Ein Jahr später ist er immer noch auf der Enterprise stationiert und macht so die Rettung des Planeten [[Nibiru]] mit. Er ist über das Versteck der Enterprise, der den Meeresgrund, nicht gerade erfreut, was er an Kirk und McCoy auslässt, welche nach einem eher unfreiwilligen Tauchgang aus der Luftschleuse steigen. Kirk erklärt er, dass das Salzwasser den Rumpf beschädigt und fragt ihn, wie er auf die dumme Idee gekommen sei, ein Schiff auf dem Meeresboden zu verstecken; doch sein Captain hat in diesem Moment keine Zeit um auf seine Fragen einzugehen, da er sich um Spock, welcher im nahen Vulkan feststeckt, sorgt.

An Bord der Enterprise stellt sich Scotty allerdings quer. Er will die Torpedos erst genehmigen, wenn er einen von ihnen auseinander gebaut und kontrolliert hat, doch die Pläne und weitere Informationen zu ihnen sind geheim. Er kommt mit seinen Captain in Konflikt, welcher einfach die Genehmigung will um endlich loszufliegen. Im Verlauf der Diskussion hat Scotty keine andere Wahl und bittet um Freistellung vom Dienst, was Kirk wiederwillig widerwillig gewährt. Scotty, der sich klar wird, um was er gerade gebeten hatte, wendet sich nochmal nochmals als Freund an Kirk und sagt ihm, dass er auf keinen Fall diese Torpedos einsetzen soll, dann geht er mit [[Keenser]] von Bord.

Nachdem er wieder auf der Erde ist, befindet er sich mit Keenser in einer Bar in San Francisco, betrinkt sich und schimpft auf die Sternenflotte, die seine Formel geklaut hat und auf Keensers geringe Eigeniniative. Während er so rumzettert, meldet sich Kirk auf seinen seinem Kommunikator und gibt ihm die Koordinaten zu einer bestimmten Sache in der Nähe von Jupiter. Scotty ist allerdings wütend auf seinen Freund und spricht ihn wegen der Sache mit den Torpedos an, worauf Kirk erwidert, dass er um eine Freistellung gebeten hatte, worauf Scotty die Verbindung trennt und vor sich hinschmollt. Letztendlich nimmt er sich allerdings ein Shuttle und fliegt die Koordinaten an.

Auf der Brücke stellen sie Admiral Marcus. Nachdem die Situation gesichert scheint, betäubt Scotty Khan und bewacht ihn. Doch die Betäubung hält nicht lange. Khan überwältigt ihn und Kirk, verletzt die ebenfalls anwesenden anwesende [[Carol Marcus (Neue Zeitlinie)|Carol Marcus]] und tötet Admiral Marcus, dann droht er der Enterprise mit der Ermordung ihres Captains, sollte er nicht seine Torpedos zurückbekommen. Nachdem der Deal steht, beamt Khan die übrigen drei rüber und bereitet die Vernichtung des Schiffes vor.

Unten beim Kern angekommen, muss er feststellen, dass die Energieklammern falsch ausgerichtet sind und somit eine Wiederherstellung der Energie unmöglich ist. Er gibt das Schiff auf, doch Kirk lässt sich davon nicht beirren und rennt zur Sicherheitsschleuse. Scotty rennt ihm nach, da er weiß, was er vor hatvorhat, kann diesen aber nicht aufhalten oder von der Idee abbringen, da Kirk ihn K.o schlägt und am Steuerpult des Kerns festmacht.<br/>Nachdem die Energie wiederhergestellt und das Schiff gerettet wurde, informiert er Commander Spock darüber, dass dieser sofort runter kommen solle. Er steht abseits und muss machtlos zuschauen , wie Kirk hinter dem Sicherheitsglas stirbt.