James Kirk verfolgt auf Befehl von Admiral Marcus Khan mit der Enterprise nach Kronos und trifft dort auf klingonische Patrouillen, die von Kahn ausgeschaltet werden. Dieser ergibt sich Kirk, als er erfährt, dass die Enterprise die Langstreckentorpedos mit seiner Besatzung an Bord hat. Er klärt Kirk über Marcus Pläne und seine wahre Identität auf. Kurz darauf erscheint Admiral Marcus persönlich mit der Vengeance und fordert Khans Auslieferung. Als Kirk sich weigert, kommt es zum Kampf: Die Vengeance verfolgt die Enterprise bis zum Erdmond und schießt das Schiff kampfunfähig. Als die Vengeance überraschend durch Sabotage alle Energie verliert, entern Kirk und Khan das Schalchtschiff und schaffen es, die Mannschaft zu überwältigen. Khan wendet sich daraufhin gegen Kirk, tötet Marcus vor den Augen seiner Tochter [[Carol Marcus(Neue Zeitlinie)|Carol]], erzwingt die Herausgabe der Torpdedos, beamt alle Überlebenden auf die Enterprise und eröffnet das Feuer. Als überraschend die Torpedos explodieren und die Vengeance schwer beschädigen, wähnt Kahn seine Besatzung endgültig tot und stürzt das Schlachtschiff auf das Sternenflotten-Hauptquartier. Der Einschlag zerstört einen Teil der Innenstadt von San Francisco, Khan wird auf der Flucht von Spock nach einer wilden Verflogungsjagd gestellt und mit Hilfe Uhuras besiegt. Anders als in der ursprünglichen Zeitlinie kommt Khan jedoch nicht ums Leben. Er wird stattdessen wieder in den Kälteschlaf versetzt und zusammen mit seiner Besatzung auf unbestimmte Zeit an einem geheimen Ort "gelagert".