===Vulkan===
Während der schiffsweiten Übertragung mit den Parametern der Mission schreckt Kirk auf und wird von den Nebenwirkungen des Impfstoffes gequält. McCoy versucht ihn zu behandeln, da Kirk aber gleichzeitig versuch das Schiff zu retten (da dieses in eine Falle fliegt), gestaltet sich dies sehr schwierig.
<br/>Nachdem Kirk auf die Brücke gerannt ist, versucht er diesen zurück zur Krankenstation zu bringen, wird aber von Captain Pike aufgehalten. Nach der Ankunft bei Vulkan nimmt McCoy fassunglos zur Kenntnis, dass Captain Pike Kirk, Sulu und Olsen auf eine gefährliche Mission schickt, um den Bohrer aufzuhalten. Er kann aber nichts dagegen sagen und nimmt das still zur Kenntnis.
~Wenig später greift Nero die Enterprise doch an, wodurch der eigentliche medizinische Oberoffizier des Schiffes getötet wird und McCoy diese Position erhält. Durch das allgemeine Chaos erfährt er erst spät von davon, das Kirk vom Schiff geworfen und auf den Planeten [[Delta Vega (Neue Zeitlinie)|Delta Vega]] ausgesetzt wurde. Allgemein ist er mit Spocks Einstellung unzufrieden und irritiert, da Spock seinen Planeten und seine Mutter verloren hat, aber kaum Emotionen zeigt. Er macht sich für seinen Freund stark, stößt aber auf taube Ohren, was ihn noch mehr irritiert und aufwühlt. ===Konfrontation====Nachdem man Kirk, der auf ungeklärte Weise im Maschinenraum aufgetaucht war, zusammen mit einem weiteren Offizier auf die Brücke bringt, beobachtet McCoy mit der restlichen Brückencrew, wie Kirk Spock so lange provoziert, bis dieser ausrastet und nach einer epischen Schlägerei sein Amt niederlegt. Fassungslos blickt McCoy auf seinen Freund und fährt ihn an, dass er, was auch immer er machen wollte, geschafft hat. Die Enterprise hat nun weder einen Captain, noch einen Ersten Offizier um ihn zu ersetzen. Doch Kirk setzt sich, demoliert aber lächelnd, in den Captain's Stuhl, worauf Sulu die perplexen Leute darüber aufklärt, dass Pike ihn kurz vor dem Start des Shuttles zum Ersten Offizier gemacht hat. McCoy ist anfangs sprachlos, fängt sich aber schnell wieder.<br/>Kurz darauf werden er und Kirk von Ensign [[Pavel_Andreievich_Chekov_(Neue_Zeitlinie)|Chekov]] auf eine Möglichkeit angesprochen, wie sie unentdeckt von Nero zur Erde gelangen könnten. Er blickt auf den sehr jungen Ensign und fragt nach dessen Alter. Nachdem er es erfahren hat, fragt er Kirk, ob es eine so gute Idee ist auf einen 17-jährigen zu hören. Er wird vom wiedergekommenen Spock unterbrochen, der Chekovs Berechnungen stützt.~
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