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Nach seiner Inhaftierung im Jahr [[2154]] verfolgt er ein anderes Ziel, die Menschheit zu perfektionieren. Anstatt wieder zu versuchen, neue menschliche Augments zu erzeugen, widmete er sich der Schaffung [[Android|künstlicher Lebensformen]]. Sein Nachkomme Doktor [[Noonien Soong]] setzte seine Arbeit weiter fort, bis es ihm gelingt, eine Reihe von Androiden, wie beispielsweise [[Data]] und [[Lore]] zu konstruieren. ({{ENT|Die Augments}}; {{TNG|Das Duplikat}})
Nachdem Khan in seiner letzten Handlung das [[Genesis-Projektil]] detonieren lässt, ruft dies das [[Klingonisches Reich|klingonische Reich]] auf den Plan, welches nun glaubt, dass dieses Projektil die "Ultimative Waffe" „Ultimative Waffe“ der [[Föderation]] sei. Daraufhin gibt es mehrere diplomatische Schwierigkeiten zwischen den beiden [[Regierung und Politik|Großmächten]], die erst im [[Erstes Khitomer-Abkommen|Khitomer-Abkommen]] von [[2293]] überwunden werden können. ({{Film|2}}, {{Film|3}}, {{Film|6}})
Ironischerweise sorgen Khans Handlungen in der [[2285|Vergangenheit]] dafür, dass [[2286]] die [[Erde]] vor den Auswirkungen der [[Walsonde]] gerettet wurde. Durch Khans Handlungen kommt eine Ereigniskette zustande, die Admiral Kirk wegen [[Befehlsverweigerung]] ins Exil nach [[Vulkan]] verbannt. Als er sich einige Monate später entschließt, zur Erde zurückzukehren, sind er und seine Crew schließlich die einzigen, die gegen die Walsonde vorgehen können. ({{Film|4}})
