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Ende 2370 bittet Jake Sisko Keiko O'Brien, dass er und Nog gemeinsam an einem Schlulprojekt arbeiten können, damit Nog besser Noten bekommt und Keiko O'Brien stimmt dieser Bitte zu. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})
Während ihrer Zeit als Lehrerin, liest sie sich die Geschichten von [[Mardah]] durch. Sie ist total Begeistert von Mardahs Arbeit und empfiehlt, dass Mardah sie in diesem Bereich ein Studium aufnimmt. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})
Aufgrund der Bedrohung durch das [[Dominion]] verlassen Anfang [[2371]] immer mehr Familien die Station. Da sie nun keine Kinder mehr hat, welche sie unterrichten kann, ist Keiko O'Brien gezwungen ihre Schule zu schließen. Ihr Mann bemerkt wie schlecht es ihr geht, da sie nun keine Arbeit mehr hat. Miles O'Brien tut zwar alles um sie glücklich zu machen, aber dies gelingt ihm nicht. Schließlich will O'Brien für seine Frau ein Aboretum ein zu richten. Aber Bashir rät O'Brien davon ab, da er Keikos Beruf in ein Hobby umwandeln würde. Darauf kümmert sich O'Brien darum, dass seine Frau als Botanikerin auf eine Expediton in die [[Janitza-Berge]] auf Bajor teil nehmen kann. O'Brien ist bewußt, dass er einige Monate seine Frau und seine Tochter nicht sehen wird, er weiß aber das diese wieder glücklich ist. ({{DS9|Das Haus des Quark}})
[[Datei:Quark verliebt sich in Keiko.jpg|thumb|left|Quark verliebt sich in Keiko O'Brien.]]
Nach zwei Monaten kehrt Keiko O'Brien für einen kurzen Besuch auf die Station zurück. Doch sie ist sehr erschöpft und gestresst von ihrer Arbeit bei der Expedition und sie streitet sich die ganze Zeit mit ihren Mann. Zu der Zeit findet auf Deep Space 9 das alljährige [[Dankbarkeitsfest]] statt. Allerdings hat Keiko O'Brien keine Lust mit zu feiern, stattdessen informiert sie ihren Mann, dass ihre Expedition um einige Monate länger dauern wird. Darauf wird Miles O'Brien wütent und beide geraten in einen heftigen Streit. Später entschuldigt sich Miles O'Brien bei seiner Frau und erklärt, dass er seine Kündigung bei Sisko eingereicht hat, um sie nach Bajor und später auf die Erde zu begleiten. Schließlich verzeiht Keiko ihren Mann und begleitet ihn auf das Dankbarkeitsfest. Sie erklärt ihm auch, dass er seine Kündigung bei Sisko zurück ziehen kann. Auf der Feier nimmt auch die [[Betazoid]]e [[Lwaxana Troi]] teil. Sie ist zu der Zeit am [[Zanthi-Fieber]] erkrankt und überträgt ihre [[Emotion]]en auf andere Personen. So beginnt sich [[Quark]] plötzlich in Keiko O'Brien zu verlieben. Doch Quark kann nichts dafür, da Trois Krankheit für sein Verhalten verantwortlich ist. Später kehrt Keiko O'Brien nach Bajor zurück und ihr Mann verabschiedet sich von ihr. ({{DS9|Das Festival}})
Um [[2372]] wird sie erneut schwanger und erwartet die [[Geburt]] ihres Sohnes [[Kirayoshi O'Brien|Kirayoshi]]. Allerdings geraten sie und ihr ungeborenes Kind in Lebensgefahr, als ein [[Danube-Klasse|Runabout]] im [[Gamma-Quadrant]]en einen massiven Energieausfall erleidet und sich nur mit Mühe zur Station zurück schleppen kann. In einer spektakulären [[Operation]] überträgt der leitende medizinische Offizier [[Doktor]] [[Julian Bashir]] den Fötus von ''Keiko'' auf die ebenfalls an Bord befindliche [[Kira Nerys]], die das Kind fortan austrägt ({{DS9|Quarks Schicksal}}).
