Als die Enterprise den Auftrag erhält , den Planeten Nibiru zu untersuchen, muss die Crew feststellen, dass ein aktiver Vulkan droht, die nicht weit entwickelte, humanoide Spezies des Planeten zu vernichten. Kirk und McCoy sollen für ein Ablenkungsmanöver sorgen, damit Sulu, Spok und Uhura mit einem Shuttle in den Vulkan fliegen können, um ihn erkalten zu lassen. Kirk stiehlt eine heilige Schriftrolle aus dem vulkan-nahem einem vulkannahem Wohngebäude. Die wütenden Einheimischen verfolgen ihn. McCoy besorgt daraufhin ein riesiges Reittier, welches Kirk aus Versehen erschießt. Damit die Einheimischen sie nicht mehr verfolgen, hängt Kirk die Schriftrolle an einen Ast, sodass er und McCoy ins Meer springen können, wo die Enterprise versteckt gehalten wird. <br/>Spock wird in der Zeit in den Vulkan gelassen, allerdings hält das Metallseil der Hitze nicht stand und reißt. Die Enterprise fliegt, entgegen der Obersten Direktive , zum Vulkan und beamt Spock an Bord, kurz bevor sein Gerät die Lava erkalten lässt. Allerdings sahen die Einheimischen die Enterprise. <br/>Als Kirk den so eben gebeamten Spock fragt wie es ihm ginge, spricht dieser ihn auf die Regelverletzung an. McCoy sagt darauf: "Dem geht's prima!", um über die Angewohnheit Spocks', Regeln über Leben zu stellen, zu spotten.

Als die Enterprise durch ein Leck im Kühlsystem des Warpkerns am Rand der Neutralen Zone strandet, Kirk aber trotzdem seine Mission [[Khan Noonien Singh (Neue Zeitlinie)|John Harris]] zu erledigen (oder gefangen zu nehmen) weiter verfolgen will, ermahnt er ihn erneut; diesmal darauf bezogen, dass er keinen Unsinn machen soll, solange sie nicht weg können. Doch auch diese Ermahnung lässt Kirk ungehört verstreichen, er geht mit Spock und Uhura runter und fliegt mit einem beschlagnahmten Gleiter runter nach [[Qo'noS]] <small>(alternative Schreibweise Kronos?)</small>. Derweil macht der stellvertretende Captain [[Hikaru Sulu (Neue Zeitlinie)|Sulu]] eine Ansage an HarrisHarrison, die McCoy etwas verstört hinnimmt.

Nachdem Khan von Qo'nos geholt wurde, untersucht McCoy dessen Blut und stellt fest, dass sich Khans Trobozythen erstaunlich schnell regenerieren. Aus diesem Grund spritzt er einem toten [[Tribble]] ein bisschen was etwas von dem Blut um zu sehen, was bei einem toten Wirt passiert.

Etwas später muss er zusammen mit [[Carol Marcus (Neue Zeitlinie)|Dr. Carol Marcus]] einen der Torpedos auf einen einsamen Planetoiden entschärfen und beklagt sich bei Kirk lauthals darüber, dass er zwar immer davon geträumt hatte , mit einer schönen Frau irgendwo zu stranden, dabei aber nie ein Torpedo im Spiel war. Während des Entschärfungsversuchs geht allerdings etwas schief, McCoy aktiviert außversehen den Torpedo und wird in diesem eingeklemmt. Da der Transporter nicht zwischen ihm und den Torpedo unterscheiden kann, sieht es kurzzeitig so aus, als würde er von diesem getötet werden. Nur Carol Marcus gelingt es in der letzten Sekunde den Torpedo zu entschärfen und offenbart dessen eigentlichen Inhalt. Eine kryogene Kapsel mit einen Menschen darin.

Einige Zeit später, als die Hauptenergie des Schiffes durch Kirks Opfer wiederhergestellt wurde, nimmt er dessen Tod fassungslos zur Kenntnis, stößt dann aber auf den Tribble, der durch Khans Blut wieder lebt. Er lässt Kirks Körper in eine der Kryo-Kammern stecken und versucht Spock, der unterdessen die Verfolgung von Khan aufgenommen hat, zu erklären, dass er Khans Blut braucht , um Kirk zu retten. Da er diesen aber nicht erreichen kann, versucht er es über die Brücke, worauf sich Uhura runterbeamen lässt und Spock hilft Khan festzunageln.