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Im Durchschnitt sind Klingonen größer und körperlich stärker als [[Mensch]]en. Sie sind bekannt dafür, keine Tränendrüsen zu haben und haben rotes bis rosafarbenes Blut <ref name="Star Trek VI: Das unentdeckte Land">"[[Star Trek VI: Das unentdeckte Land]]"</ref>. Klingonen können unter verschiedenen Allergien leiden, insbesondere eine kollektive, starke Reaktion auf [[Tribble]]s ist bekannt <ref name="Kennen Sie Tribbles">[[TOS]]: "[[Kennen Sie Tribbles?]]"</ref>. Außerdem sind sie sehr kälteempfindlich. Dies zu zeigen wäre jedoch unter ihrer Würde <ref name="Translokalisationen">[[VOY]]: "[[Translokalisationen]]"</ref>. Generell haben Klingonen eine Abneigung dagegen, körperlicher Gebrechen oder Krankheiten zuzugeben. Sich gar über Unwohlsein oder dergleichen zu beklagen wird von Klingonen als ein Zeichen von Schwäche verstanden.

Das auffälligste körperliche Merkmal der Klingonen ist ihre Stirn mit ausgeprägten Verknöcherungen, die man als Schädelkämme bezeichnet <ref name="Die Abweichung">[[ENT]]: "[[Die Abweichung]]"</ref>. Den Klingonen ist dieses Merkmal so wichtig, dass zusätzlich zum standardklingonischen Wort Quch fast jede Region eine eigene Bezeichnung für "Stirn" hat. Einige davon sind boD, Huy'Dung, jargh, und mIQ.