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Nachdem Janeway mit der Tagschicht das Kommando über das Schiff übernimmt, wird sie von Chakotay informiert, dass sich Harry Kim mit einem Außenteam auf der Oberfläche eines Planeten befindet, von dem sie einen Notruf empfangen haben. Kim meldet sich wenig später pünktlich und bittet um die Erlaubnis eine beschädigte künstliche Intelligenz an Bord der ''Voyager'' beamen zu dürfen. Diesem Vorschlag entspricht Janeway und das Objekt wird an Bord gebeamt. Bei dessen Untersuchung stellt sich heraus, dass es noch eine weitere Lebensform gab. Daraufhin scannt Janeway mit Seven of Nine die Oberfläche des Planeten nach dieser Lebensform ab. Jedoch finden sie nur noch Trümmer dieser Lebensform und erkennen anhand des radiogenen Zerfalls, dass es sich bei dieser Lebensform um eine Massenvernichtungswaffe handelt. Daraufhin berät sie mit den Führungsoffizieren, wie mit dem Gerät weiter zu verfahren ist. Während der Doktor nur den Explosivkörper der Waffe deaktivieren will, plädieren die anderen Offiziere dafür, die gesamte Sonde abzuschalten. Sie entscheidet, dass der Doktor, Kim und Torres den Sprengkörper deaktivieren sollen. Jedoch befiehlt sie auch, die Sonde beim ersten Anzeichen von Gefahr vom Schiff zu beamen. Zunächst scheint dieser Plan zu funktionieren. Als die KI jedoch erkennt, dass sie eine taktische Langstreckenwaffe ist, nimmt sie Kim und Torres als Geiseln und verlangt von Captain Janeway Kurs auf sein Ziel zu setzen. Janeway entgegnet, dass sie ihm nicht helfen werden einen Krieg zu beginnen. Um Zeit zu gewinnen, lässt sie den Kurs ändern und beruft ein Treffen der Führungsoffiziere ein. Man entschließt sich Kontakt mit [[Onquanii]] aufzunehmen, mit dem Neelix bei einer Außenmission Kontakt hatte. Dieser erklärt sich bereit zu helfen, die Waffe zu deaktivieren, wenn sie ihm überlassen wird. Janeway ist dazu jedoch nicht bereit und verlangt die Energiematrix der Waffe. Daraufhin beendet Onquanii die Verhandlungen und greift mit seinem Schiff die ''Voyager'' an. Die KI vernichtet daraufhin sein Schiff und zwingt Janeway den alten Kurs wieder aufzunehmen. Die Offiziere kommen unterdessen auf die Idee, die Energiematrix des Doktors zu sabotieren, um die KI zu stoppen. Dieser Plan scheitert jedoch, und die KI fordert Janeway auf das Schiff zu evakuieren. Janeway lehnt dies ab. In diesem Moment erscheinen 32 Waffenschiffe und umstellen die ''Voyager''. Es gelingt Kim jedoch die KI zu überzeugen, dass sie einen Abbruchbefehl erhalten hat und die Mission abbrechen muss. ({{VOY|Geheimnisvolle Intelligenz}})
Ende des Jahres empfängt Seven of Nine überraschend einen Notruf vom Föderationsraumschiff [[USS Equinox|USS ''Equinox'']]. Die ''Equinox'' ist wie die ''Voyager'' ebenfalls im Delta-Quadranten verschollen und wird von einer unbekannten Spezies angegriffen. Über diese Entdeckung informiert sie unverzüglich Captain Janeway und Commander Chakotay. Janeway erinnert sich sogleich an seinen Namen und lässt einen Abfangkurs mit Maximumwarp setzen. Inzwischen informiert sie Seven of Nine über die Biografie Captain [[Rudy Ransom|Ransom]]s von der ''Equinox'' und fügt hinzu, dass sie Ransom schon immer gern kennenlernen wollte. Sie bedauert nur die Umstände, unter denen dies nun geschieht. Nachdem man die ''Equinox'' erreicht, stellt man fest, dass deren Schilde von Energieentladungen durchbrochen werden. Janeway ruft das Schiff und wird von Ransom energisch gebeten, die Schilde auf sein Schiff auszudehnen. Diesem Wunsch kommt Janeway prompt nach und begibt sich anschließend mit einem Außenteam an Bord des Schiffes. Gemeinsam mit Tuvok erreicht sie die Brücke des Schiffes und stellt fest, dass bis auf den Captain und den Steuermann alle tot sind. SIe informiert Captain Ransom über die Situation und bringt ihn zur Behandlung auf die USS ''Voyager''. Anschließend lässt sie Torres und Kim die Primärsysteme der Equinox sichern. Nach einer Trauerfeier für die Getöteten, beginnt man mit der Reparatur der ''Equinox''. ({{VOY|Equinox, Teil I}})
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