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Später wird er mit den anderen Führungsoffizieren von Janeway über das [[Omega-Molekül]] informiert und bringt Kim [[Isolinearer Chip|isolineare Prozessor]]en, welche der Fertigstellung der [[Harmonikresonanzkammer]] dienen. ({{VOY|Die Omega-Direktive}})
Als die [[Ramuraner]]in [[Kellin (Ramuranerin)|Kellin]] auf der ''Voyager'' Asyl beantragt und viel Zeit mit Chakotay verbringt, werden sie von Neelix im Kasino bewirtet. Später kommt Chakotay in der Nacht zu ihm, da er nicht weiß, wie er mit seinen Gefühlen ihr gegenüber umgehen soll. Er rät ihm, seine Gefühle zuzulassen. Später serviert er Chakotay Kaffee, während dieser seine Erlebnisse mit Kellin auf Papier aufschreibt, damit sie nicht gelöscht werden. ({{VOY|Unvergessen}})
Da seine ursprüngliche Heimat Rinax zerstört wird, schließt Neelix sich dem Vorhaben, in den Alpha-Quadranten zu gelangen, der ''Voyager''-Crew an. Er möchte dort [[Botschafter]] der [[Sternenflotte]] werden. ({{VOY|Euphorie}})
