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Wenig später weist sie Seven of Nine an, Lt. Torres bei der Installation einer Transwarpleitung im Maschinenraum zu helfen. Der Captain wird Augenblicke später von Tuvok auf die Brücke gerufen, da man auf ein beschädigtes Schiff der [[Caatati]] getroffen ist. Dessen Captain [[Rahmin]] bittet um Medizin, Nahrung und [[Thorium]]-Isotope. Diese Hilfe wird von Janeway gewährt. Beim Versuch die Transwarpleitung zu aktivieren, kommt es zu einer Fehlfunktion und der Warpkern muss abgeworfen werden. Während Paris und Torres versuchen den Kern zu bergen, befragt sie Seven of Nine über den Unfall. Sie glaubt ihr, dass sie den Unfall nicht herbeigeführt hat. Als eine Armada von Caatati-Schiffen die Übergabe von Vorräten und von Seven of Nine verlangt, lehnt Janeway das Ultimatum ab. Sie führt jedoch Sevens Vorschlag aus, den Caatati die Thorium-Replikationstechnologie, wieder zugänglich zu machen. Auf diese Weise kann der Konflikt beigelegt werden und die Caatati lassen die ''Voyager'' ziehen. Anschließend lässt sie Kurs auf die Koordinaten von Tom Paris und B'Elanna Torres setzen und die beiden an Bord beamen. ({{VOY|Tag der Ehre}})
Nachdem Chakotays Shuttle von den [[Vori]] abgeschossen und dieser gefangen genommen wird, nimmt sie gemeinsam mit den [[Kradin]] die Suche nach ihm auf. Nachdem sie Chakotay lokalisiert haben, schickt sie Tuvok auf eine Außenmission mit den Kradin. Sie empfängt den Kradin-Botschafter und dessen Begleiter. Nachdem Chakotay befreit werden kann, berichtet sie diesem mit dem Doktor, was tatsächlich geschehen ist. ({{VOY|Nemesis}})
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