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Wenig später spürt Sisko den flüchtigen Eddington auf und lässt diesen mit der ''Defiant'' verfolgen. Doch Eddington ist es gelungen die ''Defiant'' zu sabotieren und diese fällt vollständig aus. Kira hilft bei Mission mit bei der Ortung des Maquis und Eddington. Nach langer Jagd gelingt es Sisko Eddington, trotz der beschädigten ''Defiant'' Eddington zu verhaften. ({{DS9|Für die Uniform}})
Einige Zeit darauf, nachdem Odo wieder ein Wechselbalg geworden ist, hilft Kira ihm bei der Umgestaltung seines Quartiers. Plötzlich empfängt die Station eine Botschaft aus dem Gamma-Quadranten. Kira versucht bei der Entschlüsslung zu helfen, aber schließlich gelingt es Garak den Code zu entschlüsseln. Es stellt sich heraus, dass dieser Code vom vermissten Tain stammt und darauf begeben sich Garak und Worf mit einem Runabout in den Gamma-Quadrant. Zu dieser Zeit kommt Dukat auf die Station und als er erkennt, dass Garak und seine Tochter gut befreundet sind, macht er Kira dafür verantwortlich. Du Kira gibt nichts auf Dukats Drohungen. Währenddessen wird Worfs Runabout von einer Invasionsflotte des Dominions gestoppt. Bevor die beiden gefangen genommen werden, schickt Worf eine Warnung nach Deep Space 9. Auf der Station erhält man die Warnung und Kira begibt sich mit der ''Defiant'' in den Gamma-Quadrant und bestätigt Worfs Warnung. Um zu verhindern, dass die Flotte durch das Wurmloch in den Alpha-Quadranten gelangt, muss O'Brien [[Deflektorgitterfrequenz]] am [[Deflektor]] modifizieren, damit so mit Hilfe eines [[phasenkonjugierter Gravitonstrahl|phasenkonjugierten Gravitonstrahl]] das Wurmloch versiegelt wird. Allerdings macht sich Kira Sorgen um das Wohlergehen der Propheten. Doch O'Briens Arbeit wird sabotiert, statt das Wurmloch zu versiegeln, wird es weiter geöffnet. Schließlich durchfliegt die Invasionsflotte das Wurmloch und erreicht den Alpha-Quadranten. ({{DS9|Die Schatten der Hölle}})
Auf der Station bereitet man sich auf den Angriff des Dominions vor und Kira übernimmt das Kommando über die ''Defiant''. Doch unerwartet fliegt die Flotte Richtung Cardassia und Dukat folgt dieser. Dukat verkündet darauf, dass sich Cardassia dem Dominion angeschlossen hat. Wenig später nähert sich eine klingonische Flotte der Station. Die Klingonen sind die ersten Opfer der neuen Allianz zwischen den Cardassianern und dem Dominion. Gowron beschließt nun sich wieder mit der Föderation zu verbünden und gemeinsam den Feind zu bekämpfen. Als sich die Flotte auf einen Angriff des Dominions vorbereitet, übernimmt Kira wieder das Kommando über die ''Defiant''. Zur selben Zeit können Worf und Garak dem Dominion entkommen und sie können auch Bashir retten, welcher die letzten Wochen gefangen gehalten wurde und einen [[Julian Bashir (Gründer)|Gründer in der Gestalt von Bashir]] auf die Station geschickt haben. Dieser Gründer hat den Auftrag die [[Bajoranische Sonne]] zu vernichten und das gesamte bajoranische System mitsamt der Station und der Flotte auszulöschen. Kira beginnt sofort mit der ''Defiant'' das Runabout, auf dem sich der Gründer befindet, zu verfolgen. Ihr gelingt es dem Gründer aufzuhalten und dabei wird das Runabout zerstört und der Gründer kommt ums Leben. ({{DS9|Im Lichte des Infernos}})
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