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Einige Zeit später wird der vermisste [[Carter Winston]] an Bord der ''Enterprise'' gebeamt. McCoy bedankt sich bei Winstondafür, dafür das dass er seiner Tochter vor zehn Jahren mit seinen Hilfslieferung das Leben gerettet hat. Von Kirk bekommt McCoy den Auftrag Winston zu untersuchen, doch McCoy entdeckt einige Anormale anomale Werte bei Winston. Später stellt sich jedoch heraus, dass Winston in Wirklichkeit ein [[Vendorianer]] ist, welcher im Auftrag der [[Romulaner]] die ''Enterprise'' [[Sabotage|sabotieren]] soll. Der Vendorianer setzt McCoy außer Gefecht und nimmt dessen Gestalt an. Allerdings erkennen Kirk und Spock schnell, dass es sich bei McCoy nicht um den echten handelt und sie finden den echten McCoy in einem abgesperrten Raum. Kirk und Spock suchen weiter nach dem [[Carter Winston (Vendorianer)|Vendorianer]], als plötzlich die Romulaner auftauchen. Als die Romulaner die ''Enterprise'' angreifen, hilft der Vendorianer der ''Enterprise'' den Romulanern zu entkommen. Der Vendorianer hat nicht nur die Gestalt von Winston angenommen, er hat auch Teile der Persönlichkeit und auch die auch Güte , für die Winston berühmt ist , übernommen. ({{TAS|Der Überlebende}})

Auf dem Planeten [[Phylos]] gehört McCoy zum Außenteam. Dort wird Sulu von einer [[Retlaw-Pflanze]] vergiftet und McCoy kann nicht viel für ihn tun. Allerdings wird Sulu von einem [[Phylosier]] behandelt und McCoy ist erstaunt , wie schnell das Gegengift wirkt. Später wird Spock von den Phylosiern entführt und soll geklont werden. McCoy gehört mit zu dem Rettungsteam und er entwickelt ein Pflanzenvernichtungsmittel, um gegen die Phylosier kämpfen zu können. Schließlich gelingt es dem Außenteam Spock zu befreien und eine friedliche Einigung mit den Phylosiern zu finden. ({{TAS|Das Superhirn}})

Kurz darauf fliegt die ''Enterprise'' ins [[Galaktischer Kern|Zentrum der Galaxie]], um dort Forschungen durch zu führendurchzuführen. Die ''Enterprise'' wird in einem geheimnisvollen Energiewirbel gefangen und verschwindet in ein anderes [[Raum-Zeit-Kontinuum]], in dem die bekannten Naturgesetze nicht gelten. Dort erscheint der Crew ein Wesen, welches sich als [[Lucien]] vorstellt. Er sieht aus wie der [[Teufel]] und freut sich auf das Treffen mit den Menschen. Er zeigt Kirk, Spock und McCoy [[Megas-Tu]], die Heimat der [[Megasier]], eine Rasse von magischen Wesen , die auch vor Jahrhunderten auf der Erde gelebt haben. Als die Megasier die ''Enterprise'' entdecken, wird werden die Crew der ''Enterprise'' und Lucien vor ein Gericht gebracht. Lucien wird angeklagt den Menschen verraten zu haben , wo Megas-Tu liegt, während die Menschen für ihre Verbrechen in der Vergangenheit angeklagt werden. Die Menschen haben in der Vergangenheit die Megasier als [[Ketzer]] und Hexen verfolgt. Kirk verteidigtsich, dass die Menschen sich weiterentwickelt haben und kann dies auch Beweisenbeweisen. Kirk, seine Crew und Lucien werden freigelassen und ein friedlicher Kontakt kommt mit den Megasier kommt zu Stande. ({{TAS|Das Geheimnis von Megas-Tu}})

Nach den letzten Ereignissen will die Crew der ''Enterprise'' wieder auf den Landurlaubsplaneten Urlaub machen. Als das Außenteam auf den Planeten beamt, erinnern sich Sulu und McCoy an die alten Zeiten, vor allem , als sie dem Kaninchen und Alice aus dem Wunderlandbegegnet sind. Vor kurzer Zeit ist der Wächter des Planeten gestorben und der Computer des Planeten übernimmt die Steuerung über die Phantasiewesen. McCoy sieht sich gerade ein Haus aus den Südstaaten an, als dieser plötzlich von der [[Herzkönigin]] und ihren Karten angegriffen wird. Im letzten Moment kann McCoy zurück auf die ''Enterprise'' gebeamt werden. Allerdings wird Uhura von dem Computer entführt. Kirk, Spock, McCoy und Sulu begeben sich zurück auf den Planeten, um dort nach Uhura zu suchen. Bei der Suche findet das Außenteam das Grab vom Wächter des Planeten. Darauf wird das Außenteam von zwei [[Pterosaurier]] angegriffen, doch das kann sich noch rechtzeitig in einer Höhle verstecken. Mit einem Trick gelingt es Kirk und Spock zum Hauptcomputer zu gelangen. Dort erfahren sie vom Computer, dass er es Leid leid ist anderen Vergnügen zu bereiten. Kirk kann den Computer zu einer friedlichen Koexistenz überzeugen , in der sie gegenseitig von einander voneinander lernen. Der Computer lässt Uhura wieder frei und die Crew kann ihren verdienten Urlaub auf den Planeten machen. McCoy und Sulu machen darauf ein [[Picknick]] zusammen mit Alice, dem weißen Kaninchen und einem [[Drache]]n. ({{TAS|Phantasie oder Wirklichkeit}})

Bei Vermessungsarbeiten empfängt die ''Enterprise'' einen Notruf , welcher über einen alten [[Intersat-Code]] übersendet wird. McCoy hält das Signal nicht für echt, trotzdem geht Kirk diesen diesem Notruf nach. Als die ''Enterprise'' den Planeten erreicht, von dem der Notruf stammt, da wird das Schiff von seltsamen Strahlen angegriffen. Die Strahlen bewirken, dass die ganze Mannschaft an Bord [[schrumpfen|kleiner]] wird. McCoy muss viele Crewmitglieder behandeln, welche sich durch Stürze verletzt haben. McCoy behandelt auch Sulu, welcher sich bei einem Sturz das Bein gebrochen hat. Um den Prozess zu beenden, lässt sich Kirk auf den Planeten beamen, damit er herausfindet woher die Strahlen stammen. Durch den Transporter erhält Kirk seine normale Größe wieder. Kirk entdeckt eine kleine Stadt auf dem Planeten in dem winzig kleine Menschen leben. Sie haben mit diesen Schrumpfstrahlen versucht, mit der ''Enterprise'' zu [[Kommunikation|kommunizieren]], damit das Schiff ihre Stadt rettet. Die Bewohner nennen sich [[Terraziner]] und sie beamen einen Teil der Crew , darunter auch McCoy , in ihre Stadt. McCoy besichtigt mit den anderen die Stadt. Durch den Transporter erhält die Besatzung ihre normale Größe wieder. Außerdem wird die Stadt der Terraziner an Bord gebeamt und wird auf einen einem anderen Planeten in Sicherheit gebracht. ({{TAS|Die Rettungsmission}})

Darauf bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag zu erkunden, warum im [[Delta-Dreieck]] Raumschiffe verschwinden. Als die ''Enterprise'' das Delta-Dreieck erreicht, wird das Schiff von den Klingonen angegriffen. Während des Kampfes verschwindet erst das Klingonen-Schiff und darauf die ''Enterprise''. Die ''Enterprise'' und die Klingonen befinden sich in einem unbekannten Gebiet. Kirk ist gezwungen mit den Klingonen zusammen zu arbeitenzusammenzuarbeiten, obwohl McCoy dies nicht gefällt. Gemeinsam gelingt es, dass beide Schiffe aus dem Delta-Dreieck entkommen können. ({{TAS|Die Zeitfalle}})

McCoy gehört mit zum Außenteam, welches mit einem [[Aquashuttle]] den Planeten [[Argo (Planet)|Argo]] erforscht. Aber das Shuttle wird von einem riesigen im [[Wasser]] lebenden Bestie angegriffen. Das Außenteam kann sich vor dem Monster retten, mit Ausnahme von Kirk und Spock. Die Bestie verschwindet mit dem Shuttle, in dem sich die beiden befinden. McCoy und Scott suchen fünf Tage die Oberfläche ab und finden die beiden schließlich. Aber bei Kirk und Spock wurde der [[Stoffwechsel]] verändert, die beiden besitzen [[Kieme]]n und brauchen Wasser zum atmen. McCoy versucht alles, um dies rückgängig zu machen, aber er scheitert. Kirk und Spock suchen auf den dem Planeten nach dem Bewohnern, welche ihnen das angetan haben. Kirk und Spock finden bei den [[Aquaner]]n eine Formel, welche sie wieder zu Luftatmern macht. McCoy injiziert das Gegenmittel und Kirk und Spock werden wieder zu Luftatmern. ({{TAS|Die Entführung}})

Im Orbit von [[Lactra VII]] bekommt Kirk den Auftrag nach den vermissten Crewmitgliedern der [[USS Ariel|USS ''Ariel'']] zu suchen. Kirk beamt mit einem Außenteam auf den Planeten. Auf der Oberfläche wird das Außenteam von einer riesigen Echse angegriffen. Kirk und Spock gelingt es die Echse außer Gefecht zu setzen, allerdings begräbt diese dabei McCoy. Kirk und Spock graben McCoy unter der Echse heraus. Wenig später werden die drei von den [[Lactraner]] gefangen genommen. Das Außenteam wird in eine Art [[Zoo]] gebracht und dort für die Lactraner ausgestellt. Dort werden sie In dem Zoo befindet sich auch die Crew der ''Ariel''. McCoy kümmert sich dort um die kranke [[Nancy Randolph]] und bittet die Lactraner um seine medizinische Ausrüstung. Kirk gelingt es wenig später mit einem entwendeten Kommunikator Kontakt mit der ''Enterprise'' aufzunehmen. Er versucht an Bord zu beamen, aber statt ihm wird ein junger Lactraner an Bord gebeamt. Scott kann an Bord der ''Enterprise'' einen friedlichen Kontakt mit dem Lactraner aufnehmen. Kurz darauf wird werden das Außenteam und die Crew der ''Ariel'' frei gelassen und diese kehren auf die ''Enterprise'' zurück. ({{TAS|Auf der Suche nach Überlebenden}})