindern. Plötzlich erscheint ein verwunderter etwas jüngerer Captain Braxton mit seinem Zeitschiff und bringt die ''Voyager'' zurück ins Jahr 2373 in den Delta-Quadranten. ({{VOY|Vor dem Ende der Zukunft, Teil I|Vor dem Ende der Zukunft, Teil II}})

Kurz darauf beobachtet man eine [[Supernova]]. Als der [[Stern]] explodiert applaudieren alle Offiziere auf der Brücke. Auf dem Holodeck versucht er Informationen aus Q herauszubekommen, weshalb er hier ist. Jedoch bleibt der Versuch ergebnislos. Wenig später gerät das Schiff jedoch in die Schockwellen mehrerer Supernovä. ({{VOY|Die "Q"-Krise}})

Als Captain Janeway bei Handelsgesprächen mit den [[Tak Tak]] versehentlich deren Botschafter beleidigt, kann Neelix den Streit beilegen. Daraufhin erwägt Janeway ihn zum Botschafter zu befördern. Kurz darauf entdecken sie die driftende ''Voyager''. Daher begeben sie sich an Bord und suchen nach der Besatzung. Sie entdecken ein [[bioelektrisches Feld]] und versuchen Informationen zu bekommen. Sie entdecken Anzeichen, dass die Besatzungsmitglieder ihre Arbeitsplätze fluchtartig verlassen haben. Niemand antwortet auf ihre Rufe. Man entdeckt eine Lebensform, die vor ihnen flieht. Sie verfolgen sie in einen Transporterraum und stellen fest, dass sie durch die Bodenplatte gebrochen ist. Als sie daraufhin zur Brücke gelangen wollen, werden sie im [[Turbolift]] von einer Lebensform mit einem Arm angegriffen, dass Neelix mit einer schleimigen Substanz bespritzt. Er entwickelt daraufhin [[Fieber]], sodass Janeway eine [[Jefferies-Röhre|Jefferiesröhre]] hinaufklettern muss, um die medizinische Ausrüstung zu holen. Neelix wird in diesem Moment von einem [[Makrovirus]] angegriffen und verschleppt. Letztlich findet Janeway ein [[Medizin|Gegenmittel]] und so kann auch Neelix geheilt werden. ({{VOY|Makrokosmos}})