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Nachdem sie das Virus freigesetzt haben, wird Tuvok eins mit dem
Kollektiv und stellt sich ihnen entgegen. Janeway und Torres versuchen zu fliehen, werden jedoch aufgehalten. Janeway wird daraufhin in einen Alkoven gebracht und ihr Bild zur Königin projiziert. Die Königin zerstört vor Janeways Augen mehrere Borgschiffe mit Abtrünnigen um ihre Kooperation zu erzwingen. Janeway geht darauf allerdings nicht ein. Die Königin schickt Janeway nach Unimatrix Zero, um deren Rückkehr zu erzwingen. Janeway fordert sie allerdings auf, selbst dorthin zu gehen. Als die Königin zurückkehrt, erklärt sie ihr, dass sie nicht verstehen kann, wie man diesen Ort der Perfektion vorziehen kann. Sie offenbart ihr, dass sie ihr Nanovirus so umprogrammiert haben, dass es die mutierten Drohnen anvisiert und in Minuten tötet. Der Captain erwidert, dass sie diese Drohnen nicht erreichen kann, worauf die Königin antwortet, dass sie das Virus in Unimatrix Zero freisetzen wird. Janeway soll die Drohnen zur Rückkehr überreden, um tausende Leben zu retten, was sie jedoch ablehnt. Sie übermittelt daher Chakotay eine Nachricht, Unimatrix Zero könne nicht länger existieren. Als sie erfährt, dass die Interlinkfrequenz unterbrochen wurde, teilt sie der Königin mit, dass sie keine Kompromisse mit Borg schließt. Wenig später gelingt es der ''Voyager'' das Außenteam zu befreien und Janeway wird auf der Krankenstation vom Doktor behandelt. ({{VOY|Unimatrix Zero, Teil II}})
Wenig später verlassen Mezoti, Azan und Rebi die ''Voyager'' und werden von den [[Wysanti]] aufgenommen. Janeway verabschiedet die Kinder mit Seven of Nine und Icheb im Transporterraum. Bald darauf bricht Seven of Nine im Kasino zusammen und wird auf der Krankenstation behandelt, da ihr Kortikalknoten ausfällt. Janeway sucht Seven umgehend auf der Krankenstation auf und wird vom Doktor über die Situation informiert. Sie lässt daraufhin nach einem Borg-Trümmerfeld scannen und fliegt mit dem ''Delta Flyer'' dorthin. Als Icheb sich für diese Mission freiwillig meldet, lehnt sie dieses Gesuch ab. Nachdem sie das Trümmerfeld gefunden haben, suchen sie nach einem Kortikalknoten und entnehmen ihn einer Drohne. Sie werden jedoch von mehreren Fremden gestört, die das Bergungsrecht beansprucheen und die Herausgabe des Knotens verlangen. ({{VOY|Unvollkommenheit}})
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