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Nachdem Sisko sich nach der Schließung des Wurmlochs ({{DS9|Tränen der Propheten}}) dazu entschließt zur Erde zurückzukehren, übernimmt Kira für die Dauer seiner Abwesenheit kommissarisch das Kommando über Deep Space 9. ({{DS9|Das Gesicht im Sand}})
====Cardassianische Rebellion====Kira unterstützt [[2375]] den von [[Legat]] [[Damar]] organisierten Widerstand gegen das [[Dominion]] und ist damit nicht unbeteiligt an der Niederlage des Dominion im [[Dominion-Krieg]]. Um aber Bajor, das eine neutrale Position im Dominion-Krieg eingenommen hat, nicht mit in den [[Krieg]] zu ziehen, verleiht ihr das [[Sternenflottenkommando]] ein [[Offizierspatent]]. Für diese Mission erhält sie den [[Rang]] eines [[Commander]]s. Jedoch bleiben die Cardassianer misstrauisch gegenüber einer, aus ihrer Sicht, ehemaligen Terroristin. Nur Damar kann seine Männer überzeugen, dass ihre Hilfe absolut notwendig ist. Trotzdem bleibt insbesondere sein engster Vertrauter [[Rusot|Gul Rusot]] skeptisch gegenüber Kira. Dies mundet mündet in zahlreichen Provokationen. ({{DS9|Ein Unglück kommt selten allein}})
Als wichtigster Erfolg Kiras bei der Rebellion erweist sich der Klau eines [[Jem'Hadar-Angriffsjäger|Jem'Hadar-Angriffsjägers]], der mit der [[Energiedämpfungswaffe]] der [[Breen]] ausgerüstet ist. Jedoch fordert der Auftrag seine Opfer. Beim Versuch sich Kiras zu entledigen, wird Rusot von seinem Freund Damar erschossen, da Rusot mit seinem Wunsch nach der Erhaltung des alten Cardassias nicht mehr für die Zukunft steht. ({{DS9|Kampf mit allen Mitteln}})
[[Datei:Kira_Odo_Verabschiedung.jpg|thumb|Kira verabschiedet sich von Odo - zum letzen Mal?]]
Mit ihrer Errungenschaft und dem bereits unter starken Symptomen leidenden Odo kehren die Rebellen nach Deep Space 9 zurück. Odo kann nicht mehr an den Operationen des Widerstands teilnehmen, sondern braucht die Hilfe [[Julian Bashir|Dr. Bashirs]]. Kira will bei ihren Geliebten bleiben, doch dieser fordert sie auf zu gehen, mit der Begründung, dass sie schon den Tod [[Bareil Antos|Vedek Bareils]] miterlebt hatte, und er ihr kein zweites Mal zumuten will, sowie, dass er nicht als letztes, den Schmerz in ihren Augen sehen will. Mit einer Liebesbekundung und einem Kuss verabschieden sich die beiden. ({{DS9|Extreme Maßnahmen}})
Einen herben Rückschlag erlebt ihr Wirken bei einem geplanten Treffen auf [[Cardassia Prime]] mit den potenziellen Dissidenten [[Revok|Gul Revok]], [[Seltan]] und [[Goris|Legat Goris]], die eine nach Damar essenzielle Truppenzahl stellen könnten. Jedoch läuft die ganze Operation schief: Revok entpuppt sich als Verräter, alle Cardassianer, die sich der Rebellion anschließen wollen, werden von den Jem'Hadar eliminiert. Auch das erbeutete Schiff wird vernichtet. Nur Kira, Damar und Garak überleben dieses Unglück, gefangen in der Kernwelt des Feindes.
Den dreien bleibt nur das Untertauchen bei Garaks alter Bekannte [[Mila]] in seines [[Enabran Tain|Vaters]] Haus übrig. Damar erfährt in den Nachrichten des Dominions von seinem vermeintlichen Tod und der Zerschlagung der Rebellion. Gleichzeitig zeigt sich Hoffnung durch einen Märtyrermythos, der sich unter dem cardassianischem Volk breitmacht. Die drei reorganisieren den Widerstand auf der Heimatwelt, angetrieben vom cardassianischen Glauben an Damars Unsterblichkeit.
Mit eigenen Augen erlebt das cardassianische Volk, wie Damar, quicklebendig, einen Anschlag auf eine Jem'Hadar-Kaserne verübt und danach das Volk zum Kampf auf den Straßen aufruft. Auch Kira beobachtet den Prozess, der gewisse Parallelen zu ihrer Vergangenheit im Widerstand aufweist. ({{DS9|In den Wirren des Krieges}})
Am Ende des Krieges [[2375]] übernimmt sie als [[Colonel]] das Kommando über Deep Space 9. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil II}})
Eine wirkliche Annäherung an Sisko geschieht jedoch erst [[2372]], als die [[USS Defiant (NX-74205)|USS Defiant]], bei einem Angriff mehrerer [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]] gravierende Schäden erleidet und Sisko schwer verletzt wird. Kira erhält die Aufgabe, dem apathischen Captain moralischen Beistand zu leisten. Während dieser Zeitspanne offenbart sich, wieso Kira versucht Distanz zu ihm zuhalten - aufgrund seiner Stellung als religiöse Ikone. Als beide nach Deep Space Nine zurückkehren, lädt Sisko Kira sogleich zu einem [[Baseballspiel (Holoprogramm)|Baseballspiel]] ein, was Kira freudig annimmt. ({{DS9|Das Wagnis}})
Jedoch ist Kira enttäuscht, als sie erfährt, dass Sisko sich gegen die Aufforderung der Propheten stellt, Kasidy nicht zu heiraten, und es dann doch tut. Aufgrunddessen benimmt sich reagiert Kira auch eher verhalten während auf der Zeremonie. ({{DS9|Bis daß der Tod uns scheide}})
== Spiegeluniversum ==
