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Kurz darauf trifft die Crew auf eine sehr gastfreundliche [[Spezies]], die [[Sikarianer]]. Diese verfügen über eine [[Technologie]], welche die Reise der ''Voyager'' um 40.000 [[Lichtjahr]]e verkürzen kann. Allerdings ist es den Sikarianern nicht erlaubt, ihre Technologie zu teilen, aus Angst, diese könnte in falsche Hände geraten. Hier werden deutliche Pallelen zur Obersten Direktive deutlich, da diese der ''Sternenflotte'' verbietet, Technologien an Präwarp-Zivilisationen weiterzugeben. Janeway kann die Sorge der Sikarianer verstehen, versucht aber dennoch, einen Tausch zu arrangieren. Hierfür bietet sie [[Gathorel Labin]] als Tausch die komplette [[Bibliothek|Schiffsbibliothek]] an, da die Sikarianer Literatur vergöttern.
Dieser verspricht, dies mit dem Magistrat nochmals vorzutragen. Schnell wird klar, dass dieser nur auf Zeit spielen will und kein aufrichtiges Interesse daran hat, dieses Anliegen vorzutragen. Unterdessen bekommt Harry Kim ein Angebot von [[Jaret Otel]], welcher ihm die Technologie anbietet. Janeway steht nun vor einer schwierigen Entscheidung: Verletzt sie die Gebräuche der Sikarianer, indem sie mit Jaret Otel handelt, oder verzichtet sie auf eine Möglichkeit, die Heimreise enorm zu verkürzen? Sie entscheidet sich schweren Herzens für letzteres, allerdings haben [[Tuvok]], Torres und [[Seska]] beschlossen, eigenmächtig mit Otel zu handeln. Es kommt zu einem Unfall, der beinahe das Schiff zerstört. Nachdem Torres ihr gesteht, den Handel durchgeführt zu haben, ist sie bestürzt. Tuvok jedoch stellt dies klar und sagt ihr, dass er derjenige war, der den Tausch durchgeführt hat. Janeway teilt Torres ihre Enttäuschung mit und entlässt sie. Im Gespräch mit Tuvok stellt sich heraus, dass sie von seinem Verhalten bitter enttäuscht ist, da er einer ihrer engsten Vertrauten ist und sie sich auf ihn verlassen muss. Er versichert ihr, dass sich so etwas nicht wiederholen wird. Hier wird die tiefe Freundschaft der beiden zum ersten Mal deutlich.
({{ VOY|Das oberste Gesetz}})
Ein Außenteam sammelt Vorräte auf einem unbekannten Planeten. Kurz darauf, wird ein Kazonschiff im Orbit lokalisiert, welches wenig später einen Notruf aussendet. Es stellt sich heraus, das Föderationstechnologie für einen Unfall an Bord verantwortlich ist. Janeway will herausfinden, wer den Kazon Sternenflottentechnologie verschafft hat. Da es sich um bioneurale Schaltkreise handelt ist klar, dass es nur von der ''Voyager'' kommen kann. Zwei Verdächtige stehen zur Auswahl: Joseph Carey und Seska. Der Captain glaubt aber nicht daran, dass ein vorbildlicher Sternenflottenoffizier zu so einer Tat fähig wäre und legt, zum Ärger Chakotay's, das Hauptaugenmerk auf die [[Bajoraner]]in. Ein anderes Kazonschiff hat den Notruf ebenfalls erhalten und dessen Captain, [[Culluh]], droht Janeway offen, die ''Voyager'' zu attackieren, falls sie sich nicht zurück zieht. Erneut scheut Janeway nicht, mit Waffengewalt zu drohen, um die Crew vor einem Angriff zu schützen. Später findet sie heraus, dass Seska in Wirklichkeit keine Bajoranerin, sondern eine [[Cardassianer]]in ist und die [[Technologie]] der [[Föderation]] an die [[Kazon]] weitergegeben hat. Beim Versuch sie unter Arrest zu stellen, flüchtet diese jedoch zu den Kazon. ({{VOY|Der Verrat}})
Kurz darauf entdeckt man ein großes Vorkommen an [[Sirillium]]. Daraufhin will Janeway Frachtraum 2 in eine Raffinerie umbauen. Daher weist sie Neelix an, seine Vorräte von dort zu entfernen. Wenig später hat Tuvok gesundheitliche Beschwerden. Um die Ursache herauszufinden, lässt sie Kim die Sensorenlogbücher überprüfen. Als Tuvok einen erneuten Anfall erleidet, spricht Janeway mit dem Doktor. Tuvoks Symptome werden scheinbar durch eine unterdrückte [[Erinnerung]] ausgelöst, die ins Bewusstsein zurückgeholt werden muss. Dazu ist eine Geisteverschmelzung mit einem Familienmitglied erforderlich. Da Janeway für Tuvok auf der ''Voyager'' einem Familienmitglied am nächsten kommt, entschließen sie sich die Geistesverschmelzung durchzuführen. Sie fungiert dabei als Tuvoks [[Pyllora]], seine Führerin. Sie fungiert nur als Beobachterin im Bewusstsein. Durch die Geistesverschmelzung erlebt sie Tuvoks Dienst auf der [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']]. Sie versucht herauszufinden, wo die Verbindung zwischen dem Schiff und dem Mädchen ist. Als das Schiff den Azure-Nebel erreicht, wird die Verbindung durch einen Anfall Tuvoks unterbrochen. Bevor sie fortfahren können, muss der Doktor zunächst Tuvok behandeln. Inzwischen studiert sie die Logbücher der ''Excelsior''. Sie findet jedoch keine Informationen, da Sulu sie nicht verzeichnet hat. Bei der nächsten Verschmelzung erfährt sie mehr über Tuvoks Gründe die Sternenflotte zu verlassen und wieder zurückzukehren. Durch die Geistesverschmelzung erlebt sie einen Kampf der USS'' Excelsior'' mit einem klingonischen Schiff. Sie erfährt, dass der Tod [[Dmitri Valtane]]s der entscheidende Punkt ist. Bei einer erneuten Verschmelzung, zieht sie die Kleidung von Janice Rand an, um unerkannt auf der Brücke bleiben zu können. Als Valtane stirbt, geht das Virus offenbar auf Tuvok über. Es gelingt dem Doktor das Virus zu identifizieren und zu vernichten. Dadurch erwachen die beiden auch aus der Geistesverschmelzung. Anschließend spricht sie mit Tuvok über die alten Zeiten. ({{VOY|Tuvoks Flashback}})
Als Tom Paris und Harry Kim auf [[Akritia]] nach einem Bombenanschlag vermisst werden, lässt sie Tuvok nach ihnen Scannen. Dies bleibt jedoch erfolglos. Kurz darauf wird die Voyager von Botschafter [[Liria]] kontaktiert. Dieser informiert den Captain darüber, dass sie vermuten, dass der Sprengstoff für den Anschlag von der ''Voyager'' stammt. Daher lässt er zwei Raumschiffe die ''Voyager'' abfangen und erklärt sie für beschlagnahmt. Janeway lässt daraufhin die ''Voyager'' in eine sichere Position fliegen. Um die Unschuld von Harry und Tom zu beweisen, macht man sich auf die Suche nach der Quelle des [[Paralithium]]s, welches für den Anschlag verwendet wurde. So trifft man auf ein Raumschiff mit zwei jungen Akritirianern. Da diese die Kommunikation einfach abbrechen und die Sensoren Anzeichen von Paralithium anzeigen, lässt Janeway die beiden Insassen an Bord beamen. In ihrem Bereitschaftsraum befragt sie [[Vel]] und [[Piri]]. Nachdem sie droht beide an die Akiritianer auszuliefern, bittet Vel Janeway Piri freizulassen. Sie nimmt jedoch Kontakt mit den Akritirianern auf und will mit ihnen verhandeln. Der Botschafter informiert sie darüber, dass die Urteile unaufhebbar sind und beendet die Kommunikation. Sie spricht erneut mit Vel und überzeugt ihn, sie zum Gefängnis zu bringen. Sie selbst dringt mit Tuvok über die Rutsche in das Gefängnis ein und befreit Harry und Tom. ({{VOY|Das Hochsicherheitsgefängnis}})
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