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Worf und Dax gelingt es mit der Hilfe von Damar dem Dominion zu entkommen. Auf Deep Space 9 angekommen, berichten die beiden von der neuen [[Dominion-Breen-Allianz]]. Währenddessen beginnen die Breen mit einem [[Überfall auf die Erde|Angriff auf die Erde]] und es kommt zu einer Wende im Dominion-Krieg. Auf der Station bereitet man sich ebenfalls auf einen Angriff vor. Um sich von dem Stress abzulenken, spielen O'Brien und Bashir an einem [[Modell]] des Alamo und den denken sich dort neue Strategien aus, um bei der Schlacht von Alamo zu gewinnen. Beim Spiel mit dem Modell verliert Bashir die Figur des [[William Travis]] und dies verärgert O'Brien etwas. Kurz darauf greift das Dominion zusammen mit den Breen [[Chin'toka-System]] an. O'Brien nimmt an an Bord der ''Defiant'' an der [[Dritte Schlacht von Chin'toka|dritten Schlacht von Chin'toka]] teil, um das System zu verteidigen. Doch mit einer neuen [[Energiedämpfungswaffe]] gelingt es den Breen die Flotte der [[Föderationsallianz]] aus zu löschen. Auch die ''Defiant'' wird bei dem Kampf schwer beschädigt und Sisko befiehlt das Schiff zu evakuieren. O'Brien muss Sisko fast gewaltsam mitnehmen, da es ihn schwer fällt sein Schiff zu verlassen. O'Brien begibt sich in eine [[Fluchtkapsel]] und kurz darauf wird die ''Defiant'' vernichtet. Allerdings beginnt nach der Schlacht von Chin'toka Damar mit der [[Cardassianische Rebellion|cardassianische Rebellion]] gegen das Dominion zu kämpfen und die Föderation hat somit einen weiteren Verbündeten. ({{DS9|Im Angesicht des Bösen}})
Nach der Niederlage bei Chin'toka, stellt sich aufgrund einer Modifikation der [[IKS Ki'tang|IKS ''Ki'tang'']], dass die Klingonen die neue Waffe der Breen abwehren kann. Allerdings sind die Schiffe der Sternenflotte und der Romulaner noch immer anfällig gegen die Waffen der Breen und O'Brien hilft mit eine Lösung gegen dieses Problem zu schaffen. Um Zeit zu gewinnen unterstützt die Föderation Damars Wiederstand. Kira, Odo und Garak werden zu Damar geschickt, um ihn zu unterstützen. Zur selben Zeit findet Bashir heraus, dass Odo an dem [[Morphogener Virus|morphogenen Virus]] leidet, welcher sein Volk tötet. Bashir beginnt sofort nach einem Heilmittel zu forschen, doch von der Sternenflotte bekommt dieser keine Unterstützung. Mit der Zeit findet Bashir heraus, dass [[Sektion 31]] hinter der Krankheit der Gründer steckt. Bashir muss nun ein Heilmittel finden, ohne das Sektion 31 davon etwas mitbekommt. ({{DS9|Ein Unglück kommt selten allein}})
Die nächsten Wochen forscht Bashir erfolglos nach einem Heilmittel gegen Odos Krankheit, aber er ist erfolglos. O'Brien will Sektion 31 unterwandern, doch Bashir hält dies für zu riskant und forscht weiter. O'Brien unterstützt Bashir bei seinen Forschungen, doch er kommt nicht voran. O'Brien schlägt schließlichh vor vorzugeben ein Heilmittel gefunden zu haben und so Sektion 31 anzulocken. Bashir gefällt der Plan und die beiden hoffen so an das Heilmittel heran zu kommen. ({{DS9|Kampf mit allen Mitteln}})
Odo kehrt inzwischen von seiner Mission nach Deep Space 9 zurück, doch Bashir gibt Odo nur noch eine Woche zu leben. Bashir gelingt es die Schmerzen von Odo zu lindern und setzt seine Forschungen fort. O'Brien berichtet Sisko, dass er und Bashir Sektion 31 auf die Station locken will. Als Sisko erfährt, dass diese Krankheit, welche die Gründer tötet von Sektion 31 stammt, genehmigt er Bashirs Plan, da Sisko nicht für einen Völkermord mit verantwortlich sein will. Bashirs Trick geht inzwischen auf und eines Nachts taucht Sloan auf und fordert das Heilmittel von ihm. Da Bashir mit Sloans erscheinen gerechnet hat, gelingt es ihm Sloan gefangen zu nehmen. Sloan bemerkt den Trick mit Bashirs Heilmittel und gibt zu, überrascht zu sein. Bashir und O'Brien versuchen darauf mit [[Romulanischer Gedächtnisscanner|romulanischen Gedächtnisscanner]] in seinen Geist einzudringen, um so an die Informationen für das Heilmittel zu gelangen. Aber mit Hilfe einer [[Neurodepolarisationsvorrichtung]] begeht Sloan Selbstmord und er droht innerhalb einer Stunde zu sterben. Mit Hilfe einer [[Multitronischer engrammatischer Übersetzer|multitronischen engramatischen Übersetzers]] dringen die beiden in das Gehirn und den Geist von Sloan ein, um so an die Information zu gelangen.
Bashir und O'Brien wissen das sie nur wenige Zeit haben, um an die Informationen in Sloans Geist heranzukommen und Sloan tut alles um dies zu verhindern. Schließlich gelingt es den beiden die Information zu bekommen. Sloan versucht Bashir mit in den Tod zu reißen und bietet ihn noch viele weitere Informationen über Sektion 31 an. Bashir kann dieser Falle nicht widerstehen und will noch mehr Information, aber O'Brien kann Bashir davon überzeugen den sterbenden Geist von Sloan zu verlassen. Den beiden gelingt es noch rechtzeitig Sloan zu verlassen und mit dem Heilmittel gelingt es Bashir Odo zu heilen. ({{DS9|Extreme Maßnahmen}})
Nach dem Ende des Dominion-Kriegs kehrt er mit seiner Familie zur Erde zurück, um dort der Tätigkeit eines Dozenten der Sternenflottenakademie nachzugehen. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil II}})