Wenig später übernimmt Scott das Kommando über die ''Enterprise'', nachdem Kirk, Spock und McCoy, sowie [[Nancy Hedford]], eine Gesandte der [[Föderation]], mit einem [[Shuttle]] zum Planeten [[Epsilon Canaris III]] fliegen. Nachdem das Shuttle vom Kurs verschwunden ist, macht sich Scott mit der ''Enterprise'' auf die Suche nach dem Shuttle. Scott findet schließlich das Außenteam auf einem unerforschten [[Planetoid]]en in der [[Gamma Canaris|Gamma-Canaris]]-Region. ({{TOS|Metamorphose}})
Auch als Kurz darauf beamt Kirk und sein Außenteam sich auf den Planeten [[Capella IV]] beamen, und Scott übernimmt Scott in dieser Zeit das Kommando über . In dieser Zeit versuchen die ''Enterprise''. Die [[Klingone]]n versuchen mit einem gefälschten Notruf die ''Enterprise'' vom Planeten wegzulocken. [[Pavel Chekov]] meldet Scott einen [[Notruf]] der [[SS Deirdre|SS ''Deirdre'']] und Scott geht diesem Notruf nach. Doch schnell bemerkt die Crew, bis er merkt das dies dass der Notruf nur ein Trick gewesen ist. Als die Klingonen Uhura kurz darauf einen erneuten Notruf sendender [[USS Carolina (23. Jahrhundert)|USS ''Carolina'']] meldet, ignoriert fällt Scott ihn jedoch kein zweites Mal auf die List der Klingonen herein und fliegt mit der ''Enterprise'' zurück in den Orbit von nach Capella IV. Auf dem Weg dorthin wird die ''Enterprise'' von einem klingonischen Schiff bedroht. Aber die Klingonen fliehen bevor ein Kampf mit der ''Enterprise'' beginnt. Scott beamt sich darauf mit einen Sicherheitstrupp auf die Oberfläche, um das Außenteam zu unterstützen. ({{TOS|Im Namen des jungen Tiru}})
[[Datei:Scotty unter Mordverdacht.jpg|thumb|Scott steht unter Mordverdacht.]]
Im Einige zeit darauf verliebt sich Scott in in die [[Historiker]]in Lieutenant [[Carolyn Palamas]]. Zur selben Jahr Zeit wird die ''Enterprise'' im Orbit von [[Pollux IV]] von einem Wesen, welches sich der [[Hand]] des [[Apoll]] nennt, festgehalten. Scott gehört mit zum Apoll bittet darauf ein Außenteam, dass auf Pollux IV gebeamt wird. Zu der Zeit hat sich die Oberfläche und Scott in die [[Historiker]]in Lieutenant [[Carolyn Palamas]] verliebtbegleitet das Außenteam. Als Apoll Interesse für sie Palamas zeigt, reagiert Scott eifersüchtig und greift Apoll an. Apoll greift Scott mit einem Blitz an und Scott verliert dabei sein Bewusstsein. Schließlich Als Scott wieder zu Bewusstsein kommt warnt Kirk diesen Apoll nochmal zu reizen. Mit der Zeit findet Kirk die Schwachstelle von Apoll. Um Apoll zu schwächen provozieren Scott und die anderen Apoll, damit dieser Abgelenkt ist. Darauf feuert die ''Enterprise'', auf die Energiequelle von Apoll. Durch diesen Phaserbeschuß verliert Apoll endgültig seine Kraft und stirbt. Scott und die anderen können darauf von Pollux IV entkommen. ({{TOS|Der Tempel des Apoll}})
Kurz darauf reagiert die ''Enterprise'' auf den Notruf der [[USS Constellation (NCC-1017)|''Constellation'']]. Kirk beamt mit einem Landetrupp, darunter auch Scott, auf das Schiff. Scott ist dort für die Reparaturen des Schiffes verantwortlich. Scott findet auch das [[Computerlogbuch]] des Schiffes. So findet Kirk heraus, was mit dem Schiff und seiner Crew geschehen ist. Scott gelingt es, das Schiff kurz darauf wieder manövrierfähig zu machen. Als die ''Enterprise'' von dem [[Planeten-Killer]] angegriffen wird, lässt Kirk sein Team wieder an Bord der ''Enterprise'' beamen. Scott richtete vorher die Selbstzerstörung auf der ''Constellation'' ein und kurz bevor das Schiff im Planeten-Killer explodiert, beamt er Kirk an Bord der ''Enterprise''. ({{TOS|Planeten-Killer}})
