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Wenig später verlassen Mezoti, Azan und Rebi die ''Voyager'' und werden von den [[Wysanti]] aufgenommen. Janeway verabschiedet die Kinder mit Seven of Nine und Icheb im Transporterraum. Bald darauf bricht Seven of Nine im Kasino zusammen und wird auf der Krankenstation behandelt, da ihr Kortikalknoten ausfällt. Janeway sucht Seven umgehend auf der Krankenstation auf und wird vom Doktor über die Situation informiert. Sie lässt daraufhin nach einem Borg-Trümmerfeld scannen und fliegt mit dem ''Delta Flyer'' dorthin. Als Icheb sich für diese Mission freiwillig meldet, lehnt sie dieses Gesuch ab. Nachdem sie das Trümmerfeld gefunden haben, suchen sie nach einem Kortikalknoten und entnehmen ihn einer Drohne. Sie werden jedoch von mehreren Fremden gestört, die das Bergungsrecht beanspruchen und die Herausgabe des Knotens verlangen. Janeway bedroht den Anführer der Fremden mit einem Laserskalpell, damit sie mit dem Knoten entkommen können. Zurück auf der ''Voyager'' führt sie mit dem Doktor und Paris auf dem Holodeck eine Simulation der Operation durch. Jedoch führt jede Simulation zu dem Ergebnis, dass die Operation scheitern wird, weil der Knoten zu lang inaktiv war. Janeway verlässt daraufhin mit dem Doktor das Holodeck. Kurzzeitig erwägt sie den Knoten einer lebenden Drohne zu nehmen, wird jedoch vom Doktor davon abgebracht. Anschließend informieren sie Seven of Nine über ihr Scheitern. Ihre Bitte den Dienst wieder aufnehmen zu dürfen, lehnt sie zunächst ab, da der Doktor ihren Zustand permanent überwachen muss. Schließlich kommen der Doktor und Seven zu einem Kompromiss: Wenn Seven einen Kortikalmonitor trägt, darf sie die Krankenstation verlassen. In der Astrometrie betracht Seven Bilder von der Erde und Janeway berichtet ihr von Indiana. Sie versucht sie damit zu ermutigen, dass sie in sieben Jahren 30000 Lichtjahre der Erde näher gekommen sind. Jedoch erwidert Seven, dass einige Crewmitglieder dabei gestorben sind und fragt, warum sie ihren Tod nicht akzeptieren kann. Wenig später wird Janeway mit dem Doktor in Frachtraum 2 gerufen. Dort hat er seinen Kortikalknoten deaktiviert und den Doktor aus den Kontrollen ausgesperrt, damit sie seinen Kortikalknoten Seven einsetzen müssen. Sie werden auf die Krankenstation gebeamt. Dort lehnt Seven zunächst den Knoten ab, jedoch können Icheb, Janeway und der Doktor sie überzeugen, den Knoten dennoch anzunehmen. Janeway assistiert dem Doktor und Paris bei der Operation, bei der Ichebs Knoten in Seven eingesetzt wird. Nachdem Seven nach sechs Tagen Regeneration wieder erwacht, erwarten sie Janeway und der Doktor und teilen ihr mit, dass sie wieder völlig genesen wird. ({{VOY|Unvollkommenheit}})
Als ihr Tom Paris und Harry Kim wenig später vorschlagen an der [[Antarianische Transstellarrallye|antarianischen Transstellarrallye]] teilzunehmen, genehmigt sie dies, da sie so Gelegenheit haben, neue Freunde zu gewinnen und der Crew etwas Erholung zu gönnen. Gleichwohl erwartet sie, dass sie das Rennen gewinnen. Als sie mit Botschafter [[O'Zaal]] die Details der Teilnahme klärt, offenbart ihr dieser, dass er gern sehen würde, wenn sie gewinnen. Später verfolgt sie das Rennen mit anderen Crewmitgliedern in der Astrometrie. Nachdem das Rennen wegen eines Unfalls unterbrochen werden muss, begibt sie sich auf die Krankenstation und wird vom Doktor über die Verletzungen von [[Irina]] und [[Joxom]] informiert. Nachdem Tuvoks Analyse ergibt, dass Irinas Schiff sabotiert wurde, entschließen sich die Teilnehmer das Rennen fortzusetzen. Nachdem Assan das Rennen gewinnt und Tuvok mit den Sensoren eine Antimaterieexplosion registriert, befiehlt sie nach dem ''Delta Flyer'' zu suchen und bald kann man Torres und Paris retten. ({{VOY|Das Rennen}})
Nachdem Tabor bewusstlos auf dem Holodeck gefunden wird, bringt man ihn auf die Krankenstation, wo der Doktor ihn untersucht und feststellt, dass er angegriffen wurde und er Quetschungen am Hals besitzt. Daraufhin beauftragt sie Tuvok mit einer Untersuchung. Bei seinem ersten Zwischenbericht, meint er, dass er eine starke Ahnung hat, was Janeway erstaunt, da sie dachte, Vulkanier hätten so etwas nicht. Nachdem fünf Maquis im Koma liegen, bespricht sie mit Chakotay und Tuvok einen Weg, die restlichen Maquis zu schützen. Nachdem weitere Maquis angegriffen werden, erwachen die ersten Opfer wieder aus dem Koma, was Janeway eigenartig erscheint. Gegenüber Tuvok meint sie, dass sie allmählich glaubt, dass ihr Täter ein Geist ist. Der Vulkanier schlägt daraufhin vor, eine Seance abzuhalten. Janeway schickt Tuvok zum Ausruhen und sieht sich selbst seine Scans an. Wenig später analysiert sie mit Harry Kim die Rekonstruktion des Abbilds des Angreifers auf dem Holodeck. Sie werden dabei von Tuvok unterbrochen, der meint, dass er selbst dafür verantwortlich ist. Plötzlich sieht er das Abbild eines Bajoraners und zielt mit seinem Phaser auf diesen. Janeway fragt ihn, wie dies möglich sein kann, beschränkt ihn aber in der Arrestzelle. Sie versucht mit ihm zu sprechen, um die Ereignisse aufzuklären und Tuvok berichtet, dass er die Stimme eines Fremden hört. Wenig später erwachen die Maquis aus ihrer Bewusstlosigkeit und werden von Janeway über die neuesten Erkenntnisse informiert. Sie zeigt Chakotay, dass Tuvok einen Brief von seinem Sohn erhielt, in den eine andere Botschaft versteckt wurde, die Tuvok unterbewusst wahrnahm. Sie entdecken eine Nachricht von [[Teero Anaydis]], einem bajoranischen Vedek, der mit Gedankenkontrolle experimentierte und aus dem Maquis ausgestoßen wurde. Janeway informiert Tuvok über die neuen Erkenntnisse und dieser erinnert sich daran, dass Anaydis an ihm Experimente durchführte. Jedoch hat Tuvok bereits ein Codewort an die Maquis durchgegeben, wodurch deren durch die Gedankenverschmelzung übertragene mentale Konditionierung aktiviert wird. Janeway wird von Chakotay gefangen genommen, während die Maquis das Schiff erorbern. Sie versucht Chakotay zu überzeugen, dass eine Rebellion 35000 Lichtjahre vom Alphaqquadranten entfernt sinnlos ist. Er reagiert jedoch nicht auf ihre Einwände. Wenig später wird sie von [[Yosa]] in den Besprechungsraum gebracht, wo Chakotay Tuvok einen Phaser gibt und ihn auf Janeway abfeuern lässt. Jedoch ist der Phaser defekt und Janeway wird nicht verletzt. Wenig später gelingt es Tuvok, Chakotays Konditionierung mit einer weiteren Gedankenverschmelzung aufzuheben und dieser beendet die Rebellion. Daraufhin wird Janeway befreit und ist froh, die "Alten" wieder zurückzuhaben. Anschließend besuchen sie mit einem Großteil der Crew eine Filmvorführung auf dem Holodeck. ({{VOY|Verdrängung}})