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Bei einer Außenmission auf einem Planeten, entdecken er und Tuvok Zeichnungen im Boden, die von einer intelligenten Lebensform stammen. Da auch eine Warpspur entdeckt wird, folgt man dieser zu einem weiteren Planeten. Neelix bildet mit Chakotay, Torres und Tuvok das Außenteam, welches das [[Polyferranit]] abbauen soll. Während der Außenmission wird er jedoch von einem Vogel angegriffen und schwer am Auge verletzt. Er kann auf die Voyager gebeamt werden, wo der Doktor seine Verletzung erfolgreich behandelt. ({{VOY|Tattoo}})
Als er sich die Haare schneiden lässt, beschwert er sich heftig über die Arbeit des Friseurs. Später isst er gemeinsam mit Kes, [[Tanis]] und den Führungsoffizieren. Als Tanis Kes anbietet, auf der Phalanx zu bleiben und ihre Fähigkeiten zu erweitern, ist er darüber nicht erfreut. Während Tanis Kes im Kasino lehrt, wie sie eine Flüssigkeit in einer Tasse erwärmen kann, beobachtet er die beiden und ist über Kes' scheinbare Fortschritte erfreut. Als Kes ihn fragt, ob er mit ihr auf die Phalanx gehen würde, sagt er zu. Nachdem Suspiria die ''Voyager'' angreift und Tanis Kes energisch versucht zu überzeugen, auf die Phalanx mitzukommen, fordert Neelix ihn auf sie in Ruhe zu lassen. Daraufhin wird er von Tanis telepathisch attackiert und gegen eine Wand des Kasinos geschleudert. ({{VOY|Suspiria}})
Nachdem die Kazon-Nistrim die ''Voyager'' angreifen, und ein [[Transporter|Transportermodul]] des Schiffes stehlen, fragt er Captain Janeway, ob es klug ist die Nistrim zu verfolgen. Ihr Argument, dass dieses Modul das Gleichgewicht der Kräfte in dieser Region verändert und die anderen Kazon-Sekten dazu bringen wird, auch die Transportertechnologie erlangen zu wollen, überzeugt ihn jedoch. Commander Chakotay versucht im Alleingang, dass Modul zu zerstören wird dabei jedoch gefangen genommen. Daraufhin startet die ''Voyager'' eine Rettungsaktion. Nachdem die ''Voyager'' das Nistrim-Schiff erreicht, ist er überrascht eine Kazon-Flotte vorzufinden, deren Schiffe von verschiedenen Sekten stammen. Er meint, dass die Kazon ihre Taktik geändert haben. ({{VOY|Das Signal}})
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