Nach der [[Scheidung]] von seiner [[Ehe]]frau, entschließt sich McCoy im Jahr [[2255]] zur [[Sternenflottenakademie]] zu gehen. Als sein Freund James Tiberius Kirk bei einem Sternenflottentest schummelt, impft McCoy ihn damit Kirk trotz seines Hausarrestes auf der Enterprise mitfliegen kann. Unter dem Komando von Captain Spok wird er, nach dem im Kampf gegen Nero der 1. medizinische Offizier gefallen ist, zum Chefarzt ernannt. Er ist gegen die Entscheidung Spoks, Kirk auf Delta Vega auszusetzen. Später dient er als [[Chefarzt]] unter dem jungen [[Captain]] [[James Tiberius Kirk (Neue Zeitlinie)|James T. Kirk]] auf der [[USS Enterprise (Neue Zeitlinie)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701)]]. Nach dem Kampf gegen Khan, trägt McCoy zur Reanimierung des verstrahlten Kirk bei.({{film|11}}) Mission auf Nibiru Als die Enterprise den Auftrag erhält den Planeten Nibiru zu untersuchen, muss die Crew feststellen, dass ein aktiver Vulkan droht, die nicht weit entwickelte, humanoide Spezies des Planeten zu vernichten. Kirk und McCoy sollen für ein Ablenkungsmanöver sorgen, damit Sulu, Spok und Uhura mit einem Shuttle in den Vulkan fliegen können, um ihn erkalten zu lassen. Kirk stiehlt eine heilige Schriftrolle aus dem vulkannahem Wohngebäude. Die wütenden Einheimischen verfolgen ih. McCoy besorgt ein riesiges Reittier, welches Kirk aus Versehen erschießt. Damit die Einheimischen sie nicht mehr verfolgen, hängt Kirk die Schriftrolle an einen Ast, sodass er und McCoy ins Meer springen können, wo die Enterprise versteckt gehalten wird. Spok wird in der Zeit in den Vulkan gelassen, allerdings hält das Metalseil der Hitze nicht stand und reißt. Die Enterprise fliegt, trotz der Direktive zum Vulkan und beamt Spok an Bord, kurz bevor sein Gerät die Lava erkalten lässt. Allerdings sahen die Eionheimischen die Enterprise. Als Kirk den so eben gebeamten Spok fragt wie es ihm ginge, spricht dieser ihn auf die Regelverletzung an. McCoy sagt darauf: ¨Dem geht´s prima!¨, um über die Angewohnheit Spoks´, Regeln über Leben zu stellen, zu spotten.