Kurz darauf dringt ein Einsatzkommando der MACOs mit auf einen verlassenen [[Frachter]] ein. An Bord ist aber die gesamte [[Besatzung]] [[Tod|tot]], später stellt sich heraus, dass die [[Osaarianer]] für diesen Angriff verantwortlich sind. Später greifen die Osaarianer die ''Enterprise'' an. Die MACOs helfen zwar bei der Verteidigung des Schiffes, können aber nicht verhindern, dass die Osaarianer Materialien von der ''Enterprise'' [[Diebstahl|stehlen]]. Später gelingt es Archer und einem MACO-Team die gestohlene Beute von der ''Enterprise'' in [[Sphäre 1]] wieder zu beschaffen. ({{ENT|Anomalie}})

Die [[Xindi-Reptilianer]] schleusen einen eine [[Agent]]enin, [[Rajiin]] an Bord der ''Enterprise''. Diese soll mit ihre ihren [[Telepathie|telepathischen]] Fähigkeiten Daten über die Menschen sammeln. Kurz darauf greifen die Reptilianer die ''Enterprise'' an, um Rajiin zu befreien. Die Xindi [[Enterung|entern]] das Schiff und die MACOs versuchen die ''Enterprise'' zu verteidigen. Bei den Kämpfen mit den Xindi werden einige MACOs verletzt. Den Reptilianer Reptilianern gelingt es Rajiin zu befreien. ({{ENT|Rajiin}})

Nachdem die [[Triannoner]] die ''Enterprise'' geentert haben, wird darauf die [[Liste von Crewmitgliedern der Enterprise (NX-01)|Crew]] von den Triannoner Triannonern entwaffnet und in ihre [[Quartier]]e eingesperrt. Auch die MACOs müssen ihre Waffen abgeben und sie werden eingesperrt. Später gelingt es Archer durch eine List den Triannoner Triannonern zu entkommen und er kann einige sogar entwaffnen. Archer gelingt es einige, MACO-Soldaten zu befreien und gemeinsam gelingt es ihnen die ''Enterprise'' zurück zu erobern. ({{ENT|Das auserwählte Reich}})

Als es später zu einer Krise innerhalb der Mannschaft kommt , vertraut Captain Archer den MACOs zunehmend mehr und überträgt ihnen wichtige Sicherheitsaufgaben, was den Konflikt zur eine [[Meuterei]] anzettelnden Mannschaft verschärft. Major Hayes wird direkt dem Captain unterstellt. Tucker, [[T'Pol]] und Reed greifen die MACOs an um die ''Enterprise'' wieder unter Kontrolle zu bekommen. Es gelingt ihnen die MACOs aufzuhalten. Archer hat sich aufgrund eines Sekrets der [[Xindi-Insektoid]]en zu dieser Zeit seltsam verhalten. Nachdem dieser wieder geheilt worden ist, werden die MACOs kurzfristig vom Dienst [[Suspendierung|suspendiert]]. Aber dadurch, dass es sich bei diesem Vorfall nur um ein Missverständnis gehandelt hat, werden die MACOs kurze Zeit später wieder rehabilitiert. ({{ENT|Brutstätte}})

In der letzten Phase der Xindi-Krise spielen die MACOs erneut eine große Rolle. [[Corporal]] [[F. Hawkins|Hawkins]] gehört mit zu dem Außenteam, welches eine der [[Delphische Sphäre|Delphischen Sphären]] erforscht. Dem Außenteam gelingt es wichtige Daten für die Vernichtung der Spähren Sphären zu sammeln, aber Hawkins wird dabei durch die Verteidigungsanlagen der Sphäre getötet. ({{ENT|Der Rat}})

Als sich die [[Xindi-Superwaffe]] der Erde nähert , dringt ein MACO-Team, geführt von Captain Archer, in das Innere der Waffe ein. Bei Kämpfen an Bord der Waffe wird [[M. Forbes|Forbes]] von einem Reptilianer getötet. Währenddessen greift die ''Enterprise'' [[Sphäre 41]] an um das Delphische-Sphären-Netzwerk zu vernichten. Die Sphärenbauer versuchen das zu verhindern und dringen an Bord der ''Enterprise'' ein. Die MACOs wollen sie aufzuhalten, aber ihre Waffen bewirken nichts. Erst nachdem die Sphäre vernichtet worden sindist, gelingt es den MACOs die Sphärenbauer aufzuhalten und die ''Enterprise'' zu retten. In der Zwischenzeit gelingt es Archer die Xindi-Superwaffe zu vernichten und die Erde zu retten. ({{ENT|Stunde Null}})

Während der [[Augment-Krise]] sind die MACOs in zunächst für die Bewachung von [[Doktor]] [[Arik Soong]] abgestellt. Als die [[Augment]]s um [[Malik]] dann die ''Enterprise'' entern um ihn zu befreien können sie aufgrund der überlegenen Stärke der Angreifer und weil diese Captain Archer als [[Geisel]] nehmen nichts gegen sie unternehmen. Mehrere MACOs werden von den Augments mit [[Disruptor]]en angeschossen. ({{ENT|Borderland}})

{{Meta|Es ist nicht bekannt, wie schwer die Verletzungen der Verwundeten bei der Enterung der ''Enterprise'' waren, aber weil die Augments erbarmungslos aus kurzer Distanz mit [[Klingone|klingonischen]] Disruptoren feuerten, die, so weit bekannt, über keinen Betäubungsmodus verfügen, muss davon ausgegangen werden, dass die Verletzungen tödlich waren. Als später auf Cold Station 12 ein MACO angeschossen wird , ist er zwar danach wieder fit, das könnte jedoch an Soongs Anweisung liegen niemanden zu töten. Diese Anweisung wurde jedoch erst nach seiner Befreiung gegeben.}}

Als Arik Soong auf die ''Enterprise'' zurück kehrtzurückkehrt, wird er von den MACOs bewacht. Später wird der MACO-Soldat, der bei Soong bewachen soll, von Malik überwältigt. Malik will Soong für den angeblichen [[Verrat]] an den Augments töten, aber bevor ihm dies gelingt, wird Malik von Archer getötet. ({{ENT|Die Augments}})

Die MACOs stehen als [[Eskorte|Empfangseskorte]] zur Begrüßung von [[Botschafter]] [[Gral (Tellarit)|Gral]]. Sie werden auch als Bewachung für die an Bord der ''Enterprise'' befindlichen [[Andorianer]] und [[Tellarit]]en eingesetzt. Es kommt immer wieder zu Konflikten zwischen beiden [[Spezies]] an Bord. Um einen Angriff auf Tellariten durchzuführen versucht die Andorianerin [[Talas]] einen MACO abzulenken und greift ihn darauf an. So gelingt es ihr und [[Shran]] aus ihrem [[Quartier]] auszubrechen. Es kommt darauf zu einem heftigen Feuergefecht zwischen den Andorianern und Tellariten, bei dem die MACOs eingreifen müssen. Nachdem dieser Konflikt gelöst worden ist , bewachen die MACOs wieder die Andorianer und die Tellariten. ({{ENT|Babel|Vereinigt}})

Nach der Gründung der [[Föderation]] werden die MACOs in die Sternenflotte intigriertintegriert. ({{film|13}})