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Bei einer Diplomatischen Mission zwischen den zwei Planeten [[Elas]] und [[Troyius]], bringt die ''Enterprise'' [[Elaan]], der [[Dohlman]] von Elas zum Planeten Troyius. Allerdings ist diese sehr störrisch und sie greift Botschafter [[Petri]] mit einem Messer an. McCoy kümmert sich um den verletzten Botschafter und er erfährt von Petri, dass die [[Träne]]n der [[Elasianer]] Männer gefügig machen. Als Kirk wenig später eine dieser Tränen berührt, ist auch er gegenüber Elaan gefügig. Als McCoy bemerkt, dass Kirk unter dem Einfluss von Elaan steht, versucht dieser sofort dagegen ein Heilmittel zu finden. Zur selben Zeit wird die ''Enterprise'' von den Klingonen angegriffen. Kirk kann diese allerdings besiegen, während zur selben Zeit McCoy ein Heilmittel findet. Doch McCoy erkennt, dass durch seine Arbeit mit der Enterprise, Kirk bereits von dem Einfluss von Elaan befreit ist. ({{TOS|Brautschiff Enterprise}})
McCoy gehört zu dem Außenteam, welches den Planeten [[Amerind]] untersucht. Zu der Zeit nähert sich ein [[Asteroid]] dem Planeten. Als Kirk einen Obelisk untersucht, verschwindet dieser in dem Obelisken und verliert dort sein Gedächtnis. McCoy will weiter nach Kirk suchen, doch Spock kehrt mit McCoy auf die ''Enterprise'' zurück, um den Asteroiden aufzuhalten, welcher droht auf den Planeten zu stürzen. McCoy macht Spock schwere Vorwürfe, dass dieser den Captain auf den Planeten zurück gelassen hat. Doch Spock erklärt, dass sie nur noch wenig Zeit haben den Asteroiden umzulenken. Aber die Energie der ''Enterprise '' reicht nicht aus, um den Asteroiden umzulenken. Dabei fällt der Warpantrieb aus und die Enterprise benötigt fast zwei Monate um zu den Planeten zurück zukehren. In dieser Zeit entschlüsselt Spock die Schriftzeichen auf den Obelisken. Als die enterprise ''Enterprise'' den Planeten erreicht gelingt es Spock mit Hilfe des Obelisken den Asteroiden umzulenken und McCoy behandelt den Captain und seinen Gedächtnisverlust. ({{TOS|Der Obelisk}})
In der nächsten Zeit bemerkt McCoy, dass der Captain ein seltsames Verhalten zeigt und überarbeitet ist. Kirk wirkt aggressiv und ist sehr schnell reizbar. Wenig später durchquert Kirk mit der ''Enterprise'' die neutrale Zone und fliegt in den [[Romulanischer Raum|romulanischen Raum]]. McCoy wundert sich woher Kirk die Befehle hat, als plötzlich die ''Enterprise'' von drei romulanischen Schiffen abgefangen wird. Darauf beamen Kirk und Spock zu den Romulanern. Die [[~/Person/TOS/3x04/1|romulanische Kommandantin]] erkennt an den seltsamen Verhalten von Kirk, dass dieser dafür verantwortlich ist, dass die Enterprise in den romulanischen Raum eingedrungen ist und sie lässt den Captain einsperren. Sie schlägt Spock vor, dass die ''Enterprise'' den Romulanern folgen soll und die Crew soll dann später freigelassen werden, da diese nichts für das Fehlverhalten ihres Captain kann. Als sich Kirk in seiner Zelle verletzt beamt sich McCoy zu den Romulanern, um diesen zu behandeln. McCoy bestätigt der Kommandanin das seltsame Verhalten des Captains. Plötzlich greift Kirk Spock an und es sieht so aus, als Spock den Captain mit einen [[Tal-Shaya|Todesgriff]] tötet. Kirk beamt sich mit den scheinbaren Leichnam von Kirk auf die ''Enterprise'' und dort erfährt er von Kirk die Wahrheit. In Wirklichkeit handelt Kirk im Auftrag der Föderation. Kirk hat den Auftrag eine [[Tarnvorrichtung]] der Romulaner zu stehlen und durch sein seltsames Verhalten sollen die ''Enterprise'' und die Föderation aus der ganzen Sache heraus gehalten werden. McCoy verändert chirugisch das Aussehen von Kirk, damit dieser wie ein Romulaner aussieht. Kirk gelingt es darauf diese Tarnvorichtung zu stehlen und Scott installiert diese darauf. Die getarnte ''Enterprise'' kann schließlich den Romulanern entkommen und McCoy stellt wieder das menschliche Äußere des Captains wieder her. ({{TOS|Die unsichtbare Falle}})
Einige Wochen später empfängt die ''Enterprise'' einen Notruf von [[Triadus]]. Alle Wissenschaftler auf den Planeten sind tot, nur die Kinder haben Überlebt und werden an Bord gebracht. Allerdings zeigen die Kinder keine Spur von Trauer, obwohl ihre Eltern vor kurzen gestorben sind. McCoy kann sich das seltsame Verhalten der Kinder nicht erklären. Die Kinder sollen auf eine Kolonie zu ihren Verwandten gebracht werden aber [[Gorgan]], welcher für den Tod der Wissenschaftler verantwortlich ist verleitet die Kinder, die ''Enterprise'' zu kontrollieren und mit den Schiff nach [[Markus 12]] zu fliegen. Kirk kann später Gorgan mit Hilfe der Kinder besiegen und übernimmt darauf die Kontrolle über die ''Enterprise''. Die Kinder beginnen darauf wieder ein normals Verhalten zu zeigen und sie betrauern den Tod ihrer Eltern. ({{TOS|Kurs auf Markus 12}})
Wenige Wochen später wird die ''Enterprise'' von einer Fremden angegriffen und die ganze Crew verliert dabei ihr Bewusstsein. Als McCoy wieder erwacht, findet er Spock auf der Krankenstation vor. Spock wird von den Maschinen künstlich am Leben gehalten, da sein Gehirn von der Fremden chirugisch entfernt wurde. Die Enterprise folgt darauf der Spur der Fremden zum Planeten [[Sigma Draconis VI]]. Kirk beamt mit einem Außenteam auf die Planetenoberfläche, um nach Spocks Gehirn zu suchen. Auch McCoy beamt auf die Oberfläche und bringt den Körper von Spock mit. McCoy steuert den Körper mit seinen Gerätschaften und Spock folgt dem Außenteam. Auf der Planetenoberfläche, stellt das Außenteam fest, dass die [[Eymorc]] Spocks Gehirn mit ihren Computer verbunden haben. Kirk stell Verbindung mit diesem Computer und Spock her. Schließlich findet das Außenteam den Computer indem sich Spocks Gehirn befindet. Mit Hilfe der Eymorc-Technologie erlangt McCoy großes Wissen und er ist sogar in der Lage Spocks Gehirn wieder in seinen Körper einzusetzen. Allerdings bleibt dieses Wissen nur drei Stunden im Körper der betreffenden Person. Mccoy beginnt mit der Operation, doch während der Operation verblasst das Wissen der Eymorc bei McCoy wieder. Da McCoy bereits das Sprachzentrum von Spock aktiviert hat, kann Spock McCoy bei seiner eigenen Operation unterstützen. Schließlich vollendet McCoy mit Spocks Hilfe die Operation erfolgreich. ({{TOS|Spocks Gehirn}})
Einige Zeit später bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag [[Botschafter]] [[Kollos]] ein [[Meduser]] zu seiner Heimatwelt zu bringen. Zu seiner Delegation gehören auch [[Miranda Jones]] und [[Lawrence Marvick]]. Bei einem Empfang gerät McCoy mit Jones in eine heftige Diskussion. Er versteht nicht wie eine hübsche Frau wie sie mit so hässlichen Kreaturen wie den Medusen arbeiten und leben kann. Später versucht Marvick den Botschafter der Medusen tötet, doch er wird bei ihren Anblick [[Wahnsinn|wahnsinnig]]. McCoy kann nicht viel für Marvik tun und dieser stirbt wenig später. Marvick hat die Enterprise vor seinem Tod in die Galaktische Barriere gesteuert, doch mit Kollos Hilfe kann die ''Enterprise'' wieder aus der Barriere entkommen. ({{TOS|Die fremde Materie}})
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