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Khan erwartet bereits die ''Enterprise'' und fängt sie noch vor Erreichen der Regula-Station ab. Während seines Exils entwickelte er einen unbändigen Hass gegenüber Kirk, welchen er mit folgendem Zitat einem seiner Untergebenen gegenüber offenbart:
:<q>Ich werd' ihn jagen um die Monde von Nibia, durch den Antares-Mahlstrom und durch die Flammen der ewigen Verdammnis, bevor ich ihn aufgebe!</q>
Khan nähert sich seinem Gegner und täuscht dabei [[Kommunikation]]sstörungen vor. Als er in Position ist, lässt er das Feuer eröffnen und setzt die ''Enterprise'' außer Gefecht. Anschließend zeigt er sich dem verblüfften Kirk. Im Laufe des Gesprächs macht Kirk seinen [[Führungsoffizier]]en indirekt klar, dass er den [[Prefix-Code]] gegen die ''Reliant'' einsetzen will. Mit ihm gelingt es, die [[Schutzschild]]e der ''Reliant'' herunterzufahren und einen erfolgreichen Gegenschlag durchzuführen, woraufhin sich die Augments zunächst einmal zurückziehen.
Nach seiner Inhaftierung im Jahr [[2154]] verfolgt er ein anderes Ziel, die Menschheit zu perfektionieren. Anstatt wieder zu versuchen, neue menschliche Augments zu erzeugen, widmet er sich der Schaffung [[Android|künstlicher Lebensformen]]. Sein Nachkomme Doktor [[Noonien Soong]] setzt seine Arbeit weiter fort, bis es ihm gelingt, eine Reihe von Androiden, wie beispielsweise [[Data]] und [[Lore]] zu konstruieren. ({{ENT|Die Augments}}; {{TNG|Das Duplikat}})
Nachdem Khan in seiner letzten Handlung das [[Genesis-Projektil]] detonieren lässt, ruft dies das [[Klingonisches Reich|klingonische Reich]] auf den Plan, welches nun glaubt, dass dieses Projektil die „Ultimative „ultimative Waffe“ der [[Föderation]] sei. Daraufhin gibt es mehrere diplomatische Schwierigkeiten zwischen den beiden [[Regierung und Politik|Großmächten]], die erst im [[Erstes Khitomer-Abkommen|Khitomer-Abkommen]] von [[2293]] überwunden werden können. ({{Film|2}}, {{Film|3}}, {{Film|6}})
Ironischerweise sorgen Khans Handlungen in der [[2285|Vergangenheit]] dafür, dass [[2286]] die [[Erde]] vor den Auswirkungen der [[Walsonde]] gerettet wird. Durch Khans Handlungen kommt eine Ereigniskette zustande, die Admiral Kirk wegen [[Befehlsverweigerung]] ins Exil nach [[Vulkan]] verbannt. Als er sich einige Monate später entschließt, zur Erde zurückzukehren, sind er und seine Crew schließlich die einzigen, die gegen die Walsonde vorgehen können. ({{Film|4}})
