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Nachdem ein Shuttle mit Paris, Torres, Seven of Nine und dem Doktor in einem protostellaren Nebel in Not gerät, lässt sie die Insassen herausbeamen. Dabei wird der mobile Emitter des Doktors mit Nanosonden von Seven of Nine infiziert. Daher entwickelt sich im Wissenschaftslabor um den Emitter herum, eine Borg-Drohne. Nachdem diese entdeckt wird, beobachtet sie mit Tuvok und Seven of Nine den Fötus. Sie lässt die Reifungskammer bewachen und die Entwicklung des Fötus beobachten. Sie entwickelt mit Seven den Plan, der Drohne ihre Werte beizubringen und ihr zu zeigen, was es bedeutet menschlich zu sein. Die Option die Drohne zu ermorden, schließt sie aus. Nachdem Seven of Nine ihm das Leben an Bord der ''Voyager'' eingeführt hat, will sie ihn kennenlernen. Sie ist mit seiner Entwicklung zufrieden, wird von Seven allerdings darüber informiert, dass er mehr über das Kollektiv erfahren will. Sie macht gegenüber Seven klar, dass sie Erster nicht lange Informationen über die Borg vorenthalten können. Nachdem dieser während seines Regenerationszyklus Kontakt mit dem Kollektiv aufnimmt, informieren sie ihn über die Borg. ({{VOY|Die Drohne}})
Nachdem ein malonischer Frachter eine Raumsonde der ''Voyager'' mit einem Traktorstrahl erfasst, nimmt Captain Janeway Kontakt mit ihm auf und verlangt die Herausgabe der Sonde. Als dies verweigert wird, steuert man die Sonde in einen Gasriesen, wo der Frachter zerstört wird. Anschließend beraten die Führungsoffiziere, wie man die Sonde bergen kann. Dabei schlägt Tom Paris die Konstruktion eines neuen Schiffes vor, welches zum Athmosphärenflug im Gasriesen fähig wäre. Dem stimmt der Captain zu. Als ein malonMalon-Frachter mit Controller Vrelk die Sonde beansprucht, weist Janeway diesen zurück. Als sich Torres bei einer Holodecksimulation verletzt, wird sie vom Doktor untersucht. Da er dabei diverse Verletzungen findet, meldet er dies Janeway, die daraufhin mit Torres spricht. Sie fragt, wieso sie die Sicherheitsprotokolle abgeschalten hat. Torres blockt ihr Hilfsangebot jedoch ab, weshalb sie Torres vom Dienst entbindet und unter der Aufsicht des Doktors belässt. Nachdem die Malon das Feuer eröffnen, ruft sie Chakotay auf die Brücke. Anschließend überwacht sie die erfolgreiche Bergungsaktion. ({{VOY|Extreme Risiken}})
Wenig später entdeckt man [[Terrasphäre 8]], wo Spezies 8472 eine Invasion der Erde vorbereitet. Nachdem ein Außenteam die Raumstation erkundet hat und einen Gefangenen, "[[David Gentry]]", mitbringt, will sie ihn befragen. Jedoch begeht er kurze Zeit später [[Selbstmord]]. Nachdem der Doktor bei der Untersuchung des Leichnams herausfindet, dass es sich um ein Mitglied von Spezies 8472 handelt, lässt Janeway Vorbereitungen treffen , die Terrasphäre anzugreifen, um die Bedrohung der Erde abzuwenden. Nachdem der Kontakt zu Chakotay abbricht, nähert sich die ''Voyager''. Sie versucht , mit Boothby zu verhandeln und erreicht, dass eine Delegation von Spezies 8472 an Bord kommt. Mit Chakotay, Tuvok und Seven of Nine verhandelt sie mit Boothby und erreicht einen Waffenstillstand. ({{VOY|In Fleisch und Blut}})
Nachdem der Kontakt zum ''Deltaflyer'' verloren geht, besprechen die Führungsoffiziere die Vorbereitung einer Rettungsaktion. Anschließend leitet man eine Rettungsmission ein und entdeckt den ''Deltaflyer'' auf einem Planetoiden. Daraufhin beginnt man mit der Vorbereitung einer Bergungsaktion. Inzwischen kümmert sich Neelix um Naomi Wildman, deren Mutter Samantha auf dem Flyer ist. Da er Naomi versucht abzulenken, spricht sie später mit ihm, und erläutert ihm, dass er Naomi die Wahrheit sagen muss, was Neelix auch einsieht. Die Rettungsmission kann erfolgreich durchgeführt werden. ({{VOY|Es war einmal}})
In den nächsten Wochen wird der [[Quantenslipstreamantrieb]] auf der ''Voyager'' angepasst und wieder aktiviert. Mit Hilfe des Quantenslipstreamantriebs will die Crew endlich zurück zur Erde gelangen. Die Risiken dieses Antriebs, hält sie für akzeptabel. Nach der Aktivierung des Slipstreamantriebs tritt eine [[Phasenvarianz]] auf. Nach dem Verlust der Komverbindung lässt will sie den Antrieb abschalten. Jedoch ist dies lassen, was jedoch nicht möglichist. Erst nach dem Empfang neuer Phasenkorrekturen, gelingt es , den Antrieb zu deaktivieren. Bei der anschließenden Untersuchung entdeckt Seven of Nine eine Nachricht, die an Harry Kim addressiert ist und der . Der Captain überbringt dem Fähnrich diese. ({{VOY|Temporale Paradoxie}})
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