Das Körperinnere der Klingonen unterscheidet sich erheblich von dem menschlichen. Es gibt wesentlich mehr Redundanz ihrer [[Organ]]e, eine Eigenschaft die sie [[brak'lul]] nennen. Dadurch können Klingonen auch schwere Verletzungen im Kampf überleben. Sie haben dreiundzwanzig [[Rippe]]n, drei [[Lunge]]nflügel, zwei [[Leber]]n, ein acht-kammeriges [[Herz]] und sogar doppelte Nervenfunktionen sowie zwei [[Magen|Mägen]] ({{VOY|Makrokosmos|Die Operation}}). Der [[Medizin]] wird in der klingonischen Gesellschaft ein recht geringer Stellenwert zugeschrieben, abgesehen von der Gentechnik. Das ist vor allem auf ihre Krieger-Tradition zurückzuführen – ein verletzter Klingone überlebt, wird zum Sterben zurückgelassen oder vollzieht das [[Hegh'bat]], den rituellen Selbstmord ({{TNG|Die Operation}}). Es gibt aber klingonische Feldärzte die ihre Patienten notdürftig zusammenflicken (VOY:).

Insbesondere weibliche Klingonen neigen zu einer Krümmung der [[Wirbelsäule]]. Dieser Defekt ist vererbbar, lässt sich aber durch vorbeugende Genmanipulation oder nachträgliche Operationen beheben ({{VOY|Abstammung}}).

Durch ihre Abstammung von den [[Urhumanoide]]n werden [[Mischlingskind]]er mit anderen Spezies möglich, so wie [[B'Elanna Torres]], [[K'Ehleyr]] oder [[Ba'el]]. Klingonische Gesichtsmerkmale sind bei Hybriden meist sehr dominant ({{VOY|Abstammung}}), die am Rückgrat entlang laufenden Merkmale verschwinden jedoch vollständig.