Einige Wochen später steht Kirk als erster Captain der Sternenflotte vor einem [[Kriegsgericht]]. Kirk steht unter Verdacht, fahrlässig gehandelt zu haben und somit für den Tod von [[Benjamin Finney]] verantwortlich zu sein. Auf [[Sternenbasis 11]] wird ihm der Prozess gemacht. McCoy gehört in dieser Zeit zu den wenigen, welcher die zu Kirk steht stehen, und er ist sehr verärgert, als ehemalige Kameraden von Kirk diesen beschuldigen wollen. Später, als es zum Prozess kommt, sagt McCoy für Kirk aus. Die Verhandlung läuft jedoch schlecht für Kirk und dieser steht kurz davor, schuldig gesprochen zu werden und [[Ehre|unehrenhaft]] aus der Sternenflotte entlassen zu werden. Unerwartet findet Spock heraus, dass Finney seinen Tod nur vorgetäuscht hat und den Computer der ''Enterprise'' manipuliert hat, um sich so an Kirk für sein früheres Verhalten zu rächen. Um dies zu Beweisen beweisen wird der Prozess auf die ''Enterprise'' und die ganze Crew wird auf die Sternenbasis verlegt. Da sich Finney noch an Bord der ''Enterprise'' versteckt hält, unterdrückt McCoy mit einem [[Soundabsorber]] die [[Herz]]töne der anwesenden Mitglieder des Gerichts und letztendlich ist nur noch Finneys Herzton zu hören. Kirk spürt darauf Finney im [[Maschinenraum]] auf und anhand der Beweise wird Kirk freigesprochen. ({{TOS|Kirk unter Anklage}})

Einige Zeit später benötigt die Crew Erholung von ihren stressigen Missionen. Als die ''Enterprise'' einen [[Landurlaubsplanet|unbekannten Planeten]] erreicht, erkunden [[Hikaru Sulu]] und McCoy die Oberfläche, ob sich der Planet für einen [[Landurlaub]] für die Crew eignet. McCoy findet diesen diesen friedlichen Planeten herrlich, bis er plötzlich den [[Weißer Hase|Weißen HaseHasen]] und [[Alice (Charakter)|Alice]] aus [[Alice im Wunderland]] sieht. McCoy meldet darauf diesen Vorfall an die ''Enterprise'', doch Kirk hält dies für einen Scherz. Kurz darauf beamt auch Kirk und ein Außenteam auf den Planeten und McCoy zeigt Kirk die Hasenspuren. Das Außenteam stellt auf den dem Planeten fest, dass hier Gedanken Wirklichkeit werden. Einige Zeit später begleitet McCoy [[Yeoman]] [[Tonia Barrows]], als plötzlich ein [[schwarzer Ritter]] auftaucht und die beiden bedroht. McCoy hält das ganze noch immer für eine [[Halluzination]] und stellt sich dem Ritter entgegen. Doch der Ritter greift an und verwundet McCoy scheinbar tödlich. Wenig später ist der Leichnam von McCoy verschwunden und Kirk und sein Außenteam können sich nicht erklären, was mit McCoy geschehen ist. McCoy wird allerdings unter die Planetenoberfläche und wird dort behandelt. Später kehrt der gesunde McCoy mit zwei [[Tanz|Tänzerinnen]] aus einem [[Kabarett]] auf [[Rigel II]] auf die Oberfläche zurück. Inzwischen hat der [[Verwalter (Landurlaubsplanet)|Verwalter]] des Planeten die ganze Situation und Funktionsweise des Planeten erklärt und darauf verordnet Kirk der gesamten Crew der ''Enterprise'' den Landurlaub auf diesen Planeten. ({{TOS|Landeurlaub}})

Nachdem Sulu ziemlich verwirrt von dem Planeten [[Beta III]] auf die ''Enterprise'' zurück gebeamt wird, beamt Kirk mit einen Außenteam auf die Planetenoberfläche um heraus zu finden herauszufinden, was mit Sulu geschehen ist. Es stellt sich schnell heraus, dass die [[Bewohner von Beta III|Bevölkerung]] unter der Kontrolle von einem Wesen namens [[Landru]] stehensteht. Als die Wächter von Landru das Außenteam gefangen nehmen willwollen, gelingt es Kirk und den anderen im letzten Moment zu fliehen. Doch da auch die Bevölkerung unter der Kontrolle von Landru steht, wird die Flucht des Außenteams dadurch erschwert. Später wird das Außenteam von Landru aufgespürt und gefangen genommen. McCoy ist der erste , der darauf absorbiert wird und unter der völligen Kontrolle von Landru steht. McCoy erkennt nicht mehr Kirk und sieht das Außenteam als feindliche Fremde an. Später greift McCoy Kirk sogar an und Kirk ist gezwungen McCoy bewusstlos zu schlagen. Wenig später findet Kirk heraus, dass Landru in Wirklichkeit ein Computer ist. Nachdem es Kirk gelungen ist den Computer zu vernichten, werden Sulu, McCoy und die Bevölkerung des Planeten vom Einfluss Landrus befreit. ({{TOS|Landru und die Ewigkeit}})

Die ''Enterprise'' bekommt im selben Jahr den Auftrag, diplomatischen Kontakt zu dem Planeten [[Eminiar VII]] aufzunehmen. Kirk und ein Außenteam beamen auf den Planeten, während Scott das Kommando auf der ''Enterprise'' hat. Zu der Zeit befindet sich der Planet Eminiar VII in einem Computer simulierten Krieg mit der Nachbarwelt [[Vendikar]]. In dieser Simulation wird das Landeteam und die ''Enterprise'' als vernichtet registriert. Das Landeteam wird gefangen genommen und der Rest der Crew der ''Enterprise'' soll sich auf den Planeten beamen, um dort zu sterben. Der Ratspräsident von Eminiar VII, [[Anan 7]], versucht die Crew mit der gefälschten Stimme von Kirk auf den Planeten zu locken. Doch Scott und McCoy reagieren misstrauisch und Scott Scotts Vermutung bestätigt, diese Aufzeichnung ist eine Fälschung. Später gelingt es Kirk zwischen beiden Welten zu vermitteln und der Krieg wird beendet. ({{TOS|Krieg der Computer}})

Einige Wochen später entdeckt die ''Enterprise'' ein im All treibendes Raumschiff der [[DY-100-Klasse]]. Das Schiff wird als [[SS Botany Bay|SS ''Botany Bay'']] identifiziert. McCoy entdeckt schwache Lebenszeichen auf dem Schiff und Kirk beamt darauf mit einem Außenteam auf die ''Botany Bay''. Als das Außenteam sich an Bord befindet, wird die [[Kälteschlafkammer]] des Anführers [[Khan Noonien Singh]] aktiviert, doch diese ist Fehlerhaft fehlerhaft und Khan droht zu sterben. McCoy gelingt es allerdings, ihm allerdings das Leben zu retten. Darauf wird Khan auf die Krankenstation gebracht. Khan erwacht dort und bedroht McCoy mit einem [[Skalpell]], doch McCoy bleibt trotz der bedrohlichen Situation ziemlich ruhig. Khan ist sehr beeindruckt vom Mut McCoys und bittet diesen den Captain sprechen zu dürfen. Zu Ehren ihres Gastes veranstaltet Kirk ein Dinner an Bord der ''Enterprise'', bei dem auch McCoy anwesend ist. Später ist McCoy auf auch bei der Besprechung anwesend, auf der Spock erklärt, dass er herausgefunden hat, wer Khan wirklich ist. Es ist allerdings bereits zu spät und Khan übernimmt die Kontrolle über die ''Enterprise''. Daraufhin muss McCoy mit ansehen , wie Kirk durch Khan in der [[Unterdruckkammer]] hingerichtet werden soll. Im letzten Moment wird Kirk befreit und flutet das Schiff mit [[Neuralgas]], darunter auch den Konferenzraum , wo sich Khan und seine Gefolgsleute aufhalten. Alle werden bewusstlos, darunter auch McCoy, jedoch gelingt es Khan zu entkommen. Kurz darauf trifft Scott auf Kirk, und berichtet ihm von Khans Verschwinden. Später gelingt es Kirk jedoch Khan zu überwältigen. McCoy ist kurz darauf auch bei der Anhörung gegen Khan anwesend, bei der Kirk Khan vorschlägt, ihn auf [[Ceti Alpha V]], einem ungastlichen aber bewohnbaren Planeten, auszusetzen. ({{TOS|Der schlafende Tiger}})

McCoy gehört einige Zeit später zu einem Außenteam, das auf den Planeten [[Omicron Ceti III]] beamt. Da der Planet tödlicher [[Berthold-Strahlung]] ausgesetzt ist, vermutet McCoy das alle Kolonisten auf der Oberfläche tot sind. Aber zur Überraschung aller stellt das Außenteam fest, dass die Kolonisten noch am Leben sind. McCoy beginnt darauf alle Kolonisten zu untersuchen und stellt fest das , dass alle kerngesund sind. Obwohl die Kolonisten gesund sind, bekommt Kirk von der Sternenflotte den Befehl die Kolonisten zu evakuieren. McCoy soll die Evakuierung überwachen, doch dabei gerät er in den Kontakt mit den [[Omicron-Spore]]n. Die Sporen bewirken, dass die Menschen ihre [[Emotion]]en frei ausleben und auf dem Planeten bleiben wollen. Die Sporen heilen auch alte Verletzungen. So wachsen McCoy seine fehlenden [[Rachenmandel]]n nach und an ihm sind auch keine Rippenbrüche mehr nachweisbar. McCoy lässt darauf die [[Pflanze]]n mit den Sporen an Bord der ''Enterprise'' beamen und somit wird die gesamte Crew infiziert. Kirk findet schließlich heraus, dass starke Emotionen die Crew von der Wirkung der Sporen befreien. Er lässt einen [[Unterschall]] auf den Planeten senden und auf der Oberfläche beginnen sich die Menschen zu prügeln. Auch McCoy reagiert gereizt, wird allerdings so von den Sporen befreit. Da die Crew nun von den Sporen befreit ist, kehren sie mitsamt den Kolonisten auf die ''Enterprise'' zurück. ({{TOS|Falsche Paradiese}})

Von der [[Bergbau]]kolonie [[Janus VI]] erhält die ''Enterprise'' einen Notruf. Die Bergleute werden von einem unbekannten Wesen angegriffen und getötet. Kirk und Spock finden heraus, dass es sich bei dem Wesen, welches sich [[Horta]] nennt , um eine [[Mutterhorta|Mutter]] handelt, welche nur ihren Nachwuchs schützen will. Allerdings wird die Horta schwer verletzt und McCoy muss diese behandeln. Da die Horta hauptsächlich aus [[Silizium]] besteht, behandelt McCoy die Wunden mit [[Thermozement]]. McCoy kann schließlich die Horta retten und es kommt zu einer [[Modus vivendi|Übereinkunft]] zwischen den Bergleuten und der Horta. ({{TOS|Horta rettet ihre Kinder}})

Während sich die ''Enterprise'' im Orbit]um einen unbekannten Planetenbefindet, wird Sulu schwer verletzt. McCoy behandelt Sulu mit [[Cordrazin]] und Sulu geht es darauf anschließend wieder besser. Allerdings spritzt sich McCoy durch eine Erschütterung eine Überdosis vom Cordrazin. Durch diese Überdosis leidet McCoy an [[Paranoia]] und er flieht von der ''Enterprise'' auf die Planetenoberfläche. Kirk und ein Außenteam folgen McCoy auf die Planetenoberfläche und treffen auf dem [[Hüter der Ewigkeit]], welcher gleichzeitig ein [[Zeitportal]] ist. Plötzlich taucht der verwirrte McCoy auf und springt durch das Portal in die Vergangenheit in das Jahr [[1930]] und ändert somit die Geschichte. Darauf springen Kirk und Spock auch durch das Portal, um zu verhindern das , dass McCoy die Geschichte verändert. McCoy trifft als erstes auf einen [[Rodent|Obdachlosen]], doch dieser flieht und McCoy bricht zusammen. Darauf trifft McCoy auf [[Edith Keeler]], welche sich um ihn kümmert. Wenig später trifft McCoy auf auch Kirk und Spock wieder. Auch Keeler sieht es , wie sich die Freunde wieder treffen und will zu ihnen, allerdings achtet sie nicht auf die Straße und dabei . Dabei wird sie von einem Fahrzeug angefahren und tödlich verletzt. McCoy will Keeler retten , doch Kirk hält ihn fest um dies zu verhindern. Durch den Tod von Keeler wird die normale Zeitlinie wieder hergestellt und die drei kehren in ihre Zeit zurück. ({{TOS|Griff in die Geschichte}})

Einige zeit Zeit später erreicht die ''Enterprise'' den Planeten [[Deneva]] , auf dem wahrscheinlich Massenwahnsinn ausgebrochen ist. Kirk beamt mit einem Außenteam auf die Planetenoberfläche, um die Lage in der Kolonie zu prüfen. Das Außenteam wird von einigen Kolonisten angegriffen, doch es gelingt dem Außenteam diese zu Betäubenbetäuben. McCoy stellt bei den Kolonisten einige seltsame Werte fest. Später stellt sich heraus, dass [[Neuralparasit (2267)|Neuralparasit]]en für diesen Massenwahnsinn verantwortlich seinsind. Allerdings wird auch Spock von diesen Neuralparasiten infiziert und er erleidet schreckliche Qualen. McCoy kann allerdings nichts für ihn tun. Später gelingt es Spock einen dieser Neuralparasiten einzufangen und McCoy fängt an diesen Parasiten zu untersuchen. McCoy versucht alles , um diesen Parasiten zu vernichten, aber er findet keine Lösung. Schließlich erkennt McCoy das , dass Licht die Parasiten tötet. Spock stellt sich zur Verfügung und lässt sich mit dem vollen Lichtspektrum bestrahlen, der Parasit wird dabei getötet, allerdings [[Blindheit|erblindet]] Spock dabei. Weitere Untersuchungen ergeben, dass UV -Licht ausreicht, um die Parasiten zu töten. Die ''Enterprise'' bringt einige Satelliten in den Orbit und diese bringen das UV -Licht auf die Oberfläche, welche die Parasiten töten. Kurz darauf stellt sich heraus, dass Spock gar nicht Blind blind ist, sondern dass ihn sein [[Inneres Augenlid]] ihn vor dem Licht geschützt hat. ({{TOS|Spock außer Kontrolle}})

Bei einer Außenmission verschwinden Scott und Sulu auf der Oberfläche [[Pyris VII]]. Kirk, Spock und McCoy begeben sich auf die Oberfläche, um nach den Vermissten zu suchen. Die drei finden ein altes Schloss vor und betreten dieses. Dort geraten die drei in eine Falle und wachen gefesselt in einem Burgverlies wieder auf. Die drei sind gefangene von [[Korob]] und [[Sylvia (Pyris VII)|Sylvia]] , welche mit ihren [[Transmutator]] auch Sulu und Scott unter ihrer Kontrolle halten. Die beiden Demonstrieren demonstrieren ihre Macht , als sie auch McCoy mit ihrem Transmutator in eine Willenlose willenlose [[Marionette]] verwandeln. Später gelingt es Kirk und Spock den Transmutator zu entwenden und zu vernichten. Dadurch wird die Kontrolle von Korob und Sylvia gebrochen und die beiden kommen ums Leben, während McCoy, Sulu und Scott ihren freien Willen zurück erlangen. ({{TOS|Das Spukschloss im Weltall}})

Einige Zeit später befinden sich Kirk, Spock McCoy und die [[Diplomat]]in [[Nancy Hedford]] im Shuttle [[Galileo (NCC-1701/7) (2267-2268)|''Galileo'' (NCC-1701/7)]] auf dem Rückflug zur ''Enterprise''. McCoy will sie an Bord der ''Enterprise'' auf die [[Sakuro-Krankheit]] behandeln. Plötzlich erscheint eine Energiewolke und bringt das Shuttle zum [[Planetoid]]en [[Epsilon Canaris III]]. Auf der Oberfläche treffen Kirk, Spock und McCoy auf [[Zefram Cochrane]]. Cochrane ist begeistert nach so vielen Jahren wieder auf Menschen zu treffen und erklärt, das dass aufgrund eines Dämpfungfeldes das Shuttle die Oberfläche nicht verlassen kann. Bei Hedford verstärken sich langsam die Symptome ihrer Krankheit und McCoy kümmert sich um diese. Cochrane berichtet Kirk, dass das Energiewesen, welches er [[Companion]] nennt, ihn hier auf den Planetoiden geholt hat. Der Companion hat auch dafür gesorgt, dass das Shuttle auf den dem Planetoiden landet, damit Kirk und seine Leute Cochrane Gesellschaft leisten können. Da Hedford im Sterben liegt , versuchen Kirk, Spock und McCoy alles um den Planetoiden wieder verlassen zu können. Als Kirk und Spock versuchen den Companion außer Gefecht zu setzen, muss McCoy hilflos mit ansehen , wie der Companion die beiden angreift. Erst als Cochrane eingreift, bricht der Companion den Angriff auf Kirk und Spock ab. Darauf versuchen Kirk und Spock mit Hilfe des [[Universalübersetzer]]s Kontakt aufzunehmen und diese erkennen dabei das , dass der Companion ein weibliches Wesen und in Cochrane verliebt ist. Als Hedford im sterben Sterben liegt , verbindet sich der Companion mit dem Körper von Hedford und die beiden beginnen eine Symbiose. Hedford und Cochrane bleiben auf dem Planetoiden zurück, während Kirk, Spock und McCoy mit dem Shuttle zur ''Enterprise'' zurück fliegen. ({{TOS|Metamorphose}})

Wenige Wochen später will die Föderation in Verhandlung mit den Capellanern treten, da sie das wertvolle Erz [[Topalin]] besitzen. Da McCoy bereits Kontakt mit den Capellanern gehabt hat, begleitet er das Außenteam. Auf der Oberfläche kommt es zu einem unerwarteten Konflikt, als plötzlich der [[Klingone]] [[Kras]] auftaucht. Der Klingone beginnt Kirk vor den Capellanern zu provozieren, doch McCoy kann noch rechtzeitig eingreifen. Später trifft das Außenteam auf den Anführer der Capellaner [[Akaar]] und dieser zeigt sich dem Außenteam freundlich gegenüber. Allerdings sympathisiert der Capellaner [[Maab]] eher mit den Klingonen. Später kommt es zu kämpfen Kämpfen bei den Capellanern und dabei . Dabei kommt auch Akaar ums Leben und Maab übernimmt die Führung über die Capellaner. Als die [[Schwangerschaft|schwangere]] [[Eleen]], welche die ehemalige Frau von Akaar ist, getötet werden soll, greift Kirk unerwartet ein, um sie zu retten. Nun hat Maab endgültig einen Grund seine ungeliebten Gäste zu beseitigen. Doch Kirk, Spock, und McCoy gelingt zusammen mit Eleen die Flucht und sie fliehen vor den Capellanern in die [[Berg]]e. Als McCoy Eleen untersuchen will, verpasst sie ihm eine [[Ohrfeige]]. Doch McCoy erwiedert erwidert die Ohrfeige und kann sie darauf daraufhin untersuchen. Dabei stellt er fest, dass sie kurz vor der [[Geburt]] steht. McCoy hilft schließlich bei der Geburt und Eleen bringt einen gesunden Jungen zur Welt. Inzwischen verfolgen die Capellaner das Außenteam. Da die ''Enterprise'' sich nicht im Orbit des Planeten befindet, kann Kirk keine Hilfe vom Schiff erwarten. Doch Eleen will ihr Kind nicht behalten und als McCoy schläft, schlägt sie diesen nieder und flieht zurück zu den Capellanern. Als sie Maab vom Tod ihres Kindes berichtet , glaubt Kras ihr nicht und fängt an die Capellaner mit einem Phaser zu bedrohen. Maab erkennt die Hinterlist von Kras und stellt sich diesem. Kras tötet Maab , während ein andere Capellaner Kras tötet. Plötzlich tauchen Kirk, Spock und McCoy auf und sie bekommen auch Unterstützung von der ''Enterprise''. McCoy übergibt Eleen ihr Kind, welches sie nun annimmt. Sie gibt dem Kind den Namen zu Ehren von Kirk und McCoy [[Leonard James Akaar]]. Nach der Mission kommt es zum Handelsabkommen zwischen der Föderation und den Capellanern. ({{TOS|Im Namen des jungen Tiru}})

Wenige Wochen später zeigt Spock ein seltsames aggressives Verhalten. Die ''Enterprise'' befindet sich zu dieser Zeit auf den Weg zu einer diplomatischen Mission auf [[Altair VI]] . McCoy beginnt darauf Spock zu untersuchen und stellt fest, dass Spock unter intensiven [[Stress]] steht , und wenn er nicht auf seinen Heimatplaneten [[Vulkan]] zurück reist, sterben wird. Allerdings will Spock McCoy nicht erklären , was diesen Stress auslöst. Später erfährt Kirk von Spock, dass dieser momentan das [[Pon Farr]] durchlebt und Spock nach Vulkan zu seiner Verlobten [[T'Pring]] muss, ansonsten wird er sterben. Kirk missachtet darauf daraufhin die Befehle der Sternenflotte und fliegt anstatt statt nach Altair VI nach Vulkan. Als die ''Enterprise'' Vulkan erreicht, bitte bittet Spock seine beiden engsten Freunde ihn mit auf die Oberfläche zu begleiten. Als Spock seine [[Hochzeit]] mit T'Pring vollziehen will, fordert T'Pring das [[Kal-if-fee]] , einen Kampf auf Leben und Tod. Überraschenderweise wählt T'Pring Kirk als Gegner für Spock. Kirk stimmt dem zu, da er seinen seinem Freund helfen will, allerdings ahnt dieser er nicht das , dass der Kampf tödlich endet. Bei dem Kampf ist Kirk Spock unterlegen und Spock droht Kirk zu töten. Um Kirk etwas zu helfen, spritzt McCoy Kirk ein [[Tri-Ox]] Präparat. Doch wenig später besiegt Spock Kirk und es sieht so aus als hätte Spock Kirk getötet. McCoy beamt den toten Kirk auf die ''Enterprise''. Nachdem der Kampf beendet ist , wird Spock aus seinem Pon Farr befreit und Spock gibt T'Pring frei, da er erkennt, dass diese nichts von Spock will. Als Spock auf die ''Enterprise'' beamt , ist dieser überrascht, als er Kirk lebendig vorfindet. McCoy hat erklärt, dass er Kirk anstatt des Tri-Ox ein Betäubungsmittel gespritzt hat und es so aussah , als währe wäre Kirk ums Leben gekommen. ({{TOS|Weltraumfieber}})

Wenig später findet die ''Enterprise'' die schwer beschädigte [[USS Constellation (NCC-1017)|USS ''Constellation'']] vor und Kirk beamt mit einen Außenteam an Bord. Jedoch ist die gesamte Crew mit Ausnahme des Kommandanten [[Commodore]] [[Matt Decker]] verschwunden. McCoy stellt einen schweren [[Schock]] bei Decker fest. Von Decker erfährt Kirk, dass die gesamt Crew durch einen [[Planetenkiller]] getötet worden ist. McCoy beamt mit Decker zurück auf die ''Enterprise'' und Kirk bleibt weiter auf der USS ''Constellation''. Als Kirk wenig später auf die ''Enterprise'' zurück beamen will, taucht plötzlich der Planetenkiller auf und greift die ''Enterprise'' an. Decker übernimmt, aufgrund seines [[Rang]]es das Kommando über die ''Enterprise''. Obwohl die ''Enterprise'' unterlegen ist, greift Decker mit der ''Enterprise'' den Planetenkiller an. Spock versucht mit einem medizinischen Gutachten Decker seines Kommandos zu entheben, doch da McCoy dafür drei Tage benötigt, setzt Decker seinen Angriff fort. Die ''Enterprise'' gerät durch Deckers Angriff in große Gefahr und erst durch den Einsatz der ''Constellation'' kann die ''Enterprise'' gerettet werden. Später stiehlt Decker ein Shuttle und versucht den Planetenkiller von Innen her zu vernichten. Decker stirbt zwar bei diesen Versuch, doch Kirk findet durch Deckers Tat einen Weg den Planetenkiller zu vernichten. Kirk steuert die ''Constellation'' in den Planetenkiller und durch die entstehende Explosion wird der Planetenkiller vernichtet. ({{TOS|Planeten-Killer}})

Die ''Enterprise'' trifft einige Wochen später im [[Malurianisches System|Malurianischen System]] auf eine Raumsonde, welche die ''Enterprise'' angreift. Als Kirk Kontakt mit der Sonde aufnimmt, bricht die Sonde unerwartet den Angriff ab. Kirk lässt darauf die Sonde von Scott an Bord beamen. Die Raumsonde bezeichnet sich als [[Nomad]], welche alles unvollkommene Unvollkommene eliminieren will. Die Sonde hält Kirk für seinen Schöpfer [[Jackson Roykirk]]. Als McCoy einige Fragen an Nomad stellt, bemerkt Nomad das , dass McCoy ein unlogisches Wesen ist. McCoy ist entsetzt über die vielen Mord Morde, die Nomad begangen hat. Später tötet Nomad Scott und McCoy kann nichts mehr für ihn tun, jedoch gelingt es Nomad Scott wieder zum Leben zu erwecken. Später bemerkt Nomad, dass auch Kirk fehlerhaft ist und Kirk verliert die Kontrolle über die Sonde. Schließlich erklärt Kirk Nomand, dass die Sonde ihn verwechselt hat und Kirk nicht Jackson Roykirk ist. Da die Sonde merkt, dass sie selbst Fehlerhaft fehlerhaft ist, will sich diese vernichten. Scott gelingt es jedoch im letzten Moment die Sonde ins All zu beamen, bevor sie explodiert. ({{TOS|Ich heiße Nomad}})

McCoy gehört zu dem Außenteam, welches auf dem Planeten [[Gamma Trianguli VI]] beamt. Allerdings kommen einige Crewmitglieder bei dieser Mission ums Leben und McCoy kann diesen Männern nicht helfen. Als Spock von einer Pflanze vergiftet wird, gelingt es McCoy im letzten Moment Spock das Leben zu retten. Zur selben Zeit wird die ''Enterprise'' von einer unbekannten Energiequelle auf der Planetenoberfläche angegriffen. Durch den Energieverlust kann das Außenteam nicht wieder an Bord gebeamt werden. Das Außenteam trifft zur selben Zeit auf die Einheimischen des Planeten. Diese Einheimischen verehren eine Maschine namens [[Vaal]], welche auch für den Energieverlust auf der ''Enterprise'' verantwortlich ist. McCoy ist entsetzt , als er sieht , wie diese Leute für eine Maschine leben und ihr dienen. Spock erwähnt das , dass diese Gesellschaft zufrieden und glücklich lebt, doch Kirk ist derselben der Meinung das , dass diese Leute die Freiheit benötigen um sich selbst entwickeln zu können. Um die Bevölkerung von Vaal zu befreien und die ''Enterprise'' vor den Absturz auf den Planeten zu retten, ist Kirk schließlich gezwungen Vaal zu vernichtet. ({{TOS|Die Stunde der Erkenntnis}})

McCoy gehört zum Außenteam, welches sich auf den Planeten [[Halkan]] befindet. Zur selben Zeit gerät die gerät die ''Enterprise'' in einen [[Ionensturm]]. Als das Außenteam zurück gebeamt werden soll, gerät das Außenteam in ein [[Paralleluniversum]]. Kirk, Scott, Uhura und McCoy versuchen darauf in ihr Universum zurück zu gelangen. McCoy ist entsetzt, als er sieht , wie Pfleger in seiner Krankenstation [[wetteWette]]n über die Schmerzgrenze eines Patienten abschließen. Scott muss einen Großteil der Energie in den Transporter umleiten. Da er dies nicht allein schafft, muss McCoy ihm bei dieser Aufgabe unterstützen. Später bemerkt [[Spock (Spiegeluniversum)|Spock]] aus dem Spiegeluniversum, dass sich das Außenteam seltsam verhält. Es kommt zu einem Kampf zwischen den Außenteam und Spock und dabei wird , wobei Spock schwer verletztwird. McCoy will Spock behandeln , bevor das Außenteam wieder in ihr Universum beamt. Doch plötzlich wacht Spock auf und führt eine [[Gedankenverschmelzung]] an McCoy durch. Dadurch erfährt Spock die gesamte Wahrheit über das Außenteam. Als Kirk und das Außenteam zurück beamen willwollen, erscheint plötzlich Spock mit McCoy und holt sich weitere Informationen von Kirk. Kirk empfiehlt Spock das Kommando über die [[ISS Enterprise (NCC-1701)|ISS ''Enterprise'' (NCC-1701)]] zu übernehmen, um etwas in diesen düsteren Universum zum positiven Positiven verändern zu können. Spock will sich diesen Vorschlag überlegen und beamt darauf das Außenteam wieder in ihr Universum zurück. ({{TOS|Ein Parallel-Universum}})

Ende des Jahres reagiert die ''Enterprise'' auf einen Notruf von [[Gamma Hydra IV]]. Kirk beamt mit einen Außenteam auf die Planetenoberfläche, um nach den Kolonisten zu suchen. [[Pavel Chekov]] findet einen Kolonisten, welcher an Altersschwäche gestorben ist. Als Chekov diesen findet , bekommt er einen riesigen Schrecken, doch McCoy findet nichts ungewöhnliches an dem Toten vor. Später erscheinen die zwei überlebenden Kolonisten und diese Leiden an einem rapiden Alterungsprozess. Wenig später leidet auch das Außenteam, mit Ausnahme von Chekov, an einem rapiden Alterungsprozess. McCoy und die Wissenschaftlerin [[Janet Wallace]] versuchen ein Heilmittel gegen diesen Alterungsprozess zu finden. Da Chekov als einziger nicht altert, wird dieser ausführlich Untersucht untersucht und McCoy findet heraus das , dass aufgrund des [[Adrenalin]]-Ausstoßes , als sich Chekov erschreckt , ihn vor dem rapiden Altern bewahrt hat. Da mittlerweile Kirk nicht mehr in der Lage ist das Schiff zu führen, übernimmt Commodore [[Stocker]] das Kommando über die ''Enterprise''. Stocker will die ''Enterprise'' schnellst möglichst möglich zur [[Sternenbasis 10]] bringen, damit die Führungsoffiziere dort schnellst möglichst umgehend behandelt werden. Stocker fliegt mit der ''Enterprise'' durch die Neutrale Zone und wenig später wird die ''Enterprise'' von den Romulanern angegriffen. Inzwischen findet Spock ein Heilmittel und McCoy will dieses an sich testen , da es noch nicht ausgereift ist. Kirk will es jedoch zu erst zuerst testen, da sich die ''Enterprise'' in großer Gefahr befindet. Das Mittel wirkt und Kirk wird wieder jung. Mit einer List gelingt es Kirk die ''Enterprise'' vor den Romulanern zu retten und mit dem Heilmittel erhalten die Führungsoffiziere ihr ursprüngliches Alter wieder. ({{TOS|Wie schnell die Zeit vergeht}})