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Die Crew der ''Voyager'' untersucht bei einer [[Außenmission]] einen [[Planet]]en, dessen Bevölkerung am Vortag durch eine [[Explosion]] ausgelöscht worden ist. Bei der [[Untersuchung]] werden Janeway und [[Tom Paris]] in eine [[Subraumspalte]] gezogen und landen in der Vergangenheit. Zuerst versuchen beide, die Einmischung in die Belange der Kultur, der Obersten Direktive getreu, zu minimieren. Als jedoch klar wird, dass ihr Auftauchen für die Explosion verantwortlich ist, tun beide ihr Möglichstes, um diese zu verhindern. Als ein Außenteam schließlich versucht, einen Subraumspalt zu ihrer Rettung zu öffnen, verschließt Janeway diese mit ihrem Phaser und verhindert so, dass diese Events stattfinden. ({{VOY|Subraumspalten}})
Neelix funktioniert den privaten Speiseraum des Captain's in eine Crewmesse um, ohne dies mit Janeway zu diskutieren. Diese ist, nachdem sie dies herausgefunden hat, nicht begeistert und versucht, Neelix zur Rede zu stellen.
Kurz darauf, findet die erste Begegnung der Crew mit den [[Vidiianer]]n statt. Diese leiden unter einer Krankheit, die [[Fresszelle]] genannt wird und ihre Körper langsam aufzufressen droht. Sie benötigen Organe gesunder Lebewesen, um zu [[überleben]]. Bei einer Außenmission werden Neelix deshalb beide Lungenflügel entfernt. Dieser droht daraufhin, zu sterben. Janeway lässt das vidiianische Schiff verfolgen, um ihn zu retten. Nachdem das Schiff, in einer risikoreichen Aktion aufgebracht wurde, kann Neelix gerettet werden. Hier zeigt sich erneut das unorthodoxe Vorgehen Janeway's, welche die ''Voyager'' in einen Asteroiden steuern lässt, um die Vidiianer aufzuspüren. Ebenso wird ihr ihr Verantwortungsbewusstsein gegenüber ihrer Crew deutlich, da sie den Vidiianern unmissverständlich mitteilt, zu welchen Mitteln sie greifen würde, um diese zu beschützen. ({{VOY|Transplantationen}})
Beim Versuch, ihren Deuteriumvorrat in einem Nebel aufzufüllen, verletzt die Crew versehentlich und unwissentlich ein nebelähnliches Wesen. Janeway beschließt daraufhin, mit Hilfe der ''Voyager'' den Schaden zu beheben. Hier kommt es zum wiederholten Mal zu einer Auseinandersetzung zwischen ihr und Neelix. Der Talaxianer versteht nicht, wieso eine technologisch so fortschrittliche Rasse permanent Schiff und Crew auf das Spiel setzt, um zu forschen. Janeway erklärt ihm unmissverständlich, dass er nicht jedes Mal, wenn eine Gefahr droht, davon laufen kann und dieser akzeptiert allmählich seine Stellung an Bord des Schiffes. ({{VOY|Der mysteriöse Nebel}})
[[Datei:Telek RMor.jpg|thumb|left|Der Romulaner Telek R'Mor]]
Bei [[Sternzeit]] 48579,4 entdecken die [[Sensor]]en der ''Voyager'' ein winziges [[Wurmloch]]. Janeway beschließt, sich das näher anzusehen. Es stellt sich heraus, dass es in den Alpha-Quadranten führt, jedoch, mit 3cm Durchmesser, zu klein für eine Passage ist. Durch das Wurmloch können sie jedoch [[Telek R'Mor]], einen [[Romulaner]], kontaktieren. Nach einigen Anfangsschwierigkeiten gelingt es Janeway, ihn von einem Besuch auf der ''Voyager'' zu überzeugen. Dort stellt sich allerdings heraus, dass das Wurmloch nicht nur ein Spalt im Raum, sondern auch in der Zeit ist. Enttäuscht bietet sich der Crew nur die Möglichkeit, Briefe an ihre [[Familie]]n zu schreiben, welche R'Mor verspricht, zur geeigneten Zeit zu übermitteln. Nachdem der Romulaner mit den Nachrichten zurück auf sein Schiff gebeamt wurde, teilt [[Tuvok]] dem Captain mit, dass Telek R’Mor sterben wird, bevor er die Botschaften weiterleiten kann. Enttäuscht von dieser Nachricht, bleibt nur die Hoffnung darauf, dass er jemanden bestimmt hat, die Botschaften zu übermitteln. (Hier zeigt sich, dass Janeway ein großes diplomatisches Feingefühl hat, da der Romulaner lange Zeit gegen eine visuelle Kommunikation, bzw. einen Besuch ist und schlussendlich von ihr überzeugt werden kann). ({{VOY|Das Nadelöhr}})
Nachdem Tom Paris eines Mordes bezichtigt wird, versucht Janeway zusammen mit Tuvok alles, um seine Unschuld zu beweisen. Nachdem langsam klar wird, dass es sich um eine geschickte Täuschung handelt, stellt sie eine raffinierte Falle, um die Wahrheit aufzudecken. Auffallend ist, dass sich der Captain als eine gute Strategin und Taktikerin entpuppt, der fast kein Trick (siehe Maquis-Trick) unbekannt ist. Sie zögert auch nicht, ein mit Sprengstoff beladenes Shuttle zu schicken, in weiser Voraussicht, dass man dieses kapern wird. Wieder wird ihr starker Wille, die Crew unversehrt nach Hause zu bringen, deutlich. ({{VOY|Die Augen des Toten}})
Die ''Voyager'' entdeckt ein neues Element in einem Asteroidengürtel. Janeway beauftragt daraufhin ein Außenteam mit der Analyse des selben. Hierbei verschwindet Harry Kim. Der Captain versucht alles in ihrer Macht stehende, um ihn zurück auf das Schiff zu holen und gefährdet auch hier die gesamte Besatzung. Schlussendlich gelingt es, ihn unversehrt auf die ''Voyager'' zu holen. Harry Kim hat gewissermaßen eine Sonderstellung innerhalb der Führungscrew, da er frisch von der Akademie kommt und noch unerfahren ist. Janeway nimmt ihm gegenüber gewissermaßen eine Mutterrolle ein, welche auch in den kommenden Jahren öfter ersichtlich ist. ({{VOY|Das Unvorstellbare}})
Kurz darauf trifft die Crew auf eine sehr gastfreundliche [[Spezies]], die [[Sikarianer]]. Diese verfügen über eine [[Technologie]], welche die Reise der ''Voyager'' um 40.000 [[Lichtjahr]]e verkürzen kann. Allerdings ist es den Sikarianern nicht erlaubt, ihre Technologie zu teilen, aus Angst, diese könnte in falsche Hände geraten. Hier werden deutliche Pallelen zur Obersten Direktive deutlich, da diese der ''Sternenflotte'' verbietet, Technologien an Präwarp-Zivilisationen weiterzugeben. Janeway kann die Sorge der Sikarianer verstehen, versucht aber dennoch, einen Tausch zu arrangieren. Hierfür bietet sie [[Gathorel Labin]] als Tausch die komplette [[Bibliothek|Schiffsbibliothek]] an, da die Sikarianer Literatur vergöttern.
[[Datei:IntrepidLandung3.jpg|thumb|Die ''Voyager'' auf dem Planeten der <q>37er</q>.]]
Um sich zu entspannen kreiert sie das [[Holoprogramm]] [[Janeway Lambda Eins]], wo sie als [[Lucie Davenport]], eine Gouvernante, im Haus der wohlhabenden Familie Burleigh arbeitet. ({{VOY|Bewußtseinsverlust}})