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Wenig später wird der cardassianische Schneider [[Elim Garak]] von dem cardassianischen Jungen [[Rugal]] angegriffen. Als Bashir dies der [[Operations Center|OPS]] meldet, erklärt Kira dass neben Rugal weitere cardassianische Kinder auf Bajor als Waisen leben. ({{DS9|Die Konspiration}})
Kurz darauf nimmt der Verbrecher [[Fallit Kot]] [[Melora Pazlar]], Dax und Quark als Geiseln und flieht mit einem Runabout in den Gamma-Quadranten. Sisko, Bashir und O'Brien folgen dem Runabout mit einem weiteren Runabout in den Gamma-Quadranten. Kira übernimmt in dieser Zeit die Leitung über die Station. Wenig später wird Kot für seine Verbrechen verhaftet. ({{DS9|Das "Melora"-Problem}})
Wenig später besucht [[Zek]] wieder die Station um dort mit den [[Dosi]] zu verhandeln. Zek beginnt in dieser Zeit ein Intresse an Kira zu zeigen und er bietet ihr für ihr Volk [[Brizeen-Nitrat]] an. Zek will es ihr günstig verkaufen, doch Sisko gelingt es Zek davon zu überzeugen den Bajoranern das Brizeen-Nitrat zu schenken. Da Zek mit den Dosi auf der Station verhandeln will, nimmt er Siskos Vorschlag an und beginnt zur selben Zeit mit Kira zu flirten. Kurz darauf bringt Zeks Diener [[Maihar'du]] ein Geschenk für Kira auf die [[Operations Center|OPS]]. doch Kira will dieses nicht haben, da sie Zek einfach nur wiederlich findet. ({{DS9|Profit oder Partner!}})
Wenig später will Dax den [[Blutschwur]], welchen sie mit [[Kor]], [[Koloth]] und [[Kang]] erfüllen. Sie will zusammen mit den Klingonen den [[Albino (Individuum)|Albino]] töten. Kira warnt Dax davor, dass ein Mord eine Person für immer verändern wird. Trotz Kiras Warnung unterstützt Dax ihre klingonischen Freunde beim Kampf gegen den Albino. ({{DS9|Der Blutschwur}})
Kurz darauf explodiert der cardassianische [[Frachter]] [[Bok'Nor|''Bok'Nor'']], als dieser Deep Space 9 verlässt. Es gibt keine Überlebenden. Kira und O'Brien beginnen sofort zu ermitteln, was die [[Explosion]] auf den Frachter ausgelöst hat. Zu dieser Zeit haben die Föderation und die Cardassianer einen neuen Vertrag abgeschlossen und es wurde eine [[Entmilitarisierte Zone]] gegründet, allerdings müsse beide Großmächte einige Kolonien aufgeben. Sisko beginnt mit Commander [[Calvin Hudson]] weiter zu dieser Explosion zu ermitteln, da beide den neuen Friedensvertrag in Gefahr sehen. Schließlich mischen sich auch die Cardassianer in diese Ermittlung ein und Gul Dukat wendet sich an Sisko. Es kommt inzwischen zu Konflikten zwischen den Cardassianern und den Kolonisten in der Entmilitarisierten Zone und es stellt sich heraus, dass die Kolonisten für den Anschlag auf die ''Bok'Nor'' verantwortlich gewesen sind. Zurück auf der Station diskutieren Kira und Sisko über die Situation und geraten dabei in einen heftigen Streit. Kira schlägt sich auf die Seite der Kolonisten, da sie weiß wie es ist unter cardassianischer Herrschaft zu leben. Wenig später wird auch Dukat von diesen Kolonisten entführt. Sisko will diese Kolonisten, welche sich [[Maquis]] nennen, aufsuchen und verfolgt die Spur von Dukats Entführern in die [[Badlands]] und nimmt dafür auch Bashir und Kira mit. Auf einen [[Asteroid]]en trifft Sisko auf den Maquis und unter den Anhängern befindet sich auch Siskos Freund Hudson. ({{DS9|Der Maquis, Teil I}})
Hudson erklärt Sisko, dass die Föderation die Kolonisten aufgegeben hat und dass die Cardassianer Waffen in die Entmilitarisierte Zone schmuggeln. Sisko versucht Hudson davon zu überzeugen zur Sternenflotte zurückzukehren, doch Hudson setzt Sisko, Kira und Bashir außer Gefecht. Die drei Offiziere kehren darauf auf die Station zurück und später findet Sisko einen Hinweis wo Dukat gefangen gehalten wird. Obwohl Kira der Meinung ist das Dukats Gefangenschaft eine gerechte Strafe ist, rettet Sisko diesen aus der Gewalt des Maquis. Später ist Sisko gezwungen eine Waffenlieferung des Maquis zu stoppen und es kommt zu einem Kampf im Weltraum. Mit Dax befindet sich Kira auf der [[USS Orinoco|USS ''Orinoco'']] und diese greifen die Maquis-Schiffe an. Sisko muss bei diesem Kampf wieder gegen seinen Freund Hudson kämpfen. Bei dem Angriff wird das Runabout von Kira und Dax schwer beschädigt. Sisko muss bei diesem Kampf wieder gegen seinen Freund Hudson kämpfen. Zwar kann der Maquis aufgehalten werden, aber Sisko weiß, dass die Lage in der Entmilitarisierten Zone angespannt bleiben wird. ({{DS9|Der Maquis, Teil II}})
Wenig später geht es Garak schlecht und Bashir will diesen auf der Krankenstation untersuchen. Doch Garak weigert sich und Kira wundert sich über sein seltsames Verhalten. ({{DS9|Das Implantat}})
Kira und Bashir helfen wenige Wochen später bei der Einrichtung eines Krankenhauses auf [[Neu Bajor]] im Gamma-Quadranten. Auf dem Rückflug zum Wurmloch nervt Bashir Kira mit seinem Verhalten. Als die beiden mit dem Runabout durch das Wurmloch zurückfliegen, gelangen sie durch einen Unfall in das [[Spiegeluniversum]]. Die beiden werden dort gefangen genommen und zur Raumstation [[Terok Nor (Spiegeluniversum)|Terok Nor]] gebracht. Da Bashir ein Terraner ist, muss er in die Erzverarbeitung, welche unter der Aufsicht von [[Odo (Spiegeluniversum)|Odo]] steht. Kira wird währenddessen zur [[Intendant]]in [[Kira Nerys (Spiegeluniversum)|Kira]] gebracht. Die Intendantin ist faziniert von ihrem anderen Ich und möchte diese bei sich behalten. Von der Intendantin erfährt Kira, dass sie sich mit Bashir im Spiegeluniversum befindet und sie diese nicht gehen lassen wird. Kira versucht mit Hilfe von [[Quark (Spiegeluniversum)|Quark]] fliehen zu können, doch bevor er helfen kann, wird dieser hingerichtet. Zur selben Zeit kommt auf Befehl der Intendantin [[Benjamin Sisko (Spiegeluniversum)|Benjamin Sisko]], damit er die neue Kira kennen lernt und Sisko ist erstaunt eine weitere Kira zu treffen. Kira bemerkt, dass sich die Intendantin in sie verliebt hat und mit ihr feiern will. Während sich Kira auf den Abend vorbereitet macht ihr [[Elim Garak (Spiegeluniversum)|Garak]] ein Angebot. Er tötet die Intendantin und Kira soll ihren Platz einnehmen, damit er dann sie als Intendant ersetzt. Garak droht, wenn sie dies nicht tut Bashir getötet wird. Zur selben Zeit flieht Bashir zusammen mit [[Miles O'Brien (Spiegeluniversum)|Miles „Smiley“ O'Brien]] und tötet dabei Odo. Als die Intendantin sieht ist sie sehr wütend auf Bashir und will diesen hinrichten lassen. Als Kira einwände erhebt, droht die Intendantin auch Kira hinrichten zu lassen. Doch plötzlich greift Sisko und seine verbündeten ein und bedrohen die Intendantin. Darauf können die Terraner, Kira und Bashir von der Station fliehen. Schließlich gelingt es Bashir und Kira durch das Wurmloch, wieder in unser Universum zurückzukehren. ({{DS9|Die andere Seite}})
=== 2371 ===
Die Wertschätzung gegenüber Kira bringt Sisko klar und deutlich zum Ausdruck, als Minister Jaro sie abberuft. Er betont, wie wichtig sie für den Aufbau der Beziehungen hier auf der Station war. Als Kira die Station verlässt, verspricht er ihr, sie auf jeden Fall zurück zu bekommen. Später besucht er sie in einem Kloster auf Bajor und auch dort verspricht er ihr wieder sie zurück zu bekommen. Dieses Versprechen setzt er um und befreit sie aus den Händen des Kreises, der sie entführt habt. ({{DS9|Die Heimkehr|Der Kreis}})
So ist Kira nicht mit der Politik der Föderation gegenüber dem [[Maquis]] einverstanden, was auch zu Differenzen mit Sisko führt, der Vertreter einer harten Linie gegenüber dem Maquis ist. ({{DS9|Der Maquis, Teil I}})
Eine wirkliche Annäherung an Sisko geschieht jedoch erst [[2372]], als die [[USS Defiant (NX-74205)|USS Defiant]] bei einem Angriff mehrerer [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]] gravierende Schäden erleidet und Sisko schwer verletzt wird. Kira erhält die Aufgabe, dem apathischen Captain moralischen Beistand zu leisten. Während dieser Zeitspanne offenbart sich, wieso Kira versucht, Distanz zu ihm zu halten - aufgrund seiner Stellung als religiöse Ikone. Als beide nach Deep Space Nine zurückkehren, lädt Sisko Kira sogleich zu einem [[Baseballspiel (Holoprogramm)|Baseballspiel]] ein, was Kira freudig annimmt. ({{DS9|Das Wagnis}})
Mit der Zeit lernt Kira Odo zu vertrauen und nachdem die Föderation die Station übernommen hat, werden die beiden Arbeitskollegen und Freunde. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I|Der Abgesandte, Teil II}})
2370 betrachtet Kira Odo als eine ihrer engsten Freunde, doch mit der Zeit beginnt Odo sich in sie zu verlieben. Davon bekommt Kira aber nichts mit, da sie in dieser Zeit eine Beziehung mit Vedek Bareil hat. ({{DS9|Die Illusion|Die Wahl des Kai}})
Anfang 2371 setzt die Sternenflotte Michael Eddington als neuen Sicherheitschef über Deep Space 9 ein. Odo ist darüber sehr verärgert und will kündigen. Doch Kira setzt sich für Odo ein und schließlich bleibt Odo auf der Station. ({{DS9|Die Suche, Teil I|Die Suche, Teil II}})
