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Für Khan und seinen Anhängern ist es ein leichtes, die [[USS Reliant|USS ''Reliant'']] zu kapern und die [[Crew|Besatzung]] auf dem unwirtlichen Planeten auszusetzen. Da er nun von dem geheimen Genesis-Projekt wussteweiß, nahm nimmt er Kurs auf das [[Regula 1|Weltraumlabor Regula 1]], um das Projekt in seinen Besitz zu bringen. Währenddessen befindet sich die ''Enterprise'', mittlerweile als [[Schulschiff]] eingesetzt, auf einer nahegelegenen Trainingsmission. Als die Projektleiterin Doktor [[Carol Marcus]] versucht, die ''Enterprise'' zu kontaktieren, entschließt sich Admiral Kirk nach dem Rechten zu sehen.

Khan ist vor Kirk auf Regula 1 und foltert alle am Projekt beteiligten Personen, um die Daten des Genesis-Projekts zu erhalten. Als er jedoch keine Informationen erhält, lässt er das gesamte Personal töten. Doktor Marcus und ihr Sohn [[David Marcus|David]] können sich mit dem [[Genesis-Projektil]] auf dem nahegelegenen [[Planetoid]]en [[Regula]] in Sicherheit bringen. Als Kirk beide später fandfindet, darunter auch Captain Terrell und Chekov, gelang gelingt es Khan das Genesis-Projektil auf sein Schiff zu beamen.

Khan erwartet bereits die ''Enterprise'' und fängt sie noch vor Erreichen der Regula-Station ab. Während seines Exils entwickelt entwickelte er einen unbändigen Hass gegenüber Kirk, welchen er mit folgendem Zitat einem seiner Untergebenen gegenüber offenbart: