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Nachdem Chakotays Shuttle von den [[Vori]] abgeschossen und dieser gefangen genommen wird, nimmt sie gemeinsam mit den [[Kradin]] die Suche nach ihm auf. Nachdem sie Chakotay lokalisiert haben, schickt sie Tuvok auf eine Außenmission mit den Kradin. Sie empfängt den Kradin-Botschafter und dessen Begleiter. Nachdem Chakotay befreit werden kann, berichtet sie diesem mit dem Doktor, was tatsächlich geschehen ist. ({{VOY|Nemesis}})
Wenig später befördert sie Tuvok zum Lieutenant-Commander und feiert dies mit der Besatzung im Kasino. Wenig später Bald darauf empfängt man einen Notruf von einem Isomorphen und hilft diesem daraufhin. ({{VOY|Der Isomorph}}) Janeway versucht in ihrer Freizeit Seven of Nine für kreative und künstlerische Tätigkeiten zu motivieren. Dazu spielt sie mit ihr das da-Vinci-Holoprogramm durch und lässt sie einen Tonkopf modellieren. Seven wird von einem Modell Angst eingejagt. Eine Untersuchung des Doktors ergibt, dass dies wohl durch ihre menschliche Physiologie ausgelöst wird, die versucht sich gegen die Borg-Technologie durchzusetzen. Gleichzeitig verhandelt Janeway mit den [[B'omar]] über eine Passage durch ihren Raum. Die Verhandlungen werden unterbrochen, als Tuvok den Captain auf die Brücke ruft, da Seven of Nine Neelix angegriffen hat. Anschließend entwendet Seven ein Shuttle und fliegt in den B'omarraum. Daher bittet Janeway um die Genehmigung in den Raum fliegen zu dürfen, um Seven aufzugreifen. Als diese das Ersuchen ablehnen, lässt sie Sevens Frachtraum gründlich untersuchen. Sie informiert sich persönlich über den Stand der Untersuchung. Im Gespräch mit Chakotay äußert sie, dass sie nicht glaubt, dass sie ins Kollektiv zurückkehren möchte. Wenig später informiert sie der Doktor, dass sich ein Teil der Borgtechnologie in Sevens Körper reaktiviert hat. Daraufhin plant man eine Rettungsaktion. Gleichzeitig autorisiert sie Tuvok und Paris jedoch auch die notwendige Gewalt anzuwenden, falls sie Seven nicht anders stoppen können. Sie selbst versucht Sevens Schritte und Aktionen der letzten Tage zu rekonstruieren, um besser zu verstehen, was passiert ist. Als sie Sevens Beschreibung eines Raben liest, erkennt sie, dass Seven ihr Schiff sucht. Umgehend begibt sie sich auf die Brücke und lässt Chakotay nach dem Schiff scannen. Als sie die [[USS Raven|USS ''Raven'']] erreichen, wird das Wrack von drei B'omarschiffen beschossen. Daraufhin lässt sie die Schiffe kampfunfähig schießen, um Tuvok und Seven of Nine retten zu können. Anschließend verlassen sie den B'omarraum. Über das Erlebte spricht sie mit Seven of Nine. ({{VOY|Der schwarze Vogel}})
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