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Nachdem ein Shuttle mit Paris, Torres, Seven of Nine und dem Doktor in einem protostellaren Nebel in Not gerät, lässt sie die Insassen herausbeamen. Dabei wird der mobile Emitter des Doktors mit Nanosonden von Seven of Nine infiziert. Daher entwickelt sich im Wissenschaftslabor um den Emitter herum, eine Borg-Drohne. Nachdem diese entdeckt wird, beobachtet sie mit Tuvok und Seven of Nine den Fötus. Sie lässt die Reifungskammer bewachen und die Entwicklung des Fötus beobachten. Sie entwickelt mit Seven den Plan, der Drohne ihre Werte beizubringen und ihr zu zeigen, was es bedeutet menschlich zu sein. Die Option die Drohne zu ermorden, schließt sie aus. Nachdem Seven of Nine ihm das Leben an Bord der ''Voyager'' eingeführt hat, will sie ihn kennenlernen. Sie ist mit seiner Entwicklung zufrieden, wird von Seven allerdings darüber informiert, dass er mehr über das Kollektiv erfahren will. Sie macht gegenüber Seven klar, dass sie Erster nicht lange Informationen über die Borg vorenthalten können. Nachdem dieser während seines Regenerationszyklus Kontakt mit dem Kollektiv aufnimmt, informieren sie ihn über die Borg. ({{VOY|Die Drohne}})
Nachdem ein malonischer Frachter eine Raumsonde der ''Voyager'' mit einem Traktorstrahl erfasst, nimmt Captain Janeway Kontakt mit ihm auf und verlangt die Herausgabe der Sonde. Als dies verweigert wird, steuert man die Sonde in einen Gasriesen, wo der Frachter zerstört wird. Anschließend beraten die Führungsoffiziere, wie man die Sonde bergen kann. Dabei schlägt Tom Paris die Konstruktion eines neuen Schiffes vor, welches zum Athmosphärenflug im Gasriesen fähig wäre. Dem stimmt der Captain zu. Als ein Malon-Frachter mit Controller [[Vrelk ]] die Sonde beansprucht, weist Janeway diesen zurück. Als sich Torres bei einer Holodecksimulation verletzt, wird sie vom Doktor untersucht. Da er dabei diverse Verletzungen findet, meldet er dies Janeway, die daraufhin mit Torres spricht. Sie fragt, wieso sie die Sicherheitsprotokolle abgeschalten hat. Torres blockt ihr Hilfsangebot jedoch ab, weshalb sie Torres vom Dienst entbindet und unter der Aufsicht des Doktors belässt. Nachdem die Malon das Feuer eröffnen, ruft sie Chakotay auf die Brücke. Anschließend überwacht sie die erfolgreiche Bergungsaktion. ({{VOY|Extreme Risiken}})
Wenig später entdeckt man [[Terrasphäre 8]], wo Spezies 8472 eine Invasion der Erde vorbereitet. Nachdem ein Außenteam die Raumstation erkundet hat und einen Gefangenen, "[[David Gentry]]", mitbringt, will sie ihn befragen. Jedoch begeht er kurze Zeit später [[Selbstmord]]. Nachdem der Doktor bei der Untersuchung des Leichnams herausfindet, dass es sich um ein Mitglied von Spezies 8472 handelt, lässt Janeway Vorbereitungen treffen, die Terrasphäre anzugreifen, um die Bedrohung der Erde abzuwenden. Nachdem der Kontakt zu Chakotay abbricht, nähert sich die ''Voyager''. Sie versucht, mit Boothby zu verhandeln und erreicht, dass eine Delegation von Spezies 8472 an Bord kommt. Mit Chakotay, Tuvok und Seven of Nine verhandelt sie mit Boothby und erreicht einen Waffenstillstand. ({{VOY|In Fleisch und Blut}})
Wenig später greift ein Borg-Schiff die ''Voyager'' an und kann zerstört werden. Man versucht die Trümmer zu bergen, und sucht dabei nach einer [[Transwarpspule]]. Man findet zwar ein solches Objekt, jedoch ist es irreparabel beschädigt. Als man eine schwer beschädigte Sphäre entdeckt, fasst Janeway den Entschluss diese anzugreifen und eine Transwarpspule zu stehlen. Sie ermutigt Seven of Nine, die Logbucheintragungen ihrer Eltern zu analysieren. Sevens Einwände, dass ihre Taktiken offensichtlich fehlerhaft waren und daher irrelevant sind, lehnt sie ab. Nachdem man Sichtkontakt mit der Sphäre hat, ordnet Janeway Kampfsimulationen für die Besatzung und doppelte Schichten an. Nachdem Seven of Nine die Unterlagen ihrer Eltern studiert hat, weist sie Janeway darauf hin, dass die Mission ohne ihre Anwesenheit scheitern wird. Sie entspricht Sevens Bitte und teilt sie dem Außenteam zu. Gemeinsam mit Seven of Nine bereitet sie den Transport der Transwarpspule vor. Auf dem Rückweg, bekundet Seven of Nine plötzlich, dass sie zum Kollektiv zurückkehren will. Da sie von Drohnen umstellt werden, muss Janeway Seven zurücklassen und fliehen. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil I}})
Daraufhin lässt Janeway Frachtraum 2 untersuchen und nach Transwarpsignaturen scannen. Sie selbst untersucht dabei Sevens Logbücher, um einen Hinweis darauf zu finden, weshalb sie zu den Borg zurückkehrte. Chakotays Einwand, dass Seven vor zwei Jahren ankündigte, sie würde Janeway verraten, weist sie zurück, da Seven vor zwei Tagen gesagt hatte, dass die ''Voyager'' ihr Kollektiv geworden sei. Als Neelix ihr meldet, dass sie alle polytrinischen Legierungen extrahiert haben und fragt, ob sie Sevens Alkoven deaktivieren sollen, verneint Janeway dies. Anschließend untersucht sie Sensordaten, um einen Hinweis auf die Ursache von Sevens Verhalten zu finden. Dabei wird sie von Tuvok unterbrochen, der ihr meldet, dass ein Besatzungsmitglied um ein Gespräch mit dem Captain gebeten hat. Zunächst will sie das Besatzungsmitglied an Chakotay verweisen, ändert jedoch ihre Meinung als sie Naomi Wildman hinter Tuvoks Bein hervorluken sieht und erkennt, dass sie dieses Besatzungsmitglied ist. Wildman übergibt ihr ein PADD mit einem Rettungsplan für Seven of Nine. Janeway lobt ihre Initiative, weist aber auch darauf hin, dass die Rettung von Seven of Nine nicht ganz so einfach ist. In diesem Moment komplettiert der Computer die transspektrale Analyse der Sensordaten und Janeway erkennt, dass es sich dabei um Komsignale der Borg handelt, die allesamt auf Frachtraum 2 gerichtet waren. Daraufhin begibt sie sich auf die Brücke. Sie sieht auch die Unterlagen der Hansons noch einmal durch. Sie entdeckt dabei Informationen, über eine Borg-Königin, die einer Drohne Befehle erteilte. Die Sensordaten dieser Drohne stimmen mit denen überein, die an Sevens Alkoven geschickt wurden. Da Seven der Meinung war, die Mission würde scheitern, wenn sie nicht an Bord der Sphäre gehen würde, ist der Captain überzeugt, dass sie von der Königin bedroht wurde und nicht freiwillig zu den Borg zurückkehrte. Daher verlangt sie von Chakotay, dass er einen Angriffsplan ausarbeitet. Bei dessen Realisierung fliegt sie mit Paris und dem Doktor im Delta-Flyer der Transwarpsignatur des Kubus nach. Während des Fluges studiert sie die Aufzeichnungen der Hansons und sucht nach Fehlern, die diese gemacht haben. Der Doktor bemerkt, dass die meisten Wissenschaftler auf Pionierleistungen vollbringen, nicht ihre vierjährige Tochter mitnehmen. Janeway entgegnet, dass sie die Tochter mithilfe ihrer Eltern wieder befreien werden. Nachdem sie in Reichweite kommen, ruft sie Seven of Nine und kündigt ihre baldige Rettung an. Es gelingt ihr sich zu Seven of NIne beamen und den Energieknoten, welcher der Königin ermöglicht mit anderen Drohnen zu kommunizieren zu zerstören. Daraufhin wird sie mit Seven auf den Delta-Flyer gebeamt und kann entkommen. Zurück auf der ''Voyager'' spricht sie mit Seven of Nine. Als diese meint, dass sie nicht erwartet hätte, dass sie sie retten würden, entgegnet sie, dass Seven noch viel lernen muss. Anschließend bringt sie sie in ihren Alkoven und wünscht ihr schöne Träume. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil II}})
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