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Scott übernimmt das Kommando über die ''Enterprise'', als Kirk, Spock und McCoy auf den Planeten [[Platonius]] beamen. Kurz darauf bekommt die ''Enterprise'' die [[Telekinese|telekinetische Fähigkeiten]] von dem [[Platonier]] [[Parmen]] zu spüren. Kirk befiehlt Scott das Außenteam wieder an Bord zu beamen, aber Parmen verhindert das und kontrolliert die ''Enterprise''. Erst als Kirk dieselben Kräfte erlangt gelingt es, der ''Enterprise'' zu fliehen. ({{TOS|Platos Stiefkinder}})
[[Datei:Scotty in Röhre.jpg|thumb|left|Scott in einer JeffriesröhreJefferies-Röhre.]]
Kurz darauf übernehmen die [[Scalosianer]] die ''Enterprise'' und Kirk verschwindet durch den Einfluss der Scalosianer. Es stellt sich heraus, dass sich die Scalosianer auf einer anderen Zeitebene befinden. Spock findet heraus, dass Kirk scalosianisches Wasser getrunken hat und deswegen verschwunden ist. Auch bei Scott wird dies vermutet, aber sein Wasser ist normal. Als später Kirk wieder in seine Zeitebene wechselt, ist Scott überrascht, als dieser so plötzlich vor ihm auftaucht. ({{TOS|Was summt denn da?}})
Während sich Kirk und sein Außenteam auf einen unbekannten Planeten befinden wird die ''Enterprise'' von einer Frau mit dem Namen [[Losira]] aus dem Orbit geschleudert. Das Schiff ist Tausend Lichtjahre vom Planeten entfernt. Losira manipuliert darauf den Warpantrieb und es droht ein Kernbruch. Um den [[Warpkernbruch]] zu verhindern, muss Scott in eine [[JeffriesröhreJefferies-Röhre]] kriechen und den magnetischen Fluss mit einer [[Elektromagnetismus|elektromagnetischen]] Sonde unterbrechen. Die Sonde klemmt, doch Scott kann sie im letzten Augenblick umpolen und so den alten Zustand des Schiffes wieder herstellen. Darauf kann die ''Enterprise'' zum Planet zurückkehren und das Außenteam retten. ({{TOS|Gefährliche Planetengirls}})
Ende des Jahres ist die ''Enterprise'' unter der Kontrolle von [[Lokai]]. Kirk will das Schiff vernichten und befiehlt die Selbstzerstörung. Auch Scott hat die Kommandoberechtigung für die Selbstzerstörung und gibt seinen Code mit ein. Kurz vor der Vernichtung lenkt Lokai ein und die Selbstzerstörung wird abgebrochen. Kurz darauf ist Scott für die Entseuchung des Planeten [[Ariannus]] verantwortlich. ({{TOS|Bele jagt Lokai}})
