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Einige Zeit später besucht Keiko O'Brien mit ihrer Schulklasse Bajor, um dort ein [[Getreide]]verarbeitungszentrum in [[Lasuma]] zu besichtigen. ({{DS9|Meuterei}})
[[Datei:Keiko O'Brien und Rugal.jpg|thumb|Keiko O'Brien und Rugal.]]
Ende [[2369]] besucht [[Vedek]] [[Winn Adami]] die Schule von Keiko O'Brien. Winn bekommt mit, wie Keiko O'Brien die Kinder über das [[Bajoranisches Wurmloch|bajoranische Wurmloch]]. Doch da das Wurmloch für die Bajoraner der [[Himmelstempel|himmlische Tempel]] der [[Wurmlochwesen|Propheten]] ist, hält Winns Keiko O'Briens weltliche Ansichten für pure Blasphemie. Winn will darauf, dass die bajoranischen Kinder nicht mehr die Schule von Keiko O'Brien besuchen. Darauf beschwert Keiko O'Brien bei Commander Sisko über das Verhalten von Winn. Nach diesen Ereignissen bemerkt Keiko O'Brien, dass aufgrund Winns Provokation die Bajoraner an Bord der Station ihr feindlich gegenüberstehen. Angestachelt von Winns Aufhetzungen verüben einige fanatische Bajoraner sogar einen Anschlag auf die Schule und Keiko O'Brien muss mit ansehen, wie ihre Schule in flammen steht. In Wirklichkeit will Winn durch den Konflikt nur erreichen, dass Vedek [[Bareil Antos]] an Bord der Station kommt und hilft den von ihr ausgelösten Konflikt zu schlichten. Winn will mit Hilfe der Bajoranerin [[Neela]] Bareil ermorden lasse, damit Bareil Winn nicht mehr im Weg steht neuer [[Kai]] von Bajor zu werden. Neela kann aber aufgehalten werden ihr Attentat durch zuführen und wird darauf verhaftet. Nachdem Winn die Station verlassen hat, beruhigt sich die Lage auf Deep Space 9 wieder und Keiko O'Brien kann ihre Schule wieder eröffnen. ({{DS9|Blasphemie}})
Anfang [[2370]] kommt es zu einem [[Putsch]] auf Bajor und eine Organisation, welche auch [[Allianz für globale Einheit|der Kreis]] genannt wird, übernimmt die Regierung auf Bajor. Die Bajoraner fodern die Sternenflotte auf Deep Space 9 zu verlassen. Sisko findet inzwischen heraus, dass der Kreis seine [[Waffe]]n von den [[Cardassianer]]n geliefert bekommt. Da Sisko verhindern will, dass die Cardassianer Bajor wieder übernehmen, bleibt Sisko mit einer Rumpfmannschaft auf der Station zurück, um zu verhindern, dass der Kreis die vollständige Kontrolle über Bajor und Deep Space 9 bekommt. Alle Nichtbajoraner werden von Deep Space 9 evakuiert. Keiko O'Brien ist verägert, dass ihr Mann auf der Station bleibt und anstatt bei seiner Familie zu bleiben. Die beiden streiten sich darauf, aber sie später ein, dass ihr Mann seine Pflicht erfüllen muss. Nach der Erfolgreichen Verteidigung der Station kehrt Keiko O'Brien zu ihrem Mann auf die Station zurück. ({{DS9|Die Belagerung}})
Nachdem der von einem Bajoraner aufgezogen cardassianische Waisejunge [[Rugal]] dem Schneider Garak in die Hand beißt, wird dieser vorläufig seinen Adoptiveltern weg genommen und wohnt vorüberegehen bei den O'Briens. Miles O'Brien traut dem Jungen nicht, da er ein Cardassianer ist, aber Keiko O'Brien kümmert sich um den Jungen und lässt ihrer Tochter Molly spielen. Abends bereitet sie [[Zabufleisch]], ein cardassianisches Gericht zu, aber Rugal und ihrem Mann schmeckt dieses Gericht nicht. Später ist Keiko O'Brien dabei, als Rugal seinen richtigen Vater [[Kotan Pa'Dar]] kennen lernt. Da Rugal ein Opfer einer Konspiration ist, entscheidet Sisko später Rugal zu seinen richtigen Vater nach Cardassia zu schicken. ({{DS9|Die Konspiration}})
Um [[2372]] wird sie erneut schwanger und erwartet die [[Geburt]] ihres Sohnes [[Kirayoshi O'Brien|Kirayoshi]]. Allerdings geraten sie und ihr ungeborenes Kind in Lebensgefahr, als ein [[Danube-Klasse|Runabout]] im [[Gamma-Quadrant]]en einen massiven Energieausfall erleidet und sich nur mit Mühe zur Station zurück schleppen kann. In einer spektakulären [[Operation]] überträgt der leitende medizinische Offizier [[Doktor]] [[Julian Bashir]] den Fötus von ''Keiko'' auf die ebenfalls an Bord befindliche [[Kira Nerys]], die das Kind fortan austrägt ({{DS9|Quarks Schicksal}}).
