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In dem Glauben, dass Admiral Marcus seine Crew nun mit Sicherheit töten wird, plant Khan einen [[Terrorismus|Terroranschlag]] auf das [[Hauptquartier]] von Sektion 31, welches sich in [[London]] befindet und als ein gewöhnliches [[Archiv]] der Sternenflotte getarnt ist.
Nachdem wegen dem Anschlag des Anschlags eine Notsitzung von Admiral Marcus einberufen wurde, bei der an welcher unter anderem [[James Tiberius Kirk (Neue Zeitlinie)|James Tiberius Kirk]], [[Spock (Neue Zeitlinie)|Spock]] und [[Christopher Pike (Neue Zeitlinie)|Christopher Pike]] teilnehmen, wird diese auch von Khan attackiert. Kirk schafft es, Khans [[Shuttle]] unschädlich zu machen. Dieser jedoch flüchtet per [[Transwarpbeamen]] noch rechtzeitig auf den Planeten [[Kronos]]. ({{film|12}})
[[Datei:USS Vengeance stürzt in der Bucht von San Francisco ab.jpg|thumb|Khan stürzt die ''Vengeance'' auf San Francisco]] James Kirk verfolgt auf Befehl von Admiral Marcus Khan mit der Enterprise nach Kronos und trifft dort auf klingonische Patrouillen, die von Khan ausgeschaltet werden. Dieser ergibt sich Kirk, als er erfährt, dass die Enterprise die Langstreckentorpedos mit seiner Besatzung an Bord hat. Er klärt Kirk über Marcus Pläne und seine wahre Identität auf. Kurz darauf erscheint Admiral Marcus persönlich mit der ''Vengeance'' und fordert Khans Auslieferung. Als Kirk sich weigert, kommt es zum Kampf: Die ''Vengeance'' verfolgt die Enterprise bis zum Erdmond und schießt das Schiff kampfunfähig. Als die ''Vengeance'' überraschend durch Sabotage alle Energie verliert, entern Kirk und Khan das Schlachtschiff und schaffen es, die Mannschaft zu überwältigen. Khan wendet sich daraufhin gegen Kirk, tötet Marcus vor den Augen seiner Tochter [[Carol Marcus (Neue Zeitlinie)|Carol]], erzwingt die Herausgabe der Torpdedos, beamt alle Überlebenden auf die Enterprise und eröffnet schließlich das Feuer. Als überraschend die Torpedos explodieren und die ''Vengeance'' schwer beschädigen, wähnt Khan seine Besatzung endgültig tot und stürzt das Schlachtschiff auf das Sternenflotten-Hauptquartier. Der Einschlag zerstört einen Teil der Innenstadt von San Francisco, Khan wird auf der Flucht von Spock nach einer wilden Verflogungsjagd gestellt und mit Hilfe Uhuras besiegt. Anders als in der ursprünglichen Zeitlinie kommt Khan jedoch nicht ums Leben. Er wird stattdessen wieder in den Kälteschlaf versetzt und zusammen mit seiner Besatzung auf unbestimmte Zeit an einem geheimen Ort "gelagert".
