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Bald darauf entdeckt man ein Wurmloch, dass scheinbar in den Alpha-Quadranten führt und ruft Janeway auf die Brücke. Dieses Wurmloch ist jedoch nur eine Illusion, die von der [[Telepathische Werferpflanze|telepathischen Werferpflanze]] erzeugt wird. Durch seine Telepathie macht es die Crew glaubend, ein Wurmloch in den Alpha-Quadranten entdeckt zu haben. Janeway lässt daher Kurs auf den Alpha-Quadranten setzen. Nur Seven of Nine hat Bedenken, gegen dieses Vorhaben und wird deshalb betäubt. Nachdem das Schiff die Lebensform erreicht, fällt sie mit dem Rest der Besatzung, mit Ausnahme von Seven of Nine und Naomi Wildman, in eine Bewusstlosigkeit. Nachdem Seven of Nine, der Doktor mithilfe des [[Nokaro]] [[Qatai]] das Schiff aus dem bioplasmischen Organismus befreit haben, kommt sie wieder zu sich. ({{VOY|Euphorie}})

Wenig später greift ein Borg-Schiff die ''Voyager'' an und kann zerstört werden. Man versucht die Trümmer zu bergen, und sucht dabei nach einer [[Transwarpspule]]. Man findet zwar ein solches Objekt, jedoch ist es irreparabel beschädigt. Als man eine schwer beschädigte Sphäre entdeckt, fasst Janeway den Entschluss diese anzugreifen und eine Transwarpspule zu stehlen. Sie ermutigt Seven of Nine, die Logbucheintragungen ihrer Eltern zu analysieren. Sevens Einwände, dass ihre Taktiken offensichtlich fehlerhaft waren und daher irrelevant sind, lehnt sie ab. Nachdem man Sichtkontakt mit der Sphäre hat, ordnet Janeway Kampfsimulationen für die Besatzung und doppelte Schichten an. Nachdem Seven of Nine die Unterlagen ihrer Eltern studiert hat, weist sie Janeway darauf hin, dass die Mission ohne ihre Anwesenheit scheitern wird. Sie entspricht Sevens Bitte und teilt sie dem Außenteam zu. Gemeinsam mit Seven of Nine bereitet sie den Transport der Transwarpspule vor. Auf dem Rückweg, bekundet Seven of Nine plötzlich, dass sie zum Kollektiv zurückkehren will. Da sie von Drohnen umstellt werden, muss Janeway Seven zurücklassen und fliehen. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil I}})

Nachdem man auf ein [[Generationenschiff]] der [[Varro]] trifft, hilft man diesen bei der Reparatur ihres Warpantriebs. Die Varro sind sehr misstrauisch, jedoch kann Janeway sie überzeugen, notwendige Arbeiten durchführen zu lassen. Nachdem sich Kim nach einem Intimkontakt mit einer Varrofrau auf der Krankenstation meldet, zitiert sie ihn zu sich. Sie gibt ihm einen formellen Verweis und befiehlt ihm die Beziehung zu beenden. Daraufhin lässt sie ihn wegtreten. Nachdem ein blinder Passagier entdeckt wird, spricht sie mit Chakotay über die Situation. Dieser merkt an, dass sie zu Kim vielleicht härter war, weil er sie persönlich enttäuscht hat. Wenig später spricht sie Jipeq. Als Kim in einem Shuttle entdeckt wird, mit Tal, verhört sie ihn. Jedoch werden sie unterbrochen, als es auf dem Varroschiff strukturelle Brüche gibt. Sie stimmt Kims Vorschlag, das strukturelle Integritätsfeld auszudehnen. Nachdem die gefährdeten Sektionen evakuiert wurden, dockt die ''Voyager'' ab und entfernt sich von dem Varroschiff. Nachdem sie sich verabschiedet haben, spricht sie mit Kim. Sie hat über ihre Entscheidung nachgedacht und meint, dass sie ihn zu hart bestraft hat, da sie zu ihm immer fürsorglicher war, als zu den Anderen. ({{VOY|Das Generationenschiff}})

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