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[[Datei: Die Borg-Königin versucht Kathryn Janeway zur Kapitulation zu überreden.jpg|thumb|Die Borg-Königin versucht Kathryn Janeway zur Kapitulation zu zwingen]]
Nachdem Janeway assimiliert wurde, begibt sie sich zum zentralen Plexus und trifft Vorbereitungen, um das Virus freizusetzen. Sie findet Tuvok und Torres wieder und sie machen sich auf die Suche nach einer Zugriffsmöglichkeit. Nachdem sie den zentralen Plexus erreicht haben, wird Tuvok zunehmend eins mit dem Borg-Kollektiv. Sie versucht den Virus freizusetzen, während Janeway mit Tuvok spricht und ihn auffordert den Kampf gegen die Borg fortzusetzen. Es gelingt Torres inzwischen die Tür zu öffnen und in den zentralen Plexus einzudringen. Nachdem sie das Virus freigesetzt haben, wird Tuvok eins mit dem Kollektiv und stellt sich ihnen entgegen. Janeway und Torres versuchen zu fliehen, werden jedoch aufgehalten. Janeway wird daraufhin in einen Alkoven gebracht und ihr Bild zur Königin projiziert. Die Königin zerstört vor Janeways Augen mehrere Borgschiffe mit Abtrünnigen um ihre Kooperation zu erzwingen. Janeway geht darauf allerdings nicht ein. Die Königin schickt Janeway nach Unimatrix Zero, um deren Rückkehr zu erzwingen. Janeway fordert sie allerdings auf, selbst dorthin zu gehen. Als die Königin zurückkehrt, erklärt sie ihr, dass sie nicht verstehen kann, wie man diesen Ort der Perfektion vorziehen kann. Sie offenbart ihr, dass sie ihr Nanovirus so umprogrammiert haben, dass es die mutierten Drohnen anvisiert und in Minuten tötet. Der Captain erwidert, dass sie diese Drohnen nicht erreichen kann, worauf die Königin antwortet, dass sie das Virus in Unimatrix Zero freisetzen wird. Janeway soll die Drohnen zur Rückkehr überreden, um tausende Leben zu retten, was sie jedoch ablehnt. Sie übermittelt daher Chakotay eine Nachricht, Unimatrix Zero könne nicht länger existieren. Als sie erfährt, dass die Interlinkfrequenz unterbrochen wurde, teilt sie der Königin mit, dass sie keine Kompromisse mit Borg schließt. Wenig später gelingt es der ''Voyager'' das Außenteam zu befreien und Janeway wird auf der Krankenstation vom Doktor behandelt. ({{VOY|Unimatrix Zero, Teil II}})
Wenig später verlassen Mezoti, Azan und Rebi die ''Voyager'' und werden von den [[Wysanti]] aufgenommen. Janeway verabschiedet die Kinder mit Seven of Nine und Icheb im Transporterraum. Bald darauf bricht Seven of Nine im Kasino zusammen und wird auf der Krankenstation behandelt, da ihr Kortikalknoten ausfällt. Janeway sucht Seven umgehend auf der Krankenstation auf und wird vom Doktor über die Situation informiert. Sie lässt daraufhin nach einem Borg-Trümmerfeld scannen und fliegt mit dem ''Delta Flyer'' dorthin. Als Icheb sich für diese Mission freiwillig meldet, lehnt sie dieses Gesuch ab. Nachdem sie das Trümmerfeld gefunden haben, suchen sie nach einem Kortikalknoten und entnehmen ihn einer Drohne. Sie werden jedoch von mehreren Fremden gestört, die das Bergungsrecht beanspruchen und die Herausgabe des Knotens verlangen. Janeway bedroht den Anführer der Fremden mit einem Laserskalpell, damit sie mit dem Knoten entkommen können. Zurück auf der ''Voyager'' führt sie mit dem Doktor und Paris auf dem Holodeck eine Simulation der Operation durch. Jedoch führt jede Simulation zu dem Ergebnis, dass die Operation scheitern wird, weil der Knoten zu lang inaktiv war. Janeway verlässt daraufhin mit dem Doktor das Holodeck. Kurzzeitig erwägt sie den Knoten einer lebenden Drohne zu nehmen, wird jedoch vom Doktor davon abgebracht. Anschließend informieren sie Seven of Nine über ihr Scheitern. Ihre Bitte den Dienst wieder aufnehmen zu dürfen, lehnt sie zunächst ab, da der Doktor ihren Zustand permanent überwachen muss. Schließlich kommen der Doktor und Seven zu einem Kompromiss: Wenn Seven einen Kortikalmonitor trägt, darf sie die Krankenstation verlassen. In der Astrometrie betracht Seven Bilder von der Erde und Janeway berichtet ihr von Indiana. Sie versucht sie damit zu ermutigen, dass sie in sieben Jahren 30000 Lichtjahre der Erde näher gekommen sind. Jedoch erwidert Seven, dass einige Crewmitglieder dabei gestorben sind und fragt, warum sie ihren Tod nicht akzeptieren kann. Wenig später wird Janeway mit dem Doktor in Frachtraum 2 gerufen. Dort hat er seinen Kortikalknoten deaktiviert und den Doktor aus den Kontrollen ausgesperrt, damit sie seinen Kortikalknoten Seven einsetzen müssen. Sie werden auf die Krankenstation gebeamt. Dort lehnt Seven zunächst den Knoten ab, jedoch können Icheb, Janeway und der Doktor sie überzeugen, den Knoten dennoch anzunehmen. Janeway assistiert dem Doktor und Paris bei der Operation, bei der Ichebs Knoten in Seven eingesetzt wird. Nachdem Seven nach sechs Tagen Regeneration wieder erwacht, erwarten sie Janeway und der Doktor und teilen ihr mit, dass sie wieder völlig genesen wird. ({{VOY|Unvollkommenheit}})
Wenig später wird der Doktor vom Schiff entführt und Janeway bespricht die Situation mit den Führungsoffizieren. Insbesondere befragt sie Tuvok und Neelix, wie es dem [[Dralianer]] [[Gar]] gelingen konnte mit dem Programm zu fliehen. Sie erfährt, dass er wegen einer angeblichen Krankheit die Nacht auf der Krankenstation verbrachte und diese Gelegenheit nutzte um das MHN zu stehlen. Um den Doktor zu befreien, lässt sie nach der Ionenspur von Gars Schiff scannen. Nachdem sie die Besprechung verlassen hat, spricht Neelix mit ihr und legt ein gutes Wort für Tuvok ein. Sie macht ihm jedoch klar, dass Gars Verbrechen nicht seine Schuld ist und sich sicher ist, dass Neelix sein Bestes tut um bei seiner Ergreifung zu helfen. Die Suche nach Gar führt die ''Voyager'' zu einem bewohnten Asteroiden. Dort trifft man den Händler Kip, der sie zum nächsten Käufer verweist. Man folgt dieser Spur bis zu einer Frau, die eine Affäre mit Gar hatte. Janeway kann sie durch Vorspiegelung einer Affäre mit Tuvok dazu bewegen, ihr zu sagen, dass er auf dem Weg zu einem Spielturnier auf [[Selek IV]] ist. Man kann Gars Schiff aufspüren und aufbringen. Nachdem dieser den Namen des Käufers verrät, setzt man Kurs auf dessen Planeten und Janeway lässt nach der Signatur des Doktors scannen. Sie finden diese auf einem Hospitalschiff und kontaktieren dieses. Da jedoch nur [[Administrator]] [[Chellick]] befugt ist mit Schiffen zu sprechen, werden sie abgewiesen. Daher schickt sie ein Außenteam herunter, dass den Doktor befreien kann. ({{VOY|Kritische Versorgung}})
Bald darauf empfängt man einen Datenstrom von der Sternenflotte. Dieser enthält ein Hologramm von Reginald Barclay, dass von Janeway empfangen wird und ihnen mitteilt, dass die Sternenflotte einn Weg gefunden habe, die ''Voyager'' in den Alpha-Quadranten zu holen. Das Hologramm berichtet sogleich von dem Vorhaben, wird jedoch von Janeway darauf hingewiesen, dass die Schilde der ''Voyager'' keine Sicherheit gegen geodätische Strahlung bieten. Barclay beruhigt sie jedoch damit, dass sie aufgrund technischer Fortschritte in der Lage sind die Falte zu überleben. ({{VOY|Eingeschleust}})
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